34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS06177 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS06177  hypothetical protein  100 
 
 		 116 aa  233  9e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  69.74 
 
 		 482 aa  106  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  69.74 
 
 		 476 aa  106  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  69.74 
 
 		 482 aa  106  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  69.74 
 
 		 482 aa  106  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  54.17 
 
 		 499 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  52.78 
 
 		 492 aa  76.6  0.00000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  45.95 
 
 		 708 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  41.98 
 
 		 437 aa  59.3  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  41.67 
 
 		 598 aa  58.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  40.85 
 
 		 710 aa  58.9  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  43.94 
 
 		 446 aa  57  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  43.94 
 
 		 462 aa  57  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  40.28 
 
 		 674 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  41.86 
 
 		 680 aa  55.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  43.08 
 
 		 501 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  37.5 
 
 		 662 aa  54.7  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  42.86 
 
 		 473 aa  54.7  0.0000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  42.86 
 
 		 471 aa  54.7  0.0000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  45.57 
 
 		 478 aa  53.9  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  40.28 
 
 		 689 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  36.99 
 
 		 458 aa  53.5  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  44.44 
 
 		 665 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  39.06 
 
 		 490 aa  50.8  0.000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  42.37 
 
 		 494 aa  50.4  0.000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  37.5 
 
 		 661 aa  50.1  0.000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  39.39 
 
 		 498 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  39.39 
 
 		 498 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  40.85 
 
 		 724 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  40.38 
 
 		 703 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  40.38 
 
 		 703 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  39.22 
 
 		 703 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  38.03 
 
 		 670 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2290  hypothetical protein  44.44 
 
 		 432 aa  40  0.01  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>