198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0888 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0888  porin  100 
 
 		 239 aa  474  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  50.61 
 
 		 254 aa  202  3e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  50.99 
 
 		 255 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  48.58 
 
 		 250 aa  181  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  43.57 
 
 		 244 aa  179  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  44.06 
 
 		 240 aa  152  4e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  41.7 
 
 		 229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  38.89 
 
 		 228 aa  132  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  38.66 
 
 		 228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  36.67 
 
 		 236 aa  128  9.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  39.47 
 
 		 258 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  34.73 
 
 		 228 aa  125  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  35.68 
 
 		 230 aa  122  5e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  35.68 
 
 		 230 aa  122  5e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  39.23 
 
 		 232 aa  122  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  36.74 
 
 		 207 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  35.27 
 
 		 255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  38.89 
 
 		 248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  36.28 
 
 		 250 aa  108  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  41.9 
 
 		 207 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  34.09 
 
 		 447 aa  105  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  35.56 
 
 		 229 aa  105  9e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  34.68 
 
 		 454 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.02 
 
 		 206 aa  103  4e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  34.39 
 
 		 283 aa  102  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.33 
 
 		 206 aa  101  9e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  36.36 
 
 		 236 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  31.42 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.19 
 
 		 207 aa  98.6  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  32.33 
 
 		 225 aa  98.6  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  36.41 
 
 		 207 aa  98.2  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  36 
 
 		 234 aa  97.8  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  31.2 
 
 		 240 aa  97.4  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  31.35 
 
 		 240 aa  96.3  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  32.57 
 
 		 449 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  33.98 
 
 		 997 aa  94.4  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  34.52 
 
 		 206 aa  94  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.88 
 
 		 236 aa  94  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  31.33 
 
 		 213 aa  93.2  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  35.21 
 
 		 237 aa  92  7e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  31.87 
 
 		 236 aa  92  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  34.36 
 
 		 207 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  31.76 
 
 		 213 aa  89.7  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  32.91 
 
 		 453 aa  90.1  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  32.14 
 
 		 452 aa  90.1  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  33.87 
 
 		 245 aa  90.1  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1434  porin  40.89 
 
 		 215 aa  90.1  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000170273 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  34.85 
 
 		 254 aa  89.7  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  33.33 
 
 		 207 aa  89.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  32.86 
 
 		 449 aa  89  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1214  omp25/ropB family outer membrane protein  26.8 
 
 		 300 aa  87.8  1e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.09355e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35.75 
 
 		 661 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2972  porin  32.87 
 
 		 285 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  35.47 
 
 		 209 aa  86.3  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0072  outer membrane immunogenic protein  30.67 
 
 		 225 aa  85.9  5e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.17135e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35.19 
 
 		 710 aa  85.9  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  32.75 
 
 		 566 aa  85.5  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  35.34 
 
 		 205 aa  85.5  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  33.33 
 
 		 274 aa  85.1  8e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  34.1 
 
 		 243 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2745  porin  31.58 
 
 		 285 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  33.19 
 
 		 204 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  33.33 
 
 		 570 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  35.75 
 
 		 237 aa  83.6  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  33.49 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  30.83 
 
 		 240 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  35.26 
 
 		 248 aa  83.2  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0692  outer-membrane protein Omp25  30.47 
 
 		 201 aa  83.2  0.000000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  31.22 
 
 		 251 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.79 
 
 		 243 aa  80.5  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  31.47 
 
 		 242 aa  79  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  29.06 
 
 		 578 aa  79  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  34 
 
 		 234 aa  78.2  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  32.13 
 
 		 689 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  30.77 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  28.46 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  29.43 
 
 		 283 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  31.25 
 
 		 692 aa  74.7  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  30.52 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  30.67 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040892 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  33 
 
 		 193 aa  74.3  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  30.38 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  30.38 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0784  porin  30.9 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.0786165 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  32.52 
 
 		 652 aa  73.2  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  32.32 
 
 		 212 aa  73.6  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  30.05 
 
 		 279 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  29.13 
 
 		 237 aa  72.8  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  29.67 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  34.8 
 
 		 638 aa  72.4  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2979  outer membrane protein  39.83 
 
 		 212 aa  72  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  30.25 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  0.0000166827 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  32.19 
 
 		 251 aa  71.6  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6698  porin  33.2 
 
 		 246 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  30.3 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  29.47 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  31.82 
 
 		 245 aa  70.5  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1973  OmpA-like transmembrane region  29.23 
 
 		 216 aa  69.7  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  33.47 
 
 		 255 aa  69.7  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  31.8 
 
 		 570 aa  69.7  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>