160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2756 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  100 
 
 		 247 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  60.16 
 
 		 241 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  55.12 
 
 		 246 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  56.45 
 
 		 237 aa  248  9e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  50.59 
 
 		 251 aa  244  8e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  56.92 
 
 		 243 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  54.83 
 
 		 258 aa  234  9e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  54.72 
 
 		 251 aa  231  1e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  46.59 
 
 		 260 aa  192  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  44.84 
 
 		 251 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  42.86 
 
 		 258 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  47.41 
 
 		 257 aa  179  4e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  45.12 
 
 		 235 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  44.71 
 
 		 251 aa  148  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  42.75 
 
 		 236 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  42.31 
 
 		 240 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  38.43 
 
 		 245 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  39.39 
 
 		 243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  40.08 
 
 		 237 aa  118  7e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  38.96 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  39.15 
 
 		 237 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  38.52 
 
 		 255 aa  115  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  37.36 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  41 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  38.56 
 
 		 997 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  38.15 
 
 		 453 aa  108  6e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  37.05 
 
 		 245 aa  108  7.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  37.5 
 
 		 452 aa  108  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  36.92 
 
 		 242 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  37.74 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  40.08 
 
 		 238 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  39.04 
 
 		 238 aa  101  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  34.65 
 
 		 254 aa  101  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  33.85 
 
 		 244 aa  97.4  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  37.25 
 
 		 241 aa  97.1  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  37.88 
 
 		 212 aa  95.5  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  36.14 
 
 		 447 aa  95.5  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  37.85 
 
 		 241 aa  90.9  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  31.88 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  32.92 
 
 		 225 aa  88.6  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  36.65 
 
 		 258 aa  86.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  30.67 
 
 		 652 aa  85.5  8e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  32.24 
 
 		 254 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  32.86 
 
 		 193 aa  82.4  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  35.92 
 
 		 209 aa  80.1  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  33.86 
 
 		 449 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  30.22 
 
 		 232 aa  79.7  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  35.78 
 
 		 248 aa  79  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  35.86 
 
 		 449 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  31.08 
 
 		 559 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  30.49 
 
 		 562 aa  75.5  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  36.33 
 
 		 454 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  31.48 
 
 		 566 aa  72.4  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  33.9 
 
 		 570 aa  72  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  34.46 
 
 		 570 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3232  OmpA domain-containing protein  29.76 
 
 		 230 aa  71.6  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000209958  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  32.22 
 
 		 250 aa  71.2  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  32.58 
 
 		 578 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  31.11 
 
 		 274 aa  69.3  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.19 
 
 		 206 aa  69.7  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  30.7 
 
 		 561 aa  69.3  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  31.05 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.06 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3005  porin  29.6 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3108  porin  29.6 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0475237 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2882  porin  29.6 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  31.6 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  30.56 
 
 		 274 aa  65.9  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0415  outer membrane protein  31.02 
 
 		 255 aa  65.5  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  29.63 
 
 		 274 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  30.74 
 
 		 703 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  30.88 
 
 		 689 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  32.27 
 
 		 703 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  31.96 
 
 		 277 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.15 
 
 		 710 aa  63.5  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  27.83 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  32.16 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  31.22 
 
 		 661 aa  62.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  31.28 
 
 		 638 aa  62.4  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.54 
 
 		 207 aa  62  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  35.98 
 
 		 236 aa  62  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5256  porin  31.98 
 
 		 287 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  31.58 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  31.32 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4247  porin  31.82 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.740101  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1340  porin  29.15 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1182  porin  29.15 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.798606  normal  0.0724335 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  28.69 
 
 		 692 aa  59.7  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3292  porin  29.26 
 
 		 296 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1292  porin  30.77 
 
 		 276 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  29.03 
 
 		 703 aa  59.3  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  27.75 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.34 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  28.83 
 
 		 283 aa  58.9  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  29.82 
 
 		 261 aa  58.2  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  31.68 
 
 		 207 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  33.93 
 
 		 662 aa  58.5  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  37.89 
 
 		 204 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  31.84 
 
 		 207 aa  57  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  28.24 
 
 		 239 aa  57  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>