184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3234 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  100 
 
 
237 aa  473  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  88.24 
 
 
237 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  80.17 
 
 
240 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  73.95 
 
 
236 aa  341  5.999999999999999e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  68.62 
 
 
236 aa  319  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  71.83 
 
 
238 aa  296  2e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  67.67 
 
 
241 aa  279  2e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  59.02 
 
 
251 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  56.64 
 
 
243 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  56 
 
 
242 aa  232  5e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  56.4 
 
 
238 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  55.31 
 
 
243 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  50 
 
 
245 aa  194  1e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  52.28 
 
 
241 aa  193  2e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  51.79 
 
 
193 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  48.07 
 
 
209 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  39.38 
 
 
245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  37.1 
 
 
237 aa  120  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  36.13 
 
 
225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  38.46 
 
 
274 aa  118  7e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  39.15 
 
 
247 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  39.47 
 
 
258 aa  115  6e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  40.7 
 
 
243 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  40.08 
 
 
241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  36.19 
 
 
246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  37.55 
 
 
251 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  39.09 
 
 
447 aa  105  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  35.98 
 
 
254 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  35.61 
 
 
251 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  36.02 
 
 
559 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  33.76 
 
 
692 aa  100  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  38.79 
 
 
248 aa  97.4  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  38.83 
 
 
212 aa  97.4  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  34.05 
 
 
207 aa  96.3  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  32.82 
 
 
570 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  30.34 
 
 
566 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  32.68 
 
 
244 aa  94  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  36.65 
 
 
449 aa  93.2  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  30.6 
 
 
254 aa  92.8  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  32.89 
 
 
562 aa  92.8  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  36.16 
 
 
454 aa  92.8  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  33.03 
 
 
255 aa  92  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  32.62 
 
 
561 aa  91.7  9e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  32.93 
 
 
997 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  32.89 
 
 
232 aa  90.5  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  36.22 
 
 
453 aa  89.7  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  37.5 
 
 
452 aa  89.7  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  33.33 
 
 
255 aa  89.4  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  34.62 
 
 
255 aa  88.6  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  36.41 
 
 
207 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.12 
 
 
207 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  35.16 
 
 
258 aa  86.3  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.11 
 
 
206 aa  86.3  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  33.83 
 
 
207 aa  85.9  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  33.63 
 
 
449 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  32.69 
 
 
570 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3979  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.58 
 
 
262 aa  85.1  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  34.96 
 
 
260 aa  84  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  32.47 
 
 
236 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  30.09 
 
 
710 aa  83.2  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  34.36 
 
 
257 aa  81.6  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6718  hypothetical protein  39.43 
 
 
550 aa  81.3  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  32.2 
 
 
274 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  33.96 
 
 
258 aa  80.5  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  31.47 
 
 
219 aa  80.1  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.88 
 
 
206 aa  79.3  0.00000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  31.98 
 
 
578 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  31.92 
 
 
662 aa  78.6  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.13 
 
 
207 aa  78.6  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  35.36 
 
 
251 aa  78.6  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  30.52 
 
 
240 aa  77.4  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  33.33 
 
 
250 aa  77  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  32.35 
 
 
674 aa  76.3  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  30.05 
 
 
206 aa  76.3  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  33.2 
 
 
248 aa  76.3  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  33.94 
 
 
235 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  32.41 
 
 
237 aa  74.7  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  29.13 
 
 
689 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  30 
 
 
234 aa  73.6  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  30.08 
 
 
693 aa  73.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  30.4 
 
 
240 aa  73.6  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  24.79 
 
 
228 aa  73.9  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  30 
 
 
261 aa  73.6  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  29.46 
 
 
670 aa  73.2  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  29.71 
 
 
213 aa  72  0.000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  30.94 
 
 
212 aa  71.2  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  30.04 
 
 
274 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  30.04 
 
 
274 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  29.54 
 
 
652 aa  70.1  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  31.14 
 
 
283 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  28.75 
 
 
213 aa  70.1  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1699  hypothetical protein  30.34 
 
 
198 aa  69.7  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.013391  normal  0.0555253 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  36.67 
 
 
279 aa  69.7  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  29.95 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  28.76 
 
 
724 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  30.97 
 
 
645 aa  66.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2867  porin  30.53 
 
 
285 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  29.55 
 
 
250 aa  65.9  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  31.25 
 
 
207 aa  65.9  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  30.95 
 
 
661 aa  65.5  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.284083 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>