163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2979 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2979  outer membrane protein  100 
 
 		 212 aa  419  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  49.25 
 
 		 207 aa  182  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1434  porin  43.58 
 
 		 215 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000170273 
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  36.32 
 
 		 213 aa  135  3.0000000000000003e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  38.79 
 
 		 230 aa  131  9e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  38.79 
 
 		 230 aa  131  9e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0692  outer-membrane protein Omp25  35.58 
 
 		 201 aa  130  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  39.39 
 
 		 228 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  33.8 
 
 		 213 aa  124  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  36.02 
 
 		 236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  38.96 
 
 		 229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  36.84 
 
 		 228 aa  119  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  36.84 
 
 		 228 aa  119  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  40.93 
 
 		 229 aa  117  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  40.37 
 
 		 212 aa  115  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  35.24 
 
 		 205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0784  porin  36.87 
 
 		 212 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.0786165 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  34.74 
 
 		 204 aa  108  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1973  OmpA-like transmembrane region  39.44 
 
 		 216 aa  101  9e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  34.84 
 
 		 211 aa  95.5  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040892 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  35.75 
 
 		 211 aa  90.9  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  0.0000166827 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  37.62 
 
 		 232 aa  90.9  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  33.06 
 
 		 240 aa  88.2  7e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  32.67 
 
 		 240 aa  87.8  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  38.39 
 
 		 237 aa  87  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  33.51 
 
 		 207 aa  85.9  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  37.57 
 
 		 239 aa  84  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  31.62 
 
 		 255 aa  83.6  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  32.56 
 
 		 261 aa  81.6  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  32.9 
 
 		 244 aa  81.3  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.16 
 
 		 207 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  32.67 
 
 		 250 aa  78.6  0.00000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  35.29 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  35.07 
 
 		 248 aa  75.9  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  30.47 
 
 		 234 aa  75.5  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  31.15 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  32.39 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  30.65 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  31.34 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  30.97 
 
 		 251 aa  71.6  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  30.53 
 
 		 661 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  36.73 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  30.81 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0072  outer membrane immunogenic protein  30.41 
 
 		 225 aa  69.3  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.17135e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  29.6 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  31.34 
 
 		 209 aa  68.2  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  27.92 
 
 		 283 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  29.32 
 
 		 689 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  29.9 
 
 		 206 aa  67.8  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  28.81 
 
 		 578 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  31.58 
 
 		 570 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  30.82 
 
 		 283 aa  67.8  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.96 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  28.29 
 
 		 254 aa  64.7  0.0000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  29.18 
 
 		 708 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1215  omp25/ropB family outer membrane protein  27.92 
 
 		 281 aa  64.3  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  9.29798e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  29.09 
 
 		 997 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  29.47 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  30.46 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  27.53 
 
 		 274 aa  61.6  0.000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  29.41 
 
 		 566 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  31.18 
 
 		 692 aa  60.8  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1214  omp25/ropB family outer membrane protein  23.68 
 
 		 300 aa  60.8  0.00000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.09355e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  27.31 
 
 		 236 aa  60.1  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1213  omp25/ropB family outer membrane protein  33.33 
 
 		 284 aa  59.7  0.00000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000007665  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  27.98 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  31.76 
 
 		 674 aa  59.3  0.00000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  27.54 
 
 		 237 aa  59.3  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  28.98 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1437  hypothetical protein  25.9 
 
 		 223 aa  58.5  0.00000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  30.65 
 
 		 237 aa  58.5  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.33 
 
 		 710 aa  58.5  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  28.51 
 
 		 241 aa  58.5  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  29.76 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  28.51 
 
 		 453 aa  58.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  27.98 
 
 		 274 aa  57  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  26.84 
 
 		 703 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  27.98 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  27.98 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  30.53 
 
 		 662 aa  56.2  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3232  OmpA domain-containing protein  28.65 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000209958  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  26.41 
 
 		 703 aa  55.1  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4247  porin  27.32 
 
 		 278 aa  54.7  0.0000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.740101  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  26.57 
 
 		 243 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4978  hypothetical protein  31.18 
 
 		 416 aa  54.3  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.156793 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  26.61 
 
 		 279 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  25.88 
 
 		 254 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  27.23 
 
 		 703 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  29.27 
 
 		 236 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1699  hypothetical protein  28.57 
 
 		 198 aa  53.9  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.013391  normal  0.0555253 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  26.47 
 
 		 237 aa  52.8  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  29.9 
 
 		 452 aa  52.8  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  26.46 
 
 		 245 aa  52.4  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  26.51 
 
 		 571 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6698  porin  30 
 
 		 246 aa  52  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  28.97 
 
 		 693 aa  52  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  28.32 
 
 		 245 aa  52  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  28.97 
 
 		 279 aa  52  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  28.08 
 
 		 598 aa  51.6  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4443  porin  29.8 
 
 		 296 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.877928  normal  0.484649 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>