186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1178 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  100 
 
 		 207 aa  413  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  91.3 
 
 		 207 aa  357  9e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  86.47 
 
 		 207 aa  350  7e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  69.47 
 
 		 206 aa  266  2e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  67.72 
 
 		 206 aa  261  4e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  66.18 
 
 		 207 aa  261  4e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  67.37 
 
 		 206 aa  253  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  41.9 
 
 		 207 aa  121  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  41.55 
 
 		 452 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  42.29 
 
 		 447 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  40.78 
 
 		 449 aa  115  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  42.39 
 
 		 236 aa  112  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  34.43 
 
 		 240 aa  112  4.0000000000000004e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  40.98 
 
 		 449 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  40.61 
 
 		 454 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  33.2 
 
 		 240 aa  108  4.0000000000000004e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  40.68 
 
 		 212 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  33.08 
 
 		 261 aa  102  4e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  41.01 
 
 		 219 aa  102  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  36.46 
 
 		 211 aa  102  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  0.0000166827 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  37.02 
 
 		 211 aa  102  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040892 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  36.68 
 
 		 244 aa  100  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  33.04 
 
 		 230 aa  99.8  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  38.55 
 
 		 453 aa  99.8  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  40.24 
 
 		 240 aa  99.8  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  33.04 
 
 		 230 aa  99.8  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  32.9 
 
 		 225 aa  98.6  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  30 
 
 		 228 aa  97.8  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  33.5 
 
 		 236 aa  97.4  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  35.19 
 
 		 254 aa  97.4  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  35.98 
 
 		 228 aa  97.4  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  35.98 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  32.08 
 
 		 213 aa  96.7  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  36.91 
 
 		 237 aa  96.7  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  33.85 
 
 		 229 aa  96.3  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  40 
 
 		 274 aa  95.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  37.99 
 
 		 250 aa  95.1  7e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  33.07 
 
 		 254 aa  94.7  9e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  37.02 
 
 		 237 aa  94.7  9e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  32.24 
 
 		 255 aa  92.8  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1973  OmpA-like transmembrane region  40.82 
 
 		 216 aa  92.8  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  34.01 
 
 		 232 aa  92  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  33.33 
 
 		 239 aa  91.7  7e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  30.19 
 
 		 213 aa  91.7  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  30.65 
 
 		 283 aa  91.7  8e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  38.32 
 
 		 245 aa  90.9  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  36.98 
 
 		 662 aa  90.9  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1908  hypothetical protein  34.62 
 
 		 212 aa  89  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.807781  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  32.24 
 
 		 212 aa  89  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6698  porin  33.47 
 
 		 246 aa  88.2  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  39.24 
 
 		 248 aa  87.8  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  34.65 
 
 		 251 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0692  outer-membrane protein Omp25  31.43 
 
 		 201 aa  87  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  32.24 
 
 		 237 aa  86.3  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  34.1 
 
 		 255 aa  85.5  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  33.64 
 
 		 250 aa  84  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  35.86 
 
 		 240 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1247  hypothetical protein  33.33 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.274349  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  32.78 
 
 		 997 aa  81.6  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  38.96 
 
 		 710 aa  81.6  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1284  hypothetical protein  32.42 
 
 		 212 aa  80.1  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.40204  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  34.68 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  35.06 
 
 		 236 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  34.6 
 
 		 248 aa  79.7  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  31.41 
 
 		 277 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  33.19 
 
 		 692 aa  79.7  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  31.98 
 
 		 234 aa  79.3  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  31.9 
 
 		 693 aa  79  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  31.98 
 
 		 689 aa  78.2  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4247  porin  31.2 
 
 		 278 aa  78.2  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.740101  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  31.08 
 
 		 229 aa  78.2  0.00000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  32.28 
 
 		 204 aa  77.4  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  33.33 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  30.23 
 
 		 680 aa  77.8  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  33.5 
 
 		 234 aa  76.6  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  30.77 
 
 		 279 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0784  porin  34.12 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.0786165 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  30.35 
 
 		 274 aa  75.5  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  30.35 
 
 		 274 aa  74.7  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3299  porin  29.8 
 
 		 287 aa  74.7  0.0000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.466189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  29.85 
 
 		 661 aa  73.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  29.2 
 
 		 274 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  34.17 
 
 		 242 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.5 
 
 		 236 aa  73.9  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  33.67 
 
 		 674 aa  73.2  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  32.69 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1415  porin  31.9 
 
 		 276 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000118187 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6124  porin  31.53 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  27.86 
 
 		 279 aa  72.4  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  29.59 
 
 		 570 aa  72.4  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1292  porin  31.76 
 
 		 276 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  33.01 
 
 		 241 aa  71.6  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1286  porin  28.98 
 
 		 288 aa  71.2  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  29.59 
 
 		 566 aa  70.9  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  31.76 
 
 		 255 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  33.18 
 
 		 209 aa  69.7  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  30.99 
 
 		 652 aa  69.3  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1434  porin  33.33 
 
 		 215 aa  69.7  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000170273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  33.2 
 
 		 237 aa  69.3  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  29.86 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>