More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1740 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 208 aa  431  1e-120  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  87.98 
 
 		 208 aa  390  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  87.98 
 
 		 208 aa  390  1e-108  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  85.1 
 
 		 208 aa  382  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  77.4 
 
 		 208 aa  340  9e-93  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2750  ribosomal protein S4  69.71 
 
 		 208 aa  311  3.9999999999999997e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  68.75 
 
 		 208 aa  301  6.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  68.27 
 
 		 208 aa  300  1e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  67.79 
 
 		 208 aa  296  2e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  66.35 
 
 		 208 aa  293  9e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  66.83 
 
 		 208 aa  292  2e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  65.87 
 
 		 208 aa  291  4e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  65.38 
 
 		 208 aa  291  7e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  67.79 
 
 		 208 aa  289  2e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  61.54 
 
 		 208 aa  283  1.0000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  63.46 
 
 		 208 aa  277  7e-74  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  61.54 
 
 		 208 aa  274  7e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  61.54 
 
 		 208 aa  274  7e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  61.54 
 
 		 208 aa  274  7e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  61.54 
 
 		 208 aa  273  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  61.06 
 
 		 208 aa  272  2.0000000000000002e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0727  30S ribosomal protein S4  62.68 
 
 		 209 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  59.62 
 
 		 208 aa  267  8.999999999999999e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0732  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.06 
 
 		 208 aa  265  5e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130119  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  61.54 
 
 		 208 aa  263  2e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0242  30S ribosomal protein S4  64.42 
 
 		 208 aa  261  4.999999999999999e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1254  SSU ribosomal protein S4P  59.33 
 
 		 209 aa  258  6e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119667  normal  0.172003 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  59.33 
 
 		 209 aa  256  1e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0429  30S ribosomal protein S4  58.85 
 
 		 209 aa  256  2e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.857828  normal  0.0845292 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  57.89 
 
 		 209 aa  255  4e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  59.13 
 
 		 206 aa  254  6e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2686  30S ribosomal protein S4  58.77 
 
 		 206 aa  253  1.0000000000000001e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2371  30S ribosomal protein S4  58.77 
 
 		 206 aa  253  1.0000000000000001e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.210121  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  57.69 
 
 		 208 aa  250  9.000000000000001e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0252  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.58 
 
 		 208 aa  248  7e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.000000365501  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  58.17 
 
 		 208 aa  246  1e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  55.29 
 
 		 208 aa  245  4e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  58.17 
 
 		 208 aa  244  6e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  56.25 
 
 		 206 aa  244  6e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  56.25 
 
 		 208 aa  244  6.999999999999999e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0449  30S ribosomal protein S4  60.77 
 
 		 208 aa  244  9e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0010581  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  58.85 
 
 		 209 aa  239  2.9999999999999997e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  54.33 
 
 		 208 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0980  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 209 aa  236  2e-61  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.40186  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 209 aa  234  5.0000000000000005e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  55.29 
 
 		 208 aa  234  5.0000000000000005e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0523  ribosomal protein S4  56.73 
 
 		 208 aa  234  9e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645379  unclonable  0.0000000000198285 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1497  ribosomal protein S4  57.69 
 
 		 208 aa  234  9e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0353  ribosomal protein S4  56.73 
 
 		 208 aa  234  9e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152733  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0344  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 209 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.423009  unclonable  0.0000000464518 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  54.81 
 
 		 208 aa  232  3e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 209 aa  232  4.0000000000000004e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 209 aa  232  4.0000000000000004e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4291  ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 209 aa  231  7.000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0592  30S ribosomal protein S4  54.81 
 
 		 208 aa  229  1e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4287  30S ribosomal protein S4  53.37 
 
 		 208 aa  229  2e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000360056 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0318  ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 206 aa  227  9e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.665336  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3896  30S ribosomal protein S4  52.4 
 
 		 208 aa  226  2e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 209 aa  224  5.0000000000000005e-58  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1216  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 		 208 aa  222  3e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0261994 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0963  30S ribosomal protein S4  51.44 
 
 		 208 aa  221  4.9999999999999996e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.877521  normal  0.697465 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  53.37 
 
 		 208 aa  221  6e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0083  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  221  8e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000323728  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1046  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 		 207 aa  220  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 206 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0344  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 		 207 aa  219  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.311272  decreased coverage  0.0000419462 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 		 207 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0609  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 209 aa  218  5e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.19344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6023  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 209 aa  218  5e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.181485 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0346  ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 207 aa  218  6e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4218  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 		 207 aa  217  8.999999999999998e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 206 aa  217  8.999999999999998e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 206 aa  217  1e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 206 aa  216  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3043  30S ribosomal protein S4  52.38 
 
 		 207 aa  216  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 		 206 aa  216  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0347  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 206 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0772249  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 206 aa  215  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5046  30S ribosomal protein S4  52.38 
 
 		 207 aa  215  4e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0500  30S ribosomal protein S4  51.9 
 
 		 207 aa  215  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  51.43 
 
 		 207 aa  215  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 206 aa  215  4e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0429  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 206 aa  215  5e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2302  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 		 207 aa  214  5e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4520  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 206 aa  214  5e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000540597  decreased coverage  0.000000609653 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 206 aa  214  5.9999999999999996e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0274  30S ribosomal protein S4  51.9 
 
 		 207 aa  214  9e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0146675 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0478  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 206 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269214 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3798  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 206 aa  213  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.108792  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0511  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 206 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595592  normal  0.0197267 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3155  30S ribosomal protein S4  51.43 
 
 		 207 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0507  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 206 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0166592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  50.95 
 
 		 207 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  50.95 
 
 		 207 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4725  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 206 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.766159  normal  0.270309 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  50.95 
 
 		 207 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3751  30S ribosomal protein S4  51.43 
 
 		 207 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379241  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3144  30S ribosomal protein S4  51.43 
 
 		 207 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.171557  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3292  30S ribosomal protein S4  51.43 
 
 		 207 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>