163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4401 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  81.67 
 
 		 561 aa  904    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  85.69 
 
 		 562 aa  973    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  100 
 
 		 559 aa  1143    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  47.84 
 
 		 570 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  47.37 
 
 		 570 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  46.71 
 
 		 566 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  35.14 
 
 		 997 aa  273  6e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  34.84 
 
 		 571 aa  226  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6126  putative outer membrane protein  32.98 
 
 		 577 aa  220  5e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7000  hypothetical protein  32.81 
 
 		 583 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.000000122606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  41.96 
 
 		 578 aa  192  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  37.07 
 
 		 236 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.63 
 
 		 236 aa  121  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  37.45 
 
 		 243 aa  120  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  36.02 
 
 		 237 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  34.87 
 
 		 237 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  35.07 
 
 		 251 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  35.71 
 
 		 255 aa  107  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  34.87 
 
 		 240 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  34.67 
 
 		 193 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  35.98 
 
 		 692 aa  103  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  33.47 
 
 		 238 aa  103  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  39.66 
 
 		 238 aa  99.4  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  32.5 
 
 		 242 aa  97.8  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  33.33 
 
 		 243 aa  94.4  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  31.22 
 
 		 235 aa  90.9  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  30.52 
 
 		 244 aa  89.4  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  32.48 
 
 		 258 aa  88.6  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  31.3 
 
 		 240 aa  87.4  6e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  30 
 
 		 255 aa  86.7  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  32.52 
 
 		 674 aa  85.9  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  34.77 
 
 		 245 aa  85.9  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  29.01 
 
 		 237 aa  85.9  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  34.2 
 
 		 254 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  32.79 
 
 		 245 aa  85.1  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  30.53 
 
 		 248 aa  85.1  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  33.04 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  30.04 
 
 		 241 aa  84.7  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  34.2 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  29.89 
 
 		 258 aa  83.2  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  30.66 
 
 		 247 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  30.83 
 
 		 246 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  33.8 
 
 		 453 aa  82  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  28.88 
 
 		 243 aa  82  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  36.02 
 
 		 248 aa  82  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  32.88 
 
 		 689 aa  81.3  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  29.92 
 
 		 209 aa  80.9  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  33.2 
 
 		 241 aa  79.7  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35.16 
 
 		 598 aa  79.7  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  31.54 
 
 		 240 aa  79.3  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  30.97 
 
 		 670 aa  79.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  30.38 
 
 		 237 aa  79.3  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  29.43 
 
 		 693 aa  79  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  32.91 
 
 		 251 aa  78.6  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  33.03 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  30.24 
 
 		 260 aa  78.2  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  32.22 
 
 		 452 aa  77.8  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  33.04 
 
 		 662 aa  77.4  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  29.57 
 
 		 254 aa  77  0.0000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  31.38 
 
 		 274 aa  75.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  29.73 
 
 		 447 aa  75.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  30.27 
 
 		 449 aa  76.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  31.09 
 
 		 258 aa  75.5  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1434  porin  31.23 
 
 		 215 aa  74.3  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000170273 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  31.78 
 
 		 232 aa  74.3  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  30 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  30.53 
 
 		 449 aa  73.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  28.74 
 
 		 724 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  30.8 
 
 		 257 aa  72.8  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  30.09 
 
 		 661 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  30.63 
 
 		 277 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  29.59 
 
 		 454 aa  70.9  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  30.17 
 
 		 680 aa  70.9  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  27.14 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  31.6 
 
 		 638 aa  70.5  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  32.52 
 
 		 652 aa  70.1  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  27.85 
 
 		 234 aa  69.7  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  28.19 
 
 		 250 aa  70.1  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  26.76 
 
 		 228 aa  68.6  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  29 
 
 		 261 aa  67.4  0.0000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  31.69 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  30.37 
 
 		 236 aa  67  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  30.34 
 
 		 251 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  32.74 
 
 		 212 aa  65.9  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6718  hypothetical protein  33 
 
 		 550 aa  65.5  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  28.86 
 
 		 283 aa  66.2  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  28.89 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  29.37 
 
 		 279 aa  63.9  0.000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4247  porin  30.45 
 
 		 278 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.740101  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  28.78 
 
 		 255 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  31.63 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  32.77 
 
 		 240 aa  61.2  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  29.07 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  29.8 
 
 		 645 aa  60.8  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4957  porin  28.57 
 
 		 302 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0072  outer membrane immunogenic protein  26.98 
 
 		 225 aa  60.1  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.17135e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  23.56 
 
 		 230 aa  58.9  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  30.04 
 
 		 710 aa  58.9  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  23.56 
 
 		 230 aa  58.9  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6698  porin  32.46 
 
 		 246 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>