190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2815 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  100 
 
 		 997 aa  2004    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  40.67 
 
 		 578 aa  336  1e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  37.18 
 
 		 562 aa  281  4e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  36.94 
 
 		 570 aa  281  5e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  37.23 
 
 		 570 aa  278  4e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  35.93 
 
 		 571 aa  274  6e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  35.12 
 
 		 559 aa  272  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  35.47 
 
 		 566 aa  266  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6126  putative outer membrane protein  36.56 
 
 		 577 aa  265  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7000  hypothetical protein  34.2 
 
 		 583 aa  252  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.000000122606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  34.98 
 
 		 561 aa  251  6e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  31.6 
 
 		 447 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  31.68 
 
 		 449 aa  140  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  36.6 
 
 		 255 aa  137  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  31.09 
 
 		 454 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  29.61 
 
 		 449 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  35.65 
 
 		 248 aa  120  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  38.74 
 
 		 243 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  29.94 
 
 		 452 aa  120  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  38.96 
 
 		 246 aa  118  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  29.15 
 
 		 453 aa  118  6e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  35.83 
 
 		 258 aa  115  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  35.91 
 
 		 250 aa  115  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  36.65 
 
 		 254 aa  115  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  37.13 
 
 		 236 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  38.8 
 
 		 240 aa  114  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  37.83 
 
 		 232 aa  113  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  36.68 
 
 		 237 aa  113  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  37.44 
 
 		 241 aa  112  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  38.49 
 
 		 247 aa  109  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  34.09 
 
 		 235 aa  105  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  37.29 
 
 		 258 aa  104  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  34.48 
 
 		 242 aa  103  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.55 
 
 		 243 aa  102  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  36.05 
 
 		 251 aa  102  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  32.89 
 
 		 245 aa  101  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  30.08 
 
 		 258 aa  100  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  33.92 
 
 		 260 aa  100  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  34.06 
 
 		 238 aa  100  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  38.72 
 
 		 251 aa  100  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  36.25 
 
 		 236 aa  99.4  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  33.62 
 
 		 225 aa  99.4  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  34.89 
 
 		 652 aa  98.2  6e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  35.9 
 
 		 245 aa  97.8  8e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  36.36 
 
 		 243 aa  97.4  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  33.21 
 
 		 283 aa  96.3  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  32.39 
 
 		 255 aa  95.5  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  34.29 
 
 		 274 aa  94.7  7e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  33.98 
 
 		 239 aa  94.4  9e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  35.38 
 
 		 674 aa  94.4  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  34.35 
 
 		 237 aa  94  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  31.6 
 
 		 251 aa  93.6  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  34.68 
 
 		 240 aa  92.8  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  37.28 
 
 		 257 aa  92.8  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  32.86 
 
 		 254 aa  91.7  7e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  35.81 
 
 		 212 aa  91.7  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  32.93 
 
 		 237 aa  91.3  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  34.52 
 
 		 240 aa  91.3  8e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  32.37 
 
 		 248 aa  90.5  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  34.1 
 
 		 207 aa  89  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  35.89 
 
 		 237 aa  89  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  35.17 
 
 		 241 aa  87.8  9e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  34.01 
 
 		 638 aa  87.8  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3232  OmpA domain-containing protein  33.18 
 
 		 230 aa  86.3  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000209958  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  35.19 
 
 		 238 aa  85.9  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  32.88 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  34.88 
 
 		 193 aa  84.7  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  31.3 
 
 		 693 aa  84.7  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  31.8 
 
 		 250 aa  83.6  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  31.73 
 
 		 261 aa  82.8  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  33.65 
 
 		 236 aa  82.8  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  29.96 
 
 		 228 aa  83.2  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  32.14 
 
 		 251 aa  82  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  31.3 
 
 		 692 aa  81.3  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  32.26 
 
 		 230 aa  80.9  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1001  porin  33.2 
 
 		 288 aa  80.9  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.221202  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6718  hypothetical protein  34.97 
 
 		 550 aa  81.3  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  32.26 
 
 		 230 aa  80.9  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  38.24 
 
 		 241 aa  79.7  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  33.19 
 
 		 207 aa  80.1  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4957  porin  31.1 
 
 		 302 aa  80.1  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.04 
 
 		 207 aa  79.3  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  31.82 
 
 		 240 aa  79.7  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  31.65 
 
 		 236 aa  79.3  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  31.22 
 
 		 209 aa  78.6  0.0000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  32.03 
 
 		 662 aa  78.6  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1286  porin  33.6 
 
 		 288 aa  78.6  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  30.29 
 
 		 234 aa  78.2  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  30.91 
 
 		 228 aa  77  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  29.17 
 
 		 229 aa  77.4  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  33.88 
 
 		 234 aa  76.6  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  30.19 
 
 		 710 aa  76.6  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  30.41 
 
 		 228 aa  76.6  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  33.91 
 
 		 645 aa  76.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  36.31 
 
 		 207 aa  75.9  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.77 
 
 		 661 aa  75.1  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.12 
 
 		 206 aa  75.1  0.000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  35.29 
 
 		 670 aa  75.1  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1415  porin  32.49 
 
 		 276 aa  73.6  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000118187 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  33.75 
 
 		 277 aa  73.2  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>