More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2532 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  100 
 
 		 173 aa  352  1e-96  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  45.06 
 
 		 190 aa  140  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  39.76 
 
 		 174 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  41.36 
 
 		 167 aa  130  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  39.51 
 
 		 184 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  38.89 
 
 		 184 aa  128  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  39.51 
 
 		 183 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  38.89 
 
 		 209 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  38.89 
 
 		 184 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  38.89 
 
 		 199 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  41.21 
 
 		 179 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  37.35 
 
 		 190 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  38.89 
 
 		 177 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  38.89 
 
 		 177 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  38.41 
 
 		 183 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  38.89 
 
 		 177 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  38.89 
 
 		 177 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  38.89 
 
 		 177 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  39.76 
 
 		 172 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  42.86 
 
 		 180 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  40.12 
 
 		 178 aa  125  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  42.42 
 
 		 172 aa  126  2.0000000000000002e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  39.41 
 
 		 201 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  37.2 
 
 		 192 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  37.65 
 
 		 184 aa  124  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  40.25 
 
 		 175 aa  124  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  38.2 
 
 		 200 aa  124  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  41.1 
 
 		 172 aa  123  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  36.63 
 
 		 180 aa  123  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  42.17 
 
 		 175 aa  123  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  42.17 
 
 		 175 aa  123  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  40.83 
 
 		 181 aa  123  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  41.98 
 
 		 163 aa  122  2e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  38.27 
 
 		 195 aa  122  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  35.33 
 
 		 192 aa  121  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  40 
 
 		 169 aa  121  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  39.13 
 
 		 182 aa  121  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  41.92 
 
 		 173 aa  121  5e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  37.04 
 
 		 183 aa  121  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  43.45 
 
 		 184 aa  121  5e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  40.49 
 
 		 172 aa  121  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  38.79 
 
 		 171 aa  120  7e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  38.89 
 
 		 172 aa  120  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  39.35 
 
 		 169 aa  120  8e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  38.18 
 
 		 171 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  38.18 
 
 		 171 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  39.51 
 
 		 169 aa  120  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  38.71 
 
 		 179 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  38.18 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  38.18 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  40.72 
 
 		 172 aa  120  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  38.18 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  38.18 
 
 		 171 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  38.18 
 
 		 171 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  38.18 
 
 		 171 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  37.35 
 
 		 171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  38.18 
 
 		 171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  38.06 
 
 		 179 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  38.55 
 
 		 171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  40.13 
 
 		 183 aa  118  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  38.79 
 
 		 171 aa  119  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  38.92 
 
 		 171 aa  118  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0781  shikimate kinase  42.68 
 
 		 170 aa  118  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.275347  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  39.16 
 
 		 176 aa  118  4.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  34.3 
 
 		 205 aa  118  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  37.58 
 
 		 171 aa  118  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  40.12 
 
 		 172 aa  117  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  38.89 
 
 		 171 aa  117  6e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  39.07 
 
 		 196 aa  117  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  38.92 
 
 		 177 aa  117  7.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  37.58 
 
 		 171 aa  117  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  40.49 
 
 		 176 aa  117  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  38.06 
 
 		 169 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  34.3 
 
 		 181 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  38.32 
 
 		 174 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  38.18 
 
 		 171 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  34.3 
 
 		 193 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  37.04 
 
 		 190 aa  116  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  36.97 
 
 		 171 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  34.3 
 
 		 204 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  40.12 
 
 		 173 aa  115  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  34.88 
 
 		 200 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  39.29 
 
 		 173 aa  115  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  37.13 
 
 		 172 aa  115  3.9999999999999997e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  35.4 
 
 		 170 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  35.37 
 
 		 229 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  39.29 
 
 		 173 aa  115  3.9999999999999997e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  39.29 
 
 		 173 aa  115  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  43.83 
 
 		 168 aa  115  3.9999999999999997e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  39.51 
 
 		 172 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  39.51 
 
 		 179 aa  114  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  39.13 
 
 		 182 aa  114  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  36.75 
 
 		 197 aa  114  6.9999999999999995e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 172 aa  114  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  38.69 
 
 		 173 aa  114  6.9999999999999995e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  39.16 
 
 		 196 aa  114  6.9999999999999995e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  38.01 
 
 		 170 aa  114  6.9999999999999995e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  39.88 
 
 		 175 aa  114  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  38.37 
 
 		 237 aa  114  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  38.65 
 
 		 172 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>