36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_0647 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 472 aa  981    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  74.67 
 
 		 471 aa  704    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  48.19 
 
 		 437 aa  402  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  44.98 
 
 		 492 aa  358  9.999999999999999e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  40.51 
 
 		 499 aa  344  2e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  39.86 
 
 		 494 aa  326  4.0000000000000003e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  41.25 
 
 		 482 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  41.49 
 
 		 482 aa  309  8e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  41.49 
 
 		 482 aa  309  8e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  39.12 
 
 		 476 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  41.53 
 
 		 446 aa  296  4e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  41.29 
 
 		 462 aa  296  5e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  38.37 
 
 		 498 aa  290  3e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  38.9 
 
 		 501 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  37.89 
 
 		 498 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  38.17 
 
 		 478 aa  278  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  34.16 
 
 		 598 aa  273  6e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  36.78 
 
 		 710 aa  271  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  36.88 
 
 		 674 aa  268  1e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  38.07 
 
 		 490 aa  266  5e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  37.61 
 
 		 670 aa  266  7e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  36.87 
 
 		 689 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  36.39 
 
 		 662 aa  261  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  35.42 
 
 		 703 aa  256  7e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  35.73 
 
 		 680 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  36.3 
 
 		 692 aa  253  5.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35.34 
 
 		 661 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  35.19 
 
 		 703 aa  249  6e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  34.93 
 
 		 703 aa  249  7e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  34.27 
 
 		 708 aa  248  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  35.03 
 
 		 693 aa  248  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  37.26 
 
 		 724 aa  247  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  34.63 
 
 		 665 aa  242  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  33.41 
 
 		 458 aa  234  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  26.48 
 
 		 471 aa  133  7.999999999999999e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  26.53 
 
 		 473 aa  131  3e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>