181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1666 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  100 
 
 		 238 aa  472  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  71.01 
 
 		 240 aa  349  2e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  71.85 
 
 		 237 aa  348  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  69.87 
 
 		 237 aa  335  5e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  70.29 
 
 		 236 aa  327  7e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  80.6 
 
 		 241 aa  325  3e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  66.11 
 
 		 236 aa  306  3e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  59.59 
 
 		 251 aa  251  7e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  61.06 
 
 		 243 aa  246  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  57.77 
 
 		 242 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  57.43 
 
 		 238 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  57.31 
 
 		 243 aa  222  4e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  57.36 
 
 		 193 aa  203  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  53.82 
 
 		 245 aa  199  3e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  52.24 
 
 		 241 aa  191  7e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  51.3 
 
 		 209 aa  187  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  42.46 
 
 		 237 aa  136  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  42.02 
 
 		 247 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  40.54 
 
 		 245 aa  126  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  36.1 
 
 		 225 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  39.74 
 
 		 559 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  37.07 
 
 		 562 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  34.01 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  39.53 
 
 		 243 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  36.36 
 
 		 254 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  34.63 
 
 		 255 aa  107  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  36.09 
 
 		 274 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  35.32 
 
 		 566 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  33.85 
 
 		 254 aa  105  8e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  36.33 
 
 		 453 aa  104  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  38.72 
 
 		 258 aa  104  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  34.69 
 
 		 570 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  37.98 
 
 		 452 aa  103  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  36.91 
 
 		 251 aa  102  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  36.36 
 
 		 561 aa  101  8e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  35.34 
 
 		 251 aa  101  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  39.76 
 
 		 241 aa  101  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  35.29 
 
 		 207 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  36.21 
 
 		 255 aa  99.4  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  40.38 
 
 		 248 aa  99  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  36.96 
 
 		 454 aa  97.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  34.4 
 
 		 997 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  36.2 
 
 		 447 aa  96.3  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  37.17 
 
 		 246 aa  95.1  9e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  35.11 
 
 		 232 aa  94.7  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  35.47 
 
 		 570 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  32.94 
 
 		 240 aa  92.8  4e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  35.75 
 
 		 449 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  34.85 
 
 		 260 aa  91.3  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35.02 
 
 		 710 aa  89.7  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  34.21 
 
 		 258 aa  89  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  37.91 
 
 		 212 aa  87.8  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  36.32 
 
 		 449 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  32.13 
 
 		 692 aa  86.3  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  31.75 
 
 		 240 aa  85.1  9e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  32.5 
 
 		 578 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.68 
 
 		 207 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  33.98 
 
 		 248 aa  82.8  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  30.92 
 
 		 261 aa  82.4  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  30.47 
 
 		 228 aa  82  0.000000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  32.85 
 
 		 236 aa  81.6  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  32.44 
 
 		 571 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  30.77 
 
 		 680 aa  81.3  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  35.53 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  32.9 
 
 		 638 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  35.65 
 
 		 207 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  33.2 
 
 		 237 aa  80.9  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  31.51 
 
 		 652 aa  79.7  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  34.87 
 
 		 250 aa  80.1  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  34.8 
 
 		 207 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  32.55 
 
 		 234 aa  80.1  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  29.09 
 
 		 274 aa  79.7  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3979  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.14 
 
 		 262 aa  79.7  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  33.63 
 
 		 645 aa  79  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  35.14 
 
 		 235 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6718  hypothetical protein  39.89 
 
 		 550 aa  77  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  29.91 
 
 		 693 aa  77  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  32.73 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.49 
 
 		 206 aa  75.9  0.0000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  33.33 
 
 		 724 aa  75.5  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  32.02 
 
 		 665 aa  75.1  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  30.8 
 
 		 670 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  33.96 
 
 		 662 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.65 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0415  outer membrane protein  32.95 
 
 		 255 aa  73.9  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  29.82 
 
 		 283 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  33.01 
 
 		 689 aa  72.4  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  34.77 
 
 		 250 aa  72  0.000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  31.75 
 
 		 258 aa  72  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  28.33 
 
 		 236 aa  71.6  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.02 
 
 		 661 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.84 
 
 		 206 aa  70.5  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  31.75 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  32.82 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  29.73 
 
 		 219 aa  69.3  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  30.88 
 
 		 206 aa  68.9  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  31.49 
 
 		 279 aa  68.9  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  29.58 
 
 		 213 aa  68.9  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3232  OmpA domain-containing protein  30.04 
 
 		 230 aa  68.6  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000209958  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  29.57 
 
 		 212 aa  68.6  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>