100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6718 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6718  hypothetical protein  100 
 
 		 550 aa  1106    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  41.14 
 
 		 236 aa  90.9  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  40.34 
 
 		 236 aa  89.4  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  39.77 
 
 		 240 aa  87  8e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  40.1 
 
 		 255 aa  86.3  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  40.12 
 
 		 254 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  41.57 
 
 		 241 aa  84.7  0.000000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  34.97 
 
 		 997 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  38.18 
 
 		 225 aa  81.6  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  39.43 
 
 		 237 aa  81.6  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  37.8 
 
 		 243 aa  80.5  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  38.86 
 
 		 238 aa  78.2  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  38.64 
 
 		 237 aa  76.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  37.35 
 
 		 193 aa  74.7  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  37.95 
 
 		 245 aa  73.2  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  34.64 
 
 		 562 aa  73.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  30.6 
 
 		 254 aa  72.4  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  33.13 
 
 		 578 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  34.94 
 
 		 251 aa  72.8  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  32.6 
 
 		 255 aa  71.2  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  32.95 
 
 		 241 aa  70.9  0.00000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  34.18 
 
 		 561 aa  70.9  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  35.5 
 
 		 212 aa  68.2  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  34.78 
 
 		 243 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  30.77 
 
 		 283 aa  66.2  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  32.6 
 
 		 652 aa  65.9  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  34.44 
 
 		 245 aa  65.9  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  31.95 
 
 		 240 aa  65.9  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  32.37 
 
 		 209 aa  65.5  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  35.5 
 
 		 232 aa  65.1  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  38.01 
 
 		 207 aa  65.1  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  33 
 
 		 559 aa  64.7  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  32.95 
 
 		 238 aa  64.3  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  31.79 
 
 		 452 aa  64.3  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  34.08 
 
 		 242 aa  63.9  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  32.14 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  37.28 
 
 		 237 aa  62.4  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  30.17 
 
 		 240 aa  62.8  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  34.07 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  30.49 
 
 		 234 aa  60.1  0.00000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  31.52 
 
 		 236 aa  59.7  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  29.05 
 
 		 261 aa  60.1  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.14 
 
 		 710 aa  59.3  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.57 
 
 		 207 aa  59.3  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  35.51 
 
 		 570 aa  58.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  30.34 
 
 		 244 aa  58.5  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  29.76 
 
 		 638 aa  57.8  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  34.94 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  32.32 
 
 		 453 aa  57.8  0.0000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0415  outer membrane protein  28.31 
 
 		 255 aa  57.4  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  32.26 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  37.39 
 
 		 248 aa  56.2  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  32.79 
 
 		 250 aa  57  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  28.85 
 
 		 449 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  35.29 
 
 		 260 aa  56.2  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  29.94 
 
 		 645 aa  56.6  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  30.59 
 
 		 234 aa  55.1  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  31.79 
 
 		 219 aa  54.3  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  31.84 
 
 		 235 aa  54.3  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  31.4 
 
 		 248 aa  53.9  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  35.04 
 
 		 570 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  29.1 
 
 		 258 aa  53.1  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  33.58 
 
 		 566 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0072  outer membrane immunogenic protein  27.91 
 
 		 225 aa  52.8  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.17135e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  31.45 
 
 		 251 aa  51.2  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  27.91 
 
 		 598 aa  51.2  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3699  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  32.06 
 
 		 1186 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0724462  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  31.35 
 
 		 689 aa  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  29.34 
 
 		 454 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  29.48 
 
 		 250 aa  49.3  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  33.33 
 
 		 246 aa  49.3  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  31.52 
 
 		 274 aa  49.3  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  29.87 
 
 		 257 aa  49.7  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  29.45 
 
 		 692 aa  48.5  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  31.36 
 
 		 447 aa  47.4  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  31.25 
 
 		 662 aa  47.4  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  42.03 
 
 		 661 aa  47  0.0008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  34.94 
 
 		 251 aa  47  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  27.87 
 
 		 680 aa  46.2  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  33.08 
 
 		 207 aa  47  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  32.62 
 
 		 243 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.75 
 
 		 207 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  31.58 
 
 		 207 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  26.79 
 
 		 449 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  29.81 
 
 		 213 aa  44.7  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1434  porin  42.86 
 
 		 215 aa  45.1  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000170273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  30.37 
 
 		 206 aa  44.7  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  30.41 
 
 		 258 aa  44.7  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  29.05 
 
 		 674 aa  44.7  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1574  hypothetical protein  29.17 
 
 		 259 aa  44.3  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000646728  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  35.29 
 
 		 724 aa  44.7  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  29.56 
 
 		 247 aa  44.3  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.35 
 
 		 206 aa  44.3  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0583  hypothetical exported membrane spanning protein  28.33 
 
 		 259 aa  43.9  0.007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0248013  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  32.5 
 
 		 241 aa  43.9  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4129  putative outer membrane protein  29.93 
 
 		 250 aa  44.3  0.007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.894734  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  25.69 
 
 		 665 aa  43.9  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  32.21 
 
 		 255 aa  43.9  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1092  membrane protein  29.27 
 
 		 277 aa  43.9  0.008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.25 
 
 		 206 aa  43.5  0.009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>