182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2424 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_2424  outer membrane efflux protein  100 
 
 
814 aa  1623  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.700417  decreased coverage  2.5063e-08 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3003  outer membrane efflux protein  30.79 
 
 
816 aa  276  9e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1021  outer membrane efflux protein  28.8 
 
 
528 aa  73.2  2e-11  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0516  outer membrane efflux protein  27.09 
 
 
413 aa  73.2  2e-11  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.89 
 
 
445 aa  73.2  2e-11  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1990  outer membrane efflux protein  25.27 
 
 
471 aa  72.8  3e-11  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.154832  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2180  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.38 
 
 
874 aa  71.6  5e-11  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  4.61522e-06  normal  0.954774 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0207  outer membrane efflux protein  25.78 
 
 
523 aa  71.6  5e-11  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0831  outer membrane efflux protein  23.11 
 
 
419 aa  69.7  2e-10  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2154  outer membrane protein CyaE, putative  25.96 
 
 
453 aa  66.2  2e-09  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  20.91 
 
 
472 aa  66.6  2e-09  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0491  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.88 
 
 
477 aa  66.6  2e-09  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00611692  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0543  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.69 
 
 
479 aa  65.9  3e-09  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.991736 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4977  outer membrane efflux protein TolC, putative  24.63 
 
 
479 aa  65.5  4e-09  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0224  outer membrane efflux protein  21.92 
 
 
419 aa  65.1  5e-09  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000720591  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1384  outer membrane efflux protein  22.15 
 
 
435 aa  65.1  6e-09  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.642492  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2441  outer membrane efflux protein  24.03 
 
 
453 aa  64.3  8e-09  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  22.02 
 
 
469 aa  64.3  8e-09  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3937  outer membrane efflux protein  28.82 
 
 
447 aa  63.5  1e-08  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00157367 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3096  outer membrane efflux protein  22.62 
 
 
497 aa  62.8  2e-08  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.11 
 
 
475 aa  63.5  2e-08  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3853  outer membrane efflux protein  28.47 
 
 
447 aa  62.8  3e-08  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03674  putative outer membrane CHANEL lipoprotein  25.95 
 
 
488 aa  62.4  3e-08  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.119855 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.01 
 
 
522 aa  62  4e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  23.62 
 
 
469 aa  61.6  5e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0066  outer membrane efflux protein  24.35 
 
 
443 aa  60.1  1e-07  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0791  outer membrane efflux protein  23.42 
 
 
454 aa  60.5  1e-07  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.670065  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0283  outer membrane efflux protein  23.9 
 
 
439 aa  60.8  1e-07  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367785 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3378  outer membrane efflux protein  24.52 
 
 
498 aa  60.5  1e-07  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.106709 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.21 
 
 
450 aa  59.7  2e-07  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0364  outer membrane channel protein  28.64 
 
 
500 aa  60.1  2e-07  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0610  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.27 
 
 
480 aa  59.7  2e-07  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3465  Outer membrane efflux protein  24.72 
 
 
441 aa  59.7  2e-07  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1629  outer membrane efflux protein  25.42 
 
 
438 aa  59.3  3e-07  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.77 
 
 
450 aa  59.3  3e-07  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.17 
 
 
471 aa  58.5  5e-07  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.86 
 
 
487 aa  58.2  6e-07  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2969  outer membrane efflux protein  26.68 
 
 
443 aa  57.8  9e-07  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.725894  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.17 
 
 
475 aa  57.4  1e-06  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.67 
 
 
529 aa  57.4  1e-06  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  22.98 
 
 
471 aa  57  1e-06  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1177  outer membrane efflux protein  21.04 
 
 
427 aa  56.2  2e-06  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.36 
 
 
463 aa  56.6  2e-06  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0538  outer membrane efflux protein  20.52 
 
 
462 aa  56.2  2e-06  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3710  outer membrane efflux protein  22.63 
 
 
419 aa  56.2  2e-06  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2367  outer membrane efflux protein  24.75 
 
