42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3545 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  100 
 
 		 437 aa  899    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  48.2 
 
 		 471 aa  410  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  48.19 
 
 		 472 aa  402  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  47.96 
 
 		 499 aa  396  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  49.88 
 
 		 492 aa  391  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  48.25 
 
 		 482 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  48.42 
 
 		 482 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  46.74 
 
 		 476 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  48.42 
 
 		 482 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  43.39 
 
 		 494 aa  359  5e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  45.71 
 
 		 478 aa  336  3.9999999999999995e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  40.51 
 
 		 598 aa  328  8e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  43.41 
 
 		 689 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  43.58 
 
 		 674 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  44.18 
 
 		 661 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  43.24 
 
 		 498 aa  322  7e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  44.24 
 
 		 446 aa  322  8e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  44 
 
 		 462 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  45.06 
 
 		 501 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  43.03 
 
 		 498 aa  319  7e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  41.94 
 
 		 710 aa  318  1e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  43.02 
 
 		 693 aa  310  2e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  43.12 
 
 		 692 aa  309  5e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  38.65 
 
 		 490 aa  310  5e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  42.24 
 
 		 662 aa  305  9.000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  41.75 
 
 		 680 aa  296  3e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  40.34 
 
 		 665 aa  286  7e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  35.89 
 
 		 458 aa  284  2.0000000000000002e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  41.12 
 
 		 703 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  40.89 
 
 		 703 aa  278  1e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  40.53 
 
 		 670 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  40.88 
 
 		 703 aa  275  8e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  38.22 
 
 		 708 aa  269  7e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  39.57 
 
 		 724 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  29.89 
 
 		 471 aa  171  2e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  29.29 
 
 		 473 aa  169  8e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS06177  hypothetical protein  41.98 
 
 		 116 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  23.45 
 
 		 467 aa  51.2  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  23.73 
 
 		 490 aa  47.4  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  30.71 
 
 		 490 aa  46.6  0.0008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  28.99 
 
 		 522 aa  46.6  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  30 
 
 		 490 aa  45.4  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>