47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1590 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  91.91 
 
 		 482 aa  878    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  87.34 
 
 		 482 aa  838    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  91.91 
 
 		 482 aa  878    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 476 aa  969    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  62.28 
 
 		 499 aa  587  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  64.98 
 
 		 492 aa  582  1.0000000000000001e-165  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  50.24 
 
 		 478 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  46.74 
 
 		 437 aa  372  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  43.3 
 
 		 446 aa  346  4e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  39.12 
 
 		 498 aa  345  1e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  40.91 
 
 		 494 aa  344  2e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  39.12 
 
 		 498 aa  344  2e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  41.99 
 
 		 462 aa  344  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  42.86 
 
 		 689 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  41.33 
 
 		 471 aa  325  1e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  43.34 
 
 		 692 aa  323  5e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  41.16 
 
 		 662 aa  323  5e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  41.4 
 
 		 674 aa  321  1.9999999999999998e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  42.03 
 
 		 665 aa  319  5e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  42.75 
 
 		 680 aa  319  6e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  41.55 
 
 		 598 aa  318  1e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  41.89 
 
 		 661 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  42.09 
 
 		 501 aa  312  6.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  39.08 
 
 		 490 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  42.15 
 
 		 693 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  39.12 
 
 		 472 aa  303  5.000000000000001e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  41.55 
 
 		 670 aa  302  8.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  41.55 
 
 		 724 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  39.81 
 
 		 710 aa  299  6e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  37.27 
 
 		 458 aa  295  2e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  39.23 
 
 		 708 aa  278  1e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  39.38 
 
 		 703 aa  271  1e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  39.38 
 
 		 703 aa  268  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  39.14 
 
 		 703 aa  266  5.999999999999999e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  28.89 
 
 		 473 aa  157  3e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  28.67 
 
 		 471 aa  156  6e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS06177  hypothetical protein  69.74 
 
 		 116 aa  106  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  26.71 
 
 		 490 aa  80.5  0.00000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  23.26 
 
 		 467 aa  61.2  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3271  hypothetical protein  24.74 
 
 		 469 aa  57  0.0000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0437682  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  27.88 
 
 		 481 aa  51.2  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2290  hypothetical protein  26.97 
 
 		 432 aa  49.3  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  23.21 
 
 		 476 aa  48.1  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  26.5 
 
 		 490 aa  46.6  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  26.5 
 
 		 490 aa  45.8  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  22.41 
 
 		 476 aa  45.1  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  27.68 
 
 		 446 aa  43.9  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>