47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4992 on replicon NC_010683
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  73.67 
 
 
501 aa  650    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  99 
 
 
498 aa  1011    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  70.63 
 
 
446 aa  651    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  70.86 
 
 
462 aa  650    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 
498 aa  1025    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  56.07 
 
 
693 aa  464  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  50.46 
 
 
665 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  52.62 
 
 
680 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  51.84 
 
 
724 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  50.86 
 
 
670 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  48.24 
 
 
710 aa  400  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  48.49 
 
 
661 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  46.88 
 
 
689 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  46.03 
 
 
674 aa  376  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  45.12 
 
 
598 aa  376  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  45.56 
 
 
662 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  46.38 
 
 
692 aa  356  5e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  39.32 
 
 
482 aa  346  5e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  39.32 
 
 
482 aa  346  5e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  39.12 
 
 
476 aa  345  1e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  45.67 
 
 
703 aa  336  5e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  38.68 
 
 
499 aa  333  5e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  45.67 
 
 
703 aa  332  9e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  42.61 
 
 
492 aa  331  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  43.42 
 
 
708 aa  328  9e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  45.37 
 
 
703 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  38.25 
 
 
482 aa  326  6e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  39.96 
 
 
494 aa  323  6e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  43.24 
 
 
437 aa  322  8e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  40.81 
 
 
478 aa  301  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  38.37 
 
 
472 aa  290  4e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  37.59 
 
 
458 aa  288  2e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  37.62 
 
 
471 aa  283  5.000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35.03 
 
 
490 aa  242  1e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  28.6 
 
 
473 aa  169  8e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  28.38 
 
 
471 aa  167  2.9999999999999998e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  23.82 
 
 
490 aa  60.5  0.00000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  23 
 
 
476 aa  53.1  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  25.51 
 
 
498 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_003296  RS06177  hypothetical protein  39.39 
 
 
116 aa  48.9  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  27.23 
 
 
502 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  21.68 
 
 
476 aa  47.8  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  24.39 
 
 
456 aa  47.4  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  24.39 
 
 
456 aa  47.4  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  33.02 
 
 
446 aa  45.1  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  27 
 
 
456 aa  45.1  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  21.67 
 
 
467 aa  43.5  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>