163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4691 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  100 
 
 
562 aa  1150    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  86.99 
 
 
559 aa  969    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  82.78 
 
 
561 aa  913    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  48.58 
 
 
570 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  48.06 
 
 
570 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  48.33 
 
 
566 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  37.23 
 
 
997 aa  283  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  35.04 
 
 
571 aa  224  4e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7000  hypothetical protein  33.22 
 
 
583 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.000000122606  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6126  putative outer membrane protein  33.51 
 
 
577 aa  213  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  41.87 
 
 
578 aa  195  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  35.63 
 
 
236 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  38.11 
 
 
243 aa  118  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  35.93 
 
 
251 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.59 
 
 
236 aa  109  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  37.1 
 
 
193 aa  104  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  34.43 
 
 
255 aa  103  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  33.33 
 
 
240 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  33.05 
 
 
238 aa  98.6  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  32.17 
 
 
237 aa  97.4  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  32.31 
 
 
237 aa  97.4  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  32.92 
 
 
242 aa  96.7  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  36.07 
 
 
692 aa  95.1  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  33.61 
 
 
243 aa  95.1  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  37.43 
 
 
238 aa  94.4  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  31.09 
 
 
235 aa  93.6  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  34.24 
 
 
254 aa  92.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  32.96 
 
 
245 aa  90.9  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  30.37 
 
 
244 aa  90.9  6e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  31.82 
 
 
237 aa  85.9  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  30.96 
 
 
241 aa  85.1  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  30.62 
 
 
240 aa  85.1  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  30.71 
 
 
246 aa  84.3  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  33.49 
 
 
248 aa  84  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  32.33 
 
 
232 aa  84  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  29.84 
 
 
453 aa  83.6  0.000000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35.91 
 
 
598 aa  83.6  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  28.81 
 
 
260 aa  83.2  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  30.04 
 
 
693 aa  82.4  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  30.32 
 
 
225 aa  81.3  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  34.64 
 
 
241 aa  80.9  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  30.22 
 
 
250 aa  80.9  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  30.19 
 
 
247 aa  80.5  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  31.17 
 
 
674 aa  79.7  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  30.34 
 
 
258 aa  79.7  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  29.49 
 
 
243 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  29.7 
 
 
237 aa  79.7  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  31.01 
 
 
240 aa  79  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  32.64 
 
 
234 aa  78.6  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  32.14 
 
 
662 aa  77.4  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  30.6 
 
 
670 aa  77.4  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  29.38 
 
 
274 aa  77.4  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  29.7 
 
 
258 aa  77.4  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  33.33 
 
 
245 aa  77  0.0000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  31.34 
 
 
689 aa  76.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  29.76 
 
 
241 aa  76.3  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  31.37 
 
 
255 aa  76.3  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  30.09 
 
 
248 aa  75.9  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  28.94 
 
 
258 aa  75.1  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  30.4 
 
 
449 aa  74.3  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6718  hypothetical protein  34.64 
 
 
550 aa  73.6  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  33.5 
 
 
652 aa  72.8  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  30.68 
 
 
447 aa  73.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  33.33 
 
 
452 aa  73.2  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0415  outer membrane protein  33.05 
 
 
255 aa  72.8  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  28.25 
 
 
251 aa  72.4  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  27.56 
 
 
209 aa  72  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  26.4 
 
 
228 aa  71.6  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  33.47 
 
 
219 aa  71.2  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  30.86 
 
 
661 aa  70.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  30.58 
 
 
724 aa  71.2  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  31.76 
 
 
257 aa  71.2  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  27.99 
 
 
261 aa  70.5  0.00000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  28.31 
 
 
234 aa  70.5  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  33.03 
 
 
212 aa  70.1  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  29.3 
 
 
254 aa  69.7  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  28.23 
 
 
229 aa  69.3  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  28.57 
 
 
449 aa  69.3  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  30.25 
 
 
251 aa  68.2  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  29.89 
 
 
255 aa  67.8  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  34.1 
 
 
236 aa  67.4  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  27.65 
 
 
283 aa  67.4  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  29.08 
 
 
277 aa  67  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  25.34 
 
 
230 aa  66.2  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  25.34 
 
 
230 aa  66.2  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  30.14 
 
 
638 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  28.08 
 
 
251 aa  66.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  29.06 
 
 
454 aa  66.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  29.86 
 
 
279 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  32.58 
 
 
240 aa  65.1  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  28.65 
 
 
250 aa  65.5  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6698  porin  31.95 
 
 
246 aa  65.5  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  26.79 
 
 
228 aa  64.3  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  26.79 
 
 
228 aa  63.9  0.000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.49 
 
 
207 aa  63.9  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  28.81 
 
 
680 aa  63.5  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4247  porin  28.68 
 
 
278 aa  63.5  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.740101  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  33.79 
 
 
207 aa  63.5  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  30.04 
 
 
239 aa  62.4  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  22.89 
 
 
236 aa  61.6  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>