200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0567 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  63.32 
 
 		 674 aa  791    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  100 
 
 		 661 aa  1337    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  62.63 
 
 		 692 aa  823    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  81.06 
 
 		 689 aa  1068    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  55.28 
 
 		 598 aa  666    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  64.54 
 
 		 662 aa  832    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  49.76 
 
 		 710 aa  555  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  40.37 
 
 		 693 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  39.97 
 
 		 680 aa  458  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  41.04 
 
 		 708 aa  432  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  38.57 
 
 		 665 aa  427  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  38.74 
 
 		 724 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  39.22 
 
 		 670 aa  409  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  39.06 
 
 		 703 aa  397  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  48.6 
 
 		 498 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  48.15 
 
 		 446 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  47.92 
 
 		 462 aa  389  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  48.37 
 
 		 498 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  40.66 
 
 		 703 aa  388  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  39.04 
 
 		 703 aa  387  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  47.13 
 
 		 501 aa  369  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  41.77 
 
 		 494 aa  332  2e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  44.18 
 
 		 437 aa  323  4e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  41.97 
 
 		 492 aa  322  9.999999999999999e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  40.55 
 
 		 458 aa  321  1.9999999999999998e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  41.89 
 
 		 482 aa  317  5e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  41.89 
 
 		 482 aa  317  5e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  41.89 
 
 		 476 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  41.4 
 
 		 482 aa  312  1e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  41.77 
 
 		 499 aa  304  3.0000000000000004e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  40 
 
 		 478 aa  269  1e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  34.92 
 
 		 471 aa  261  3e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  35.34 
 
 		 472 aa  253  6e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35.76 
 
 		 490 aa  253  1e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  30.16 
 
 		 471 aa  180  7e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  29.93 
 
 		 473 aa  177  5e-43  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  33.82 
 
 		 232 aa  103  7e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  32.33 
 
 		 225 aa  100  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  33.98 
 
 		 453 aa  96.3  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  33.33 
 
 		 244 aa  96.3  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  31.89 
 
 		 261 aa  95.5  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  36.82 
 
 		 207 aa  93.2  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  30.65 
 
 		 240 aa  92.8  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  28.57 
 
 		 240 aa  92.4  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  32.99 
 
 		 258 aa  90.9  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  33.83 
 
 		 236 aa  90.1  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  34.08 
 
 		 248 aa  89  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  32.52 
 
 		 255 aa  88.6  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  35.75 
 
 		 239 aa  88.2  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  31.98 
 
 		 447 aa  88.2  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  33.48 
 
 		 255 aa  87  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  31.23 
 
 		 578 aa  86.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  35.67 
 
 		 254 aa  86.3  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  31.43 
 
 		 241 aa  85.1  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  31.25 
 
 		 283 aa  85.5  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  32.02 
 
 		 452 aa  84.7  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  27.6 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  27.6 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  32.52 
 
 		 449 aa  83.2  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  32.13 
 
 		 250 aa  82.4  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  31.51 
 
 		 250 aa  82.4  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  31.82 
 
 		 228 aa  81.6  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  29.02 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  33.18 
 
 		 238 aa  80.5  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  33.03 
 
 		 243 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  31.78 
 
 		 566 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  30.3 
 
 		 228 aa  79.3  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  28.08 
 
 		 236 aa  79.7  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  34.09 
 
 		 242 aa  79.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  29.84 
 
 		 236 aa  79  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  29.09 
 
 		 228 aa  79.3  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.05 
 
 		 207 aa  79  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  31.87 
 
 		 570 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  30.36 
 
 		 234 aa  78.6  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  30.77 
 
 		 254 aa  78.2  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  32.24 
 
 		 274 aa  77.8  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  33.86 
 
 		 236 aa  77.8  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  33.83 
 
 		 241 aa  77.4  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  33.17 
 
 		 243 aa  77  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  28.22 
 
 		 251 aa  76.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  32.78 
 
 		 454 aa  76.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  31.19 
 
 		 561 aa  75.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  27.86 
 
 		 229 aa  75.9  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  33.49 
 
 		 258 aa  75.5  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  30.65 
 
 		 207 aa  75.1  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.3 
 
 		 243 aa  75.1  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  32 
 
 		 212 aa  74.7  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  30.3 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  29.56 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.2 
 
 		 206 aa  73.9  0.000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  33.33 
 
 		 246 aa  73.9  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  33.47 
 
 		 997 aa  73.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  30.86 
 
 		 562 aa  72.8  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  29.79 
 
 		 559 aa  72.4  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  32.85 
 
 		 193 aa  72.8  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  32.84 
 
 		 234 aa  72.4  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  30.29 
 
 		 245 aa  71.6  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.14 
 
 		 206 aa  71.6  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  32.2 
 
 		 245 aa  71.2  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  31.56 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>