179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0925 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0925  porin  100 
 
 		 243 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  82.38 
 
 		 242 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  83.2 
 
 		 238 aa  358  4e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  70.9 
 
 		 251 aa  328  5.0000000000000004e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  60.16 
 
 		 236 aa  265  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  58.89 
 
 		 237 aa  259  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  56.52 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  55.56 
 
 		 237 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  55.34 
 
 		 236 aa  239  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  56.28 
 
 		 243 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  54.37 
 
 		 245 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  55.74 
 
 		 241 aa  216  2e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  55.95 
 
 		 238 aa  199  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  51.26 
 
 		 209 aa  195  6e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  50 
 
 		 241 aa  183  3e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  49.02 
 
 		 193 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  41.38 
 
 		 247 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  43.36 
 
 		 237 aa  135  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  43.08 
 
 		 245 aa  133  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  42.47 
 
 		 246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  38.4 
 
 		 254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  41.73 
 
 		 243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  37.6 
 
 		 453 aa  125  5e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  40.61 
 
 		 274 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  41 
 
 		 241 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  37.64 
 
 		 251 aa  119  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  36.44 
 
 		 452 aa  115  5e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  43.66 
 
 		 248 aa  115  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  39.63 
 
 		 258 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  37 
 
 		 447 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  33.09 
 
 		 566 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  34.57 
 
 		 570 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  36.95 
 
 		 240 aa  109  4.0000000000000004e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  36.4 
 
 		 240 aa  108  8.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  36.98 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  37.83 
 
 		 454 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  35.32 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  39.25 
 
 		 251 aa  104  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  33.78 
 
 		 449 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3979  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.04 
 
 		 262 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  33.61 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  36.28 
 
 		 449 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  32.57 
 
 		 244 aa  99.4  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  35.02 
 
 		 570 aa  99  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  33.82 
 
 		 562 aa  98.6  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  35.34 
 
 		 258 aa  97.4  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  35.48 
 
 		 997 aa  96.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  33.78 
 
 		 232 aa  94.7  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  36.3 
 
 		 260 aa  93.2  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  33.33 
 
 		 559 aa  93.2  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  34.51 
 
 		 255 aa  92  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  34.16 
 
 		 561 aa  91.7  9e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  33.03 
 
 		 219 aa  91.3  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  33.71 
 
 		 261 aa  90.9  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  33.2 
 
 		 578 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  33.2 
 
 		 207 aa  88.6  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  34.77 
 
 		 248 aa  88.2  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  34.62 
 
 		 689 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  34.48 
 
 		 255 aa  87  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  40 
 
 		 212 aa  85.5  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  34.52 
 
 		 239 aa  85.5  8e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  32.79 
 
 		 692 aa  84.7  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0415  outer membrane protein  32.8 
 
 		 255 aa  84.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  30.77 
 
 		 274 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  32.57 
 
 		 250 aa  82.4  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  35.98 
 
 		 257 aa  82.4  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  29.58 
 
 		 228 aa  82  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  32.66 
 
 		 652 aa  82  0.000000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  34.87 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  31.47 
 
 		 237 aa  79.3  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.03 
 
 		 661 aa  79  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  28.12 
 
 		 693 aa  79  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  36.25 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  32.77 
 
 		 206 aa  77.8  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  32.3 
 
 		 250 aa  77.4  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  28.87 
 
 		 283 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  33.5 
 
 		 234 aa  76.6  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  35 
 
 		 638 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  32.91 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.25 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  29.46 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  34.57 
 
 		 645 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  30.27 
 
 		 680 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.04 
 
 		 710 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  29.46 
 
 		 274 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  31.16 
 
 		 662 aa  73.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  29.27 
 
 		 279 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  31.45 
 
 		 228 aa  72.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  32.08 
 
 		 258 aa  72.8  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  29.71 
 
 		 213 aa  72.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  30.32 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  30.29 
 
 		 207 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  31.22 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  33.68 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  33.05 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  32 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  30.2 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  31.8 
 
 		 229 aa  69.7  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4957  porin  31.09 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  32.87 
 
 		 279 aa  69.3  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>