161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2080 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  100 
 
 
251 aa  505  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  76.36 
 
 
258 aa  382  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  59.46 
 
 
246 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  56.64 
 
 
243 aa  264  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  52.34 
 
 
251 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  56.69 
 
 
241 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  56.69 
 
 
247 aa  262  4e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  54.76 
 
 
237 aa  261  6e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  52.33 
 
 
251 aa  260  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  49.81 
 
 
260 aa  230  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  45.34 
 
 
258 aa  212  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  48.83 
 
 
257 aa  206  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  38.71 
 
 
235 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  41.47 
 
 
245 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  38.7 
 
 
237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  40.68 
 
 
237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  39.69 
 
 
240 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  36.96 
 
 
251 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  38.22 
 
 
236 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  38.11 
 
 
997 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  40.53 
 
 
248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  36.09 
 
 
255 aa  112  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  37.88 
 
 
274 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.77 
 
 
236 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  36.11 
 
 
452 aa  105  6e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  34.65 
 
 
453 aa  103  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  39.25 
 
 
243 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  37.64 
 
 
245 aa  102  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  37.7 
 
 
241 aa  100  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  37.39 
 
 
243 aa  99.4  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  31.98 
 
 
254 aa  96.3  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  35.83 
 
 
447 aa  96.3  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  36.96 
 
 
238 aa  95.5  7e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  38.12 
 
 
212 aa  95.5  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  38.17 
 
 
238 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  33.16 
 
 
232 aa  94  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  34.2 
 
 
225 aa  93.6  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  29.17 
 
 
566 aa  92  9e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  34.55 
 
 
241 aa  91.3  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  33.05 
 
 
258 aa  90.1  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  29 
 
 
652 aa  87.8  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  31.97 
 
 
570 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  34.31 
 
 
242 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  31.56 
 
 
570 aa  85.9  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  32.91 
 
 
559 aa  85.9  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  33.07 
 
 
449 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3232  OmpA domain-containing protein  31.56 
 
 
230 aa  84.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000209958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  31.75 
 
 
193 aa  85.1  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  34.48 
 
 
449 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  31.7 
 
 
248 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  31.7 
 
 
254 aa  82.4  0.000000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  30.58 
 
 
250 aa  82  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  32.76 
 
 
561 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  29.74 
 
 
454 aa  79  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  30.86 
 
 
562 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  27.41 
 
 
255 aa  75.9  0.0000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  30 
 
 
209 aa  75.9  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  29.65 
 
 
244 aa  75.5  0.0000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  30.2 
 
 
578 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  35.06 
 
 
689 aa  72  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  37.3 
 
 
674 aa  70.5  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  32.02 
 
 
207 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  31.71 
 
 
205 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  37.13 
 
 
692 aa  69.3  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.52 
 
 
206 aa  68.9  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.92 
 
 
206 aa  68.2  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  32.75 
 
 
661 aa  68.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.66 
 
 
207 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1908  hypothetical protein  34.18 
 
 
212 aa  67.8  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.807781  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  27.98 
 
 
638 aa  66.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  31.98 
 
 
237 aa  66.2  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  30.34 
 
 
239 aa  65.9  0.0000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.4 
 
 
207 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  29.36 
 
 
207 aa  64.3  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  27.78 
 
 
240 aa  62.8  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  34.48 
 
 
236 aa  62.4  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  27.95 
 
 
703 aa  62  0.000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1247  hypothetical protein  32.43 
 
 
212 aa  62  0.000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.274349  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  29.76 
 
 
708 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_004310  BR1284  hypothetical protein  32.43 
 
 
212 aa  60.8  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.40204  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  28.14 
 
 
645 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  29.77 
 
 
207 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  31.79 
 
 
274 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  30.28 
 
 
204 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  32.29 
 
 
250 aa  59.3  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  27.51 
 
 
703 aa  59.3  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  32.39 
 
 
206 aa  58.9  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  31.18 
 
 
710 aa  58.5  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  31.55 
 
 
234 aa  58.2  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  31.15 
 
 
662 aa  58.5  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  32 
 
 
207 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  27.46 
 
 
277 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5256  porin  29.53 
 
 
287 aa  57  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6126  putative outer membrane protein  29.92 
 
 
577 aa  57  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4957  porin  27.78 
 
 
302 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6718  hypothetical protein  32.75 
 
 
550 aa  56.2  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  29.52 
 
 
670 aa  55.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  25.78 
 
 
261 aa  55.5  0.0000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3292  porin  28.62 
 
 
296 aa  55.5  0.0000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  30.77 
 
 
279 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>