95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0021 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  100 
 
 		 361 aa  738    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  38.15 
 
 		 367 aa  223  3e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  37.6 
 
 		 365 aa  220  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  35.48 
 
 		 376 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  37.6 
 
 		 369 aa  218  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  35.42 
 
 		 360 aa  217  2.9999999999999998e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  35.22 
 
 		 376 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  39.26 
 
 		 346 aa  216  4e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  35.22 
 
 		 376 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  35.95 
 
 		 374 aa  216  5e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  35.22 
 
 		 376 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000235775 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  38.51 
 
 		 368 aa  211  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  35.29 
 
 		 378 aa  211  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  34.32 
 
 		 374 aa  210  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  34.05 
 
 		 374 aa  210  4e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243599 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  34.32 
 
 		 374 aa  209  8e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  36.07 
 
 		 362 aa  207  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  37.07 
 
 		 369 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  32.51 
 
 		 352 aa  191  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  32.27 
 
 		 341 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  31.69 
 
 		 341 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  31.18 
 
 		 338 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  28.96 
 
 		 345 aa  179  4.999999999999999e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  30.03 
 
 		 345 aa  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  32.6 
 
 		 350 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  30.36 
 
 		 338 aa  178  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  32.95 
 
 		 364 aa  176  5e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  32.47 
 
 		 359 aa  172  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  33.43 
 
 		 364 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  30.99 
 
 		 387 aa  171  3e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  31.95 
 
 		 393 aa  169  6e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  30.24 
 
 		 383 aa  169  8e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  29.65 
 
 		 341 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  31.1 
 
 		 341 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  30.35 
 
 		 353 aa  166  5e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  29.07 
 
 		 341 aa  166  8e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  30.03 
 
 		 389 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  32.31 
 
 		 367 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  31.14 
 
 		 391 aa  163  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  30.97 
 
 		 394 aa  162  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  29.94 
 
 		 341 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  28.75 
 
 		 403 aa  161  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  29.11 
 
 		 349 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  30.3 
 
 		 345 aa  149  7e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  30.03 
 
 		 345 aa  148  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  29.97 
 
 		 377 aa  143  4e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  27.12 
 
 		 405 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  29.97 
 
 		 390 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  28.73 
 
 		 408 aa  140  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  27.46 
 
 		 366 aa  138  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  28 
 
 		 430 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  29.12 
 
 		 377 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  27.84 
 
 		 409 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  26.67 
 
 		 377 aa  133  3.9999999999999996e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  26.52 
 
 		 341 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  26.04 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  26.47 
 
 		 401 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  25.21 
 
 		 349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  25.21 
 
 		 349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  26.88 
 
 		 364 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  28.53 
 
 		 417 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  27.57 
 
 		 420 aa  126  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  26.88 
 
 		 395 aa  126  6e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  27.33 
 
 		 388 aa  122  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  26.89 
 
 		 340 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000027016  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  25.77 
 
 		 426 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  26.14 
 
 		 419 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  23.8 
 
 		 358 aa  113  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  26.63 
 
 		 333 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000322112  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  24.64 
 
 		 440 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  25.22 
 
 		 440 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  24.35 
 
 		 440 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  24.94 
 
 		 384 aa  107  2e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  24.42 
 
 		 384 aa  105  9e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  24.8 
 
 		 435 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  25.83 
 
 		 429 aa  102  8e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  23.28 
 
 		 331 aa  97.1  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  25.46 
 
 		 335 aa  96.3  8e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  24.36 
 
 		 339 aa  91.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  25.65 
 
 		 333 aa  92  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000030411  hitchhiker  0.00000000000323717 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  26.46 
 
 		 335 aa  86.3  9e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  25.17 
 
 		 338 aa  85.9  9e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  26.53 
 
 		 394 aa  84  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000201658  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  36.84 
 
 		 185 aa  47.4  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  35.53 
 
 		 166 aa  46.6  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  35.53 
 
 		 195 aa  44.3  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1169  peptidoglycan-binding LysM  37.84 
 
 		 554 aa  43.5  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000824633  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0431  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 543 aa  43.5  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000410197  normal  0.723763 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2148  LysM domain/BON superfamily protein  31.58 
 
 		 160 aa  43.9  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00099645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  43.64 
 
 		 935 aa  43.5  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2725  5'-nucleotidase-like  38.46 
 
 		 663 aa  43.5  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3303  5'-Nucleotidase domain protein  43.9 
 
 		 659 aa  43.5  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.737364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  36.84 
 
 		 356 aa  43.1  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  31.58 
 
 		 161 aa  42.7  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  31.58 
 
 		 161 aa  42.7  0.01  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>