156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3614 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  100 
 
 		 235 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  47.93 
 
 		 246 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  47.9 
 
 		 243 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  47.26 
 
 		 241 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  43.5 
 
 		 251 aa  190  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  43.93 
 
 		 237 aa  179  4e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  45.12 
 
 		 247 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  43.03 
 
 		 257 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  43.92 
 
 		 260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  41.1 
 
 		 258 aa  159  4e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  39.75 
 
 		 258 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  37.1 
 
 		 251 aa  148  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  38.15 
 
 		 251 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  35.81 
 
 		 255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  38.06 
 
 		 236 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  38.33 
 
 		 251 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  34.73 
 
 		 997 aa  104  9e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  33.19 
 
 		 254 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.95 
 
 		 236 aa  102  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  37.92 
 
 		 241 aa  102  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  36.33 
 
 		 240 aa  95.5  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  33.63 
 
 		 561 aa  95.5  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  36.07 
 
 		 237 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  34.25 
 
 		 232 aa  93.6  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  36.79 
 
 		 238 aa  93.2  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  31.09 
 
 		 562 aa  92.8  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  36.21 
 
 		 245 aa  92  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  35.34 
 
 		 237 aa  91.7  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  36.92 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  33.07 
 
 		 570 aa  89.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  31.22 
 
 		 559 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  34.69 
 
 		 245 aa  89.7  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.65 
 
 		 243 aa  87.8  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  36.47 
 
 		 274 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  33.05 
 
 		 225 aa  87.4  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  32.22 
 
 		 652 aa  86.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  31.82 
 
 		 570 aa  85.9  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  35.85 
 
 		 254 aa  83.2  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  30.19 
 
 		 566 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  33.93 
 
 		 258 aa  80.9  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  30.6 
 
 		 244 aa  79  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  34.53 
 
 		 243 aa  79  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  31.71 
 
 		 237 aa  79  0.00000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  31.37 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  31.55 
 
 		 234 aa  75.5  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  30.36 
 
 		 578 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  31.1 
 
 		 447 aa  75.1  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  34.84 
 
 		 453 aa  75.1  0.0000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  31.2 
 
 		 571 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  28.97 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  29.62 
 
 		 261 aa  72.4  0.000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  33.8 
 
 		 238 aa  72  0.000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3232  OmpA domain-containing protein  31.5 
 
 		 230 aa  72  0.000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000209958  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  29.82 
 
 		 283 aa  71.6  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  32.78 
 
 		 248 aa  71.2  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  31.73 
 
 		 193 aa  70.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  31.6 
 
 		 241 aa  70.1  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  32.76 
 
 		 638 aa  69.7  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  29.81 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  30.05 
 
 		 250 aa  68.6  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  32.77 
 
 		 209 aa  67.8  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  30.81 
 
 		 449 aa  68.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  30.52 
 
 		 204 aa  67.8  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  29.2 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  33.57 
 
 		 248 aa  67.4  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  27.73 
 
 		 213 aa  67  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  27.83 
 
 		 454 aa  66.2  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  28.05 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  31.74 
 
 		 645 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  31.17 
 
 		 452 aa  65.1  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  30.12 
 
 		 692 aa  64.3  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  29.6 
 
 		 206 aa  64.3  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.41 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  29.52 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  28.57 
 
 		 229 aa  62.8  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  29.17 
 
 		 449 aa  62.4  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  30.04 
 
 		 207 aa  62  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  27.19 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  30.67 
 
 		 703 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  30.36 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  31.87 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1908  hypothetical protein  31.51 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.807781  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  28.1 
 
 		 274 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  30.84 
 
 		 703 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0072  outer membrane immunogenic protein  28.12 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.17135e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  31.79 
 
 		 279 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  27.52 
 
 		 250 aa  59.3  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  30.52 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  29.6 
 
 		 674 aa  58.9  0.00000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  31.05 
 
 		 274 aa  58.9  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  30.43 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  31.33 
 
 		 240 aa  58.2  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  30.81 
 
 		 236 aa  57.8  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  27.31 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  26.92 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6698  porin  32.8 
 
 		 246 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  28.95 
 
 		 708 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3108  porin  33.53 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0475237 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2882  porin  33.53 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  27.71 
 
 		 240 aa  56.6  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>