More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0336 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
140 aa  280  5e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  8.38003e-10  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  70.31 
 
 
130 aa  194  5e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  71.88 
 
 
130 aa  193  8e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  50.85 
 
 
252 aa  60.1  1e-08  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  34.65 
 
 
196 aa  57.8  4e-08  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 
70 aa  57.4  7e-08  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 
505 aa  56.2  1e-07  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 
118 aa  56.2  1e-07  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 
256 aa  56.2  1e-07  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  2.31765e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  45 
 
 
255 aa  55.5  3e-07  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  1.93278e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 
201 aa  54.3  5e-07  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  38.03 
 
 
323 aa  54.3  5e-07  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  38.04 
 
 
115 aa  52.8  1e-06  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  2.83783e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  41.03 
 
 
193 aa  53.1  1e-06  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  41.03 
 
 
193 aa  53.1  1e-06  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  42.25 
 
 
292 aa  53.5  1e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  41.03 
 
 
193 aa  53.1  1e-06  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 
78 aa  53.1  1e-06  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  1.42264e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
255 aa  53.1  1e-06  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 
107 aa  52.4  2e-06  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  49.15 
 
 
101 aa  52.8  2e-06  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 
105 aa  52.8  2e-06  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 
145 aa  52  2e-06  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  31.68 
 
 
187 aa  52.4  2e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  2.45077e-05 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  49.12 
 
 
171 aa  52.4  2e-06  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  49.15 
 
 
260 aa  52  3e-06  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3407  transcriptional regulator, XRE family  44.59 
 
 
192 aa  52  3e-06  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
178 aa  51.6  3e-06  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 
99 aa  51.2  4e-06  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
142 aa  51.2  4e-06  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  40 
 
 
180 aa  51.2  4e-06  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  5.3147e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  48.21 
 
 
191 aa  51.2  4e-06  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  47.69 
 
 
191 aa  51.6  4e-06  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  48.21 
 
 
228 aa  51.2  5e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 
189 aa  51.2  5e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  30.08 
 
 
181 aa  51.2  5e-06  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0750  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 
181 aa  51.2  5e-06  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0884701 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
191 aa  50.8  6e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 
124 aa  50.8  6e-06  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  48.48 
 
 
200 aa  50.8  6e-06  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  44.3 
 
 
178 aa  50.8  6e-06  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2734  XRE family transcriptional regulator  48.08 
 
 
178 aa  50.4  9e-06  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00297691  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.9 
 
 
315 aa  49.7  1e-05  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 
69 aa  49.7  1e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  33.85 
 
 
72 aa  50.1  1e-05  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  50.91 
 
 
104 aa  50.1  1e-05  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 
191 aa  49.7  1e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 
69 aa  49.7  1e-05  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 
69 aa  49.7  1e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0046  conjugal transfer protein TrbA  34.72 
 
 
122 aa  49.7  1e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.91014  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  36.59 
 
 
245 aa  49.7  1e-05  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 
205 aa  50.1  1e-05  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
191 aa  49.3  2e-05  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  43.1 
 
 
292 aa  48.9  2e-05  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 
116 aa  49.3  2e-05  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 
115 aa  49.3  2e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  31.31 
 
 
196 aa  48.9  2e-05  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.06175e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
191 aa  49.3  2e-05  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  36.14 
 
 
182 aa  48.9  2e-05  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  33.85 
 
 
72 aa  49.3  2e-05  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  2.36293e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
230 aa  48.9  2e-05  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  30.21 
 
 
210 aa  49.3  2e-05  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 
500 aa  48.9  2e-05  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 
107 aa  49.3  2e-05  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2467  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 
109 aa  48.9  2e-05  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 
127 aa  48.9  2e-05  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
191 aa  49.3  2e-05  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  37.88 
 
 
191 aa  49.3  2e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
212 aa  48.5  3e-05  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5472  putative transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 
198 aa  48.5  3e-05  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2711  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 
112 aa  48.5  3e-05  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.256888  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  47.69 
 
 
195 aa  48.5  3e-05  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  33.72 
 
 
107 aa  48.9  3e-05  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 
182 aa  48.5  3e-05  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2264  conjugal transfer protein TrbA  42.59 
 
 
118 aa  48.5  3e-05  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  2.87063e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  31.15 
 
 
180 aa  48.5  3e-05  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 
170 aa  48.5  3e-05  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 
204 aa  48.1  3e-05  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  33.72 
 
 
107 aa  48.9  3e-05  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  9.10939e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 
300 aa  48.5  3e-05  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  3.32957e-11  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  38.98 
 
 
107 aa  48.5  3e-05  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  33.72 
 
 
107 aa  48.9  3e-05  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  38.98 
 
 
107 aa  48.5  3e-05  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  33.72 
 
 
107 aa  48.9  3e-05  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  33.72 
 
 
107 aa  48.5  3e-05  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  33.72 
 
 
107 aa  48.9  3e-05  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00854e-15 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
528 aa  48.1  4e-05  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 
68 aa  48.1  4e-05  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 
191 aa  47.8  4e-05  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0023  transcriptional regulator  38.1 
 
 
108 aa  48.1  4e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.181624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  37.66 
 
 
224 aa  48.1  4e-05  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 
219 aa  48.1  4e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 
193 aa  48.1  4e-05  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 
80 aa  47.8  5e-05  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  32.91 
 
 
232 aa  47.8  5e-05  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  39.68 
 
 
179 aa  47.8  5e-05  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  39.68 
 
 
179 aa  47.8  5e-05  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  39.68 
 
 
179 aa  47.8  5e-05  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 
137 aa  47.8  5e-05  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  39.68 
 
 
179 aa  47.8  5e-05  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>