168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1454 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  52.44 
 
 		 724 aa  687    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  53.28 
 
 		 670 aa  687    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  100 
 
 		 665 aa  1343    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  55.18 
 
 		 680 aa  739    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  59.09 
 
 		 693 aa  774    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  50.46 
 
 		 498 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  52.25 
 
 		 446 aa  452  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  52.29 
 
 		 462 aa  449  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  50.35 
 
 		 498 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  51.43 
 
 		 501 aa  436  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  41.87 
 
 		 598 aa  434  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  38.71 
 
 		 689 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  38.57 
 
 		 661 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  38.36 
 
 		 710 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  39.12 
 
 		 662 aa  418  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  40.58 
 
 		 692 aa  410  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  39.18 
 
 		 674 aa  401  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  35.86 
 
 		 708 aa  335  2e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  43.24 
 
 		 482 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  43.24 
 
 		 482 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  42.51 
 
 		 482 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  42.03 
 
 		 476 aa  319  7.999999999999999e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  33.78 
 
 		 703 aa  313  6.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  40.49 
 
 		 492 aa  312  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  40.43 
 
 		 499 aa  310  5e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  33.48 
 
 		 703 aa  310  5e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  33.63 
 
 		 703 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  40.34 
 
 		 437 aa  286  1.0000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  38.19 
 
 		 494 aa  273  6e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  38.15 
 
 		 478 aa  264  4.999999999999999e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  35.57 
 
 		 458 aa  256  7e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  35.8 
 
 		 471 aa  251  3e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  34.63 
 
 		 472 aa  242  2e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.54 
 
 		 490 aa  222  1.9999999999999999e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  27.29 
 
 		 473 aa  141  3e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  27.07 
 
 		 471 aa  140  7.999999999999999e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  31.36 
 
 		 232 aa  90.5  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  31.69 
 
 		 449 aa  84.3  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  31.88 
 
 		 236 aa  79.3  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  30.98 
 
 		 453 aa  78.6  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  29.07 
 
 		 225 aa  78.2  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  29.32 
 
 		 452 aa  76.3  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.8 
 
 		 236 aa  75.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  30.77 
 
 		 250 aa  76.3  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  30.25 
 
 		 248 aa  75.5  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  31.74 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  30.33 
 
 		 258 aa  73.9  0.000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  30.04 
 
 		 261 aa  73.6  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  27.27 
 
 		 250 aa  73.2  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  28.82 
 
 		 234 aa  72.8  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  33.33 
 
 		 240 aa  72  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  30.22 
 
 		 229 aa  72  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  29.8 
 
 		 449 aa  71.6  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  30.22 
 
 		 237 aa  70.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  32.71 
 
 		 570 aa  70.1  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  28.63 
 
 		 207 aa  69.7  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  28.46 
 
 		 240 aa  69.7  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  30.12 
 
 		 255 aa  68.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  29.55 
 
 		 578 aa  68.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  31.03 
 
 		 570 aa  68.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  30.49 
 
 		 447 aa  67.4  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  29.66 
 
 		 212 aa  67.4  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  30.05 
 
 		 566 aa  67  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  27.24 
 
 		 254 aa  66.6  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  27.88 
 
 		 228 aa  67  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  32.1 
 
 		 454 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  31.35 
 
 		 238 aa  65.5  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  27.71 
 
 		 255 aa  65.5  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  29.44 
 
 		 254 aa  65.1  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  28.34 
 
 		 251 aa  65.1  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  30.83 
 
 		 243 aa  65.1  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  30.58 
 
 		 997 aa  64.7  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  29.75 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  27.43 
 
 		 228 aa  64.3  0.000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  30.13 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  28.85 
 
 		 645 aa  63.9  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1286  porin  29.5 
 
 		 288 aa  63.5  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1001  porin  28.74 
 
 		 288 aa  62.8  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.221202  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  28.51 
 
 		 237 aa  62  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  30.83 
 
 		 238 aa  62  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  28.49 
 
 		 207 aa  62  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  28.26 
 
 		 234 aa  62  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  30.5 
 
 		 571 aa  61.2  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  26.64 
 
 		 228 aa  60.8  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_7000  hypothetical protein  34.06 
 
 		 583 aa  60.8  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.000000122606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  29.58 
 
 		 240 aa  60.1  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  28.57 
 
 		 274 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  32.97 
 
 		 241 aa  58.9  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  29.96 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  29.96 
 
 		 274 aa  59.3  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  27.27 
 
 		 229 aa  58.9  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  26.61 
 
 		 638 aa  58.5  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  30.45 
 
 		 236 aa  58.5  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  27.16 
 
 		 237 aa  58.5  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  26.29 
 
 		 236 aa  58.2  0.0000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  26.21 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  26.47 
 
 		 206 aa  57.4  0.0000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  29.34 
 
 		 279 aa  57  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  27.02 
 
 		 562 aa  56.6  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3699  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.71 
 
 		 1186 aa  56.6  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0724462  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>