 
495 aa  56.6  2e-06  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4923  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.71 
 
 
477 aa  56.2  2e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4799  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.34 
 
 
477 aa  57  2e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125067  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.72 
 
 
471 aa  56.2  2e-06  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1338  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.12 
 
 
456 aa  56.6  2e-06  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728783  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.72 
 
 
471 aa  56.2  2e-06  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4715  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.87 
 
 
477 aa  56.6  2e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.133912 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.37 
 
 
538 aa  56.6  2e-06  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.79 
 
 
472 aa  55.8  3e-06  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.9 
 
 
471 aa  55.8  3e-06  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  3.90204e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.47 
 
 
472 aa  55.8  3e-06  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.07 
 
 
472 aa  55.8  3e-06  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0961  Outer membrane protein-like  24.37 
 
 
491 aa  55.5  4e-06  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0234127  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0729  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.3 
 
 
444 aa  55.5  4e-06  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  6.68163e-08 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.24 
 
 
450 aa  55.5  4e-06  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0575  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.3 
 
 
444 aa  55.5  4e-06  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  20.83 
 
 
470 aa  55.1  6e-06  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.47 
 
 
480 aa  55.1  6e-06  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0278  outer membrane efflux protein  23.03 
 
 
441 aa  55.1  6e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  6.26538e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4976  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.7 
 
 
478 aa  54.7  7e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5705  outer membrane efflux protein  24.38 
 
 
481 aa  54.7  8e-06  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.38 
 
 
457 aa  54.3  9e-06  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  22.38 
 
 
423 aa  53.9  1e-05  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.22 
 
 
456 aa  53.9  1e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.38 
 
 
478 aa  53.9  1e-05  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  26.12 
 
 
461 aa  53.9  1e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3409  outer membrane efflux protein  23.25 
 
 
419 aa  53.5  1e-05  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.55286e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3437  outer membrane channel protein  21.71 
 
 
489 aa  53.5  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4142  outer membrane efflux protein  23.5 
 
 
497 aa  53.1  2e-05  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.958426  hitchhiker  0.00365026 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  21.71 
 
 
489 aa  53.5  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3367  outer membrane channel protein  21.71 
 
 
489 aa  53.5  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0611  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.53 
 
 
464 aa  53.1  2e-05  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3444  outer membrane channel protein  21.71 
 
 
489 aa  53.5  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606184  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.38 
 
 
456 aa  53.1  2e-05  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  21.71 
 
 
489 aa  53.5  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0802  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.07 
 
 
453 aa  53.5  2e-05  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2799  outer membrane efflux protein  21.57 
 
 
435 aa  53.1  2e-05  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  1.94078e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0722  TolC family type I secretion outer membrane protein  25 
 
 
449 aa  52.4  3e-05  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.278359  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  21.79 
 
 
494 aa  52.8  3e-05  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.203909 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.37 
 
 
463 aa  52.4  3e-05  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  22.75 
 
 
492 aa  52  4e-05  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1761  hypothetical protein  23.99 
 
 
576 aa  52  4e-05  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  27.2 
 
 
438 aa  52  4e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.42 
 
 
518 aa  52  4e-05  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3165  outer membrane efflux protein  26.59 
 
 
445 aa  52  4e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.391786  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  23.79 
 
 
445 aa  51.6  5e-05  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.99 
 
 
473 aa  51.6  5e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.99 
 
 
473 aa  51.6  5e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  22.75 
 
 
491 aa  51.6  6e-05  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.95 
 
 
464 aa  51.2  7e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3468  outer membrane channel protein  22.72 
 
 
495 aa  51.2  7e-05  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0175451  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3648  outer membrane efflux protein  21.41 
 
 
446 aa  51.2  8e-05  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02434  hypothetical protein  23.06 
 
 
463 aa  51.2  8e-05  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  26 
 
 
480 aa  51.2  8e-05  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3499  outer membrane channel protein  22.51 
 
 
495 aa  50.8  9e-05  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0404091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>