160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2010 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  98.44 
 
 		 703 aa  1385    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  90.61 
 
 		 703 aa  1262    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  69.21 
 
 		 708 aa  923    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 703 aa  1407    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  46.03 
 
 		 710 aa  494  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  39.34 
 
 		 662 aa  425  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  40.96 
 
 		 674 aa  418  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  39.38 
 
 		 661 aa  419  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  40.28 
 
 		 692 aa  419  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  39.32 
 
 		 689 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  40.91 
 
 		 598 aa  416  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  39.21 
 
 		 693 aa  399  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  39.76 
 
 		 670 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  37.07 
 
 		 724 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  37.85 
 
 		 680 aa  363  8e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  45.67 
 
 		 498 aa  362  1e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  44.21 
 
 		 462 aa  353  8.999999999999999e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  44.96 
 
 		 498 aa  352  8.999999999999999e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  44.21 
 
 		 446 aa  352  1e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  44.21 
 
 		 501 aa  340  8e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  33.48 
 
 		 665 aa  335  2e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  38.37 
 
 		 499 aa  310  5.9999999999999995e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  39.64 
 
 		 492 aa  305  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  41.12 
 
 		 437 aa  302  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  39.62 
 
 		 482 aa  293  8e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  39.62 
 
 		 482 aa  293  8e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  39.38 
 
 		 476 aa  289  1e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  38.06 
 
 		 494 aa  286  7e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  38.9 
 
 		 482 aa  286  8e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  36.88 
 
 		 458 aa  285  3.0000000000000004e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  35.58 
 
 		 471 aa  268  2e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  35.41 
 
 		 472 aa  268  2e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  38.64 
 
 		 478 aa  264  4.999999999999999e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35.62 
 
 		 490 aa  239  1e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  27.54 
 
 		 471 aa  159  1e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  27.54 
 
 		 473 aa  158  3e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  30.83 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  35.62 
 
 		 261 aa  75.9  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  33.67 
 
 		 234 aa  73.6  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  32.76 
 
 		 452 aa  69.3  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  32.7 
 
 		 207 aa  69.3  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  37.11 
 
 		 212 aa  68.9  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.77 
 
 		 207 aa  68.6  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  32.16 
 
 		 240 aa  67.4  0.0000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  28.27 
 
 		 246 aa  66.6  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.04 
 
 		 207 aa  67  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  32.98 
 
 		 240 aa  67.4  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  31.82 
 
 		 237 aa  66.6  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  32.88 
 
 		 211 aa  65.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040892 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  30.33 
 
 		 225 aa  66.2  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  30.91 
 
 		 254 aa  65.9  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  33.62 
 
 		 453 aa  65.1  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  28.87 
 
 		 244 aa  65.1  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  30 
 
 		 566 aa  64.7  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  30.97 
 
 		 240 aa  64.7  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  33.12 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  32.27 
 
 		 247 aa  63.9  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  32.19 
 
 		 211 aa  63.9  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  0.0000166827 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  35.25 
 
 		 206 aa  63.5  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  32.64 
 
 		 274 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  30.32 
 
 		 243 aa  62.4  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  31.31 
 
 		 447 aa  62  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.78 
 
 		 206 aa  62  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1973  OmpA-like transmembrane region  36.5 
 
 		 216 aa  62  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  31.86 
 
 		 255 aa  62.4  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  31.21 
 
 		 207 aa  62  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  31.14 
 
 		 578 aa  61.2  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  31.89 
 
 		 241 aa  61.2  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  32.41 
 
 		 997 aa  60.8  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  31.41 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  30.05 
 
 		 236 aa  58.9  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.88 
 
 		 206 aa  58.2  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  29.57 
 
 		 449 aa  58.2  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  32.43 
 
 		 454 aa  58.2  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  29.84 
 
 		 234 aa  57.8  0.0000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS06177  hypothetical protein  43.06 
 
 		 116 aa  57.4  0.0000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  30.46 
 
 		 235 aa  57.4  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  29.85 
 
 		 250 aa  57.4  0.0000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5303  porin  28.47 
 
 		 299 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  28.32 
 
 		 212 aa  57  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  29.78 
 
 		 571 aa  56.6  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  28.94 
 
 		 254 aa  56.2  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  31.79 
 
 		 652 aa  55.8  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  28.06 
 
 		 453 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5381  outer membrane insertion C-terminal signal  27.62 
 
 		 299 aa  55.1  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0409917  normal  0.642403 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  31.85 
 
 		 258 aa  54.7  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  32.43 
 
 		 228 aa  54.7  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  30.34 
 
 		 449 aa  54.3  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  29.17 
 
 		 248 aa  53.5  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1434  porin  35.51 
 
 		 215 aa  53.5  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000170273 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  30 
 
 		 283 aa  53.9  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  31.11 
 
 		 248 aa  53.5  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  24.7 
 
 		 444 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  28.87 
 
 		 258 aa  52.8  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  29.29 
 
 		 258 aa  53.1  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4795  outer membrane insertion C-terminal signal  31.43 
 
 		 263 aa  52.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.814191  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  24.7 
 
 		 444 aa  53.1  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  29.85 
 
 		 250 aa  52.4  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  26.9 
 
 		 251 aa  52  0.00004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  25.99 
 
 		 236 aa  51.6  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>