188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4560 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  100 
 
 		 238 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  90.08 
 
 		 242 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  83.2 
 
 		 243 aa  357  6e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  72.8 
 
 		 251 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  60.57 
 
 		 236 aa  271  7e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  56.8 
 
 		 237 aa  252  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  56.8 
 
 		 237 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  55.87 
 
 		 236 aa  248  5e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  55.24 
 
 		 240 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  53.91 
 
 		 243 aa  226  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  56.15 
 
 		 245 aa  223  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  57.74 
 
 		 241 aa  217  1e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  53.48 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  55.61 
 
 		 238 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  52.26 
 
 		 241 aa  184  9e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  46 
 
 		 193 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  40.47 
 
 		 247 aa  131  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  41.57 
 
 		 245 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  42.86 
 
 		 237 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  43.87 
 
 		 243 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  41.8 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  36.89 
 
 		 453 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  37.6 
 
 		 251 aa  125  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  38.67 
 
 		 274 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  41.92 
 
 		 241 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  39.44 
 
 		 254 aa  118  9e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  36.36 
 
 		 452 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  39.55 
 
 		 447 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  39.16 
 
 		 255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  32.14 
 
 		 244 aa  109  4.0000000000000004e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  36.44 
 
 		 225 aa  108  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  36.65 
 
 		 454 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  39.26 
 
 		 258 aa  106  3e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  38.61 
 
 		 254 aa  106  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  32.46 
 
 		 566 aa  105  5e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3979  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.93 
 
 		 262 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  32.33 
 
 		 570 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  33.47 
 
 		 559 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  37 
 
 		 449 aa  101  8e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  32.95 
 
 		 997 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  32.71 
 
 		 562 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  33.64 
 
 		 449 aa  99.4  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  40.86 
 
 		 248 aa  98.6  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  36.93 
 
 		 207 aa  97.8  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  35 
 
 		 255 aa  97.8  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  37.74 
 
 		 260 aa  97.4  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  36 
 
 		 240 aa  95.5  6e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  35.2 
 
 		 240 aa  95.1  9e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  33.46 
 
 		 570 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  35.09 
 
 		 258 aa  94  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  35.04 
 
 		 248 aa  93.2  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  34.03 
 
 		 561 aa  93.2  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  36.79 
 
 		 235 aa  92.4  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  38.17 
 
 		 251 aa  90.9  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  34.98 
 
 		 237 aa  89.7  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  33.03 
 
 		 232 aa  89.4  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  33.58 
 
 		 261 aa  89.4  5e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  33.49 
 
 		 250 aa  88.6  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  36.67 
 
 		 212 aa  88.6  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  36.78 
 
 		 578 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  33.19 
 
 		 206 aa  86.3  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  30.88 
 
 		 255 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  33.79 
 
 		 250 aa  85.5  7e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  30.54 
 
 		 692 aa  84.7  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  34.72 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  33.2 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  33.6 
 
 		 652 aa  83.6  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  34.3 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  32.2 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  31.66 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  34.31 
 
 		 689 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.33 
 
 		 661 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  34 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  32.43 
 
 		 258 aa  78.2  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  35.55 
 
 		 236 aa  78.2  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  29.53 
 
 		 571 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0415  outer membrane protein  34.15 
 
 		 255 aa  76.6  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  33.19 
 
 		 645 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  31.49 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  34.04 
 
 		 638 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  29.13 
 
 		 662 aa  75.5  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  31.49 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  34.27 
 
 		 710 aa  75.1  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  28.75 
 
 		 230 aa  74.3  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  30.04 
 
 		 236 aa  74.3  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.07 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  28.7 
 
 		 693 aa  73.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  28.75 
 
 		 230 aa  74.3  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  29 
 
 		 680 aa  72.8  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  32.3 
 
 		 257 aa  72.4  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  29.07 
 
 		 283 aa  72  0.000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  30.37 
 
 		 240 aa  72  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  29.61 
 
 		 213 aa  72  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.6 
 
 		 206 aa  71.6  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  29.17 
 
 		 274 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  35.21 
 
 		 207 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.49 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  31.32 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  31.03 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.6 
 
 		 207 aa  68.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>