203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0890 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0890  porin  100 
 
 		 255 aa  503  1e-141  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  73.15 
 
 		 254 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  50 
 
 		 244 aa  231  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  53.18 
 
 		 250 aa  198  7.999999999999999e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  50.99 
 
 		 239 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  45.37 
 
 		 240 aa  166  5e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  38.62 
 
 		 228 aa  143  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  40.32 
 
 		 229 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  36.84 
 
 		 230 aa  138  7e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  36.84 
 
 		 230 aa  138  7e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  36.22 
 
 		 240 aa  129  6e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  35.36 
 
 		 261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  37.6 
 
 		 236 aa  126  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  35.04 
 
 		 240 aa  125  7e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  34.66 
 
 		 236 aa  124  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  36.89 
 
 		 228 aa  119  4.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  38.62 
 
 		 232 aa  119  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  35.19 
 
 		 258 aa  119  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  36.07 
 
 		 228 aa  118  7.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  33.09 
 
 		 274 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  36.68 
 
 		 207 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  33.09 
 
 		 274 aa  117  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  35.56 
 
 		 254 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  38.4 
 
 		 238 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  37.4 
 
 		 229 aa  115  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  34.57 
 
 		 213 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  34.32 
 
 		 274 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  33.96 
 
 		 255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  37.5 
 
 		 207 aa  113  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  36.12 
 
 		 240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  34.47 
 
 		 236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  35.06 
 
 		 242 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  34.85 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  33.86 
 
 		 283 aa  106  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  33.2 
 
 		 225 aa  105  7e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  35.61 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.35 
 
 		 206 aa  104  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6698  porin  37.55 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  35.74 
 
 		 251 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  31.69 
 
 		 213 aa  103  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.86 
 
 		 206 aa  102  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  38.97 
 
 		 279 aa  101  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  33.71 
 
 		 237 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  34.07 
 
 		 207 aa  99.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  32.66 
 
 		 237 aa  99.4  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  34.81 
 
 		 243 aa  99.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  31.03 
 
 		 452 aa  99  6e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  32.31 
 
 		 997 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0692  outer-membrane protein Omp25  30.04 
 
 		 201 aa  97.8  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  33.74 
 
 		 205 aa  97.1  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  34.16 
 
 		 212 aa  96.3  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  33.2 
 
 		 692 aa  96.3  5e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  33.1 
 
 		 279 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  35.96 
 
 		 250 aa  95.9  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  32.52 
 
 		 578 aa  95.9  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  39.71 
 
 		 277 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  31.32 
 
 		 251 aa  95.1  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  30.89 
 
 		 453 aa  94.7  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  32.86 
 
 		 661 aa  93.6  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  33.62 
 
 		 207 aa  93.2  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.52 
 
 		 207 aa  92.8  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  32.69 
 
 		 447 aa  92.8  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2745  porin  31.23 
 
 		 285 aa  92.8  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  36.09 
 
 		 238 aa  92.4  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  35.27 
 
 		 236 aa  92.4  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  32.53 
 
 		 283 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  31.82 
 
 		 241 aa  91.3  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  34.45 
 
 		 237 aa  91.3  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  32.9 
 
 		 247 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  31.9 
 
 		 234 aa  91.3  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2972  porin  30.88 
 
 		 285 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.43 
 
 		 243 aa  90.9  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  32.23 
 
 		 204 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0784  porin  35.1 
 
 		 212 aa  90.1  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.0786165 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  32.62 
 
 		 206 aa  88.6  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  31.44 
 
 		 454 aa  88.6  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  30.66 
 
 		 689 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  32.92 
 
 		 260 aa  88.2  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  32.44 
 
 		 571 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4247  porin  38.3 
 
 		 278 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.740101  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4777  porin  40.85 
 
 		 243 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  35.75 
 
 		 241 aa  86.3  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  32.43 
 
 		 245 aa  85.9  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  35.09 
 
 		 662 aa  86.3  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  32.78 
 
 		 211 aa  85.5  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040892 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1434  porin  34.16 
 
 		 215 aa  85.5  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000170273 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  32.78 
 
 		 211 aa  85.1  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  0.0000166827 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  32.06 
 
 		 234 aa  84.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  31.65 
 
 		 212 aa  84.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  33.06 
 
 		 209 aa  84.3  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  30.04 
 
 		 449 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  28.46 
 
 		 566 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4957  porin  31.54 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  32.34 
 
 		 255 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  30.42 
 
 		 703 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  30.83 
 
 		 703 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  33.18 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1415  porin  37.97 
 
 		 276 aa  82.4  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000118187 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1214  omp25/ropB family outer membrane protein  26.6 
 
 		 300 aa  82  0.000000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.09355e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  34.3 
 
 		 245 aa  81.6  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>