164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1434 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1434  porin  100 
 
 		 215 aa  427  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000170273 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  51.27 
 
 		 207 aa  197  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2979  outer membrane protein  44.39 
 
 		 212 aa  135  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  36.82 
 
 		 213 aa  112  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  40 
 
 		 229 aa  112  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  38.71 
 
 		 204 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  37.33 
 
 		 205 aa  108  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  35 
 
 		 213 aa  106  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  33.91 
 
 		 230 aa  104  9e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  33.91 
 
 		 230 aa  104  9e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  40.59 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0692  outer-membrane protein Omp25  33.8 
 
 		 201 aa  102  6e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1973  OmpA-like transmembrane region  39.56 
 
 		 216 aa  101  9e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  40.1 
 
 		 228 aa  100  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  36.97 
 
 		 236 aa  100  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  35.32 
 
 		 228 aa  100  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  44.65 
 
 		 239 aa  99  5e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  39.22 
 
 		 254 aa  94  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  34.16 
 
 		 255 aa  93.2  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  34.09 
 
 		 244 aa  90.9  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  33.79 
 
 		 570 aa  88.6  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  37.82 
 
 		 207 aa  87.8  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.75 
 
 		 236 aa  85.9  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  36.59 
 
 		 229 aa  86.3  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0784  porin  33.94 
 
 		 212 aa  84.7  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.0786165 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  32.99 
 
 		 234 aa  84.3  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  32.91 
 
 		 237 aa  84  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  31.91 
 
 		 237 aa  84  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  31.35 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  32.2 
 
 		 240 aa  81.6  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  31.33 
 
 		 240 aa  80.5  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  33.64 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  34.98 
 
 		 211 aa  79  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040892 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  32.5 
 
 		 237 aa  78.2  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  33.33 
 
 		 207 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  35.18 
 
 		 240 aa  77.8  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  30.96 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  33.33 
 
 		 250 aa  77  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.79 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  35.43 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  0.0000166827 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  32.57 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  34.21 
 
 		 225 aa  75.9  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  32.07 
 
 		 237 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  29.73 
 
 		 261 aa  74.7  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  34.76 
 
 		 251 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  32.13 
 
 		 566 aa  73.2  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  30.6 
 
 		 559 aa  73.2  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  32.77 
 
 		 236 aa  71.2  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  31.76 
 
 		 207 aa  70.9  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1214  omp25/ropB family outer membrane protein  25.67 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.09355e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  35.52 
 
 		 997 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  34 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  33.33 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.78 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.61 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  31.03 
 
 		 561 aa  68.6  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  29.82 
 
 		 562 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  31.3 
 
 		 283 aa  67.8  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  31.39 
 
 		 570 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  31.8 
 
 		 255 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  32.86 
 
 		 243 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  35.37 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  35.03 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  29.61 
 
 		 708 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  33.66 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  32.27 
 
 		 238 aa  65.5  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  35.29 
 
 		 238 aa  65.5  0.0000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  31.09 
 
 		 206 aa  65.1  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  36.84 
 
 		 232 aa  65.1  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.21 
 
 		 207 aa  65.1  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  32 
 
 		 246 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  35.36 
 
 		 578 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  32.24 
 
 		 242 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  32.76 
 
 		 245 aa  63.9  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  33.33 
 
 		 254 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  30.96 
 
 		 692 aa  62  0.000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  31.98 
 
 		 447 aa  62  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  32.5 
 
 		 454 aa  62  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3292  porin  34.6 
 
 		 296 aa  62  0.000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  35.29 
 
 		 243 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  34.29 
 
 		 452 aa  60.8  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  29.92 
 
 		 274 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  29.92 
 
 		 274 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  30.9 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2334  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  32.59 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33 
 
 		 661 aa  59.3  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  29.1 
 
 		 283 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  34.87 
 
 		 277 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0072  outer membrane immunogenic protein  25.86 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.17135e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  34.73 
 
 		 662 aa  57.8  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  28.7 
 
 		 652 aa  57.4  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1500  putative outer-membrane protein  32.04 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.733507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  29.35 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  33.55 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  31.84 
 
 		 258 aa  56.2  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4335  porin  38.36 
 
 		 294 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.274353 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  31.96 
 
 		 703 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1284  hypothetical protein  28.24 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.40204  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5256  porin  32.9 
 
 		 287 aa  55.5  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1247  hypothetical protein  28.77 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.274349  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>