97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3558 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 534 aa  1090    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  58.76 
 
 		 478 aa  531  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  46.29 
 
 		 494 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  47.4 
 
 		 493 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  46.92 
 
 		 504 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  46.92 
 
 		 504 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  46.92 
 
 		 504 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  47.18 
 
 		 514 aa  398  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  46.92 
 
 		 504 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  46.92 
 
 		 504 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  47.18 
 
 		 514 aa  398  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  46.92 
 
 		 504 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  46.92 
 
 		 504 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  47.15 
 
 		 492 aa  398  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  46.01 
 
 		 495 aa  391  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  46.92 
 
 		 514 aa  391  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  43.9 
 
 		 488 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  46.15 
 
 		 483 aa  364  2e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  43.34 
 
 		 507 aa  353  4e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  43.12 
 
 		 474 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  40.81 
 
 		 502 aa  308  2.0000000000000002e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  37.95 
 
 		 502 aa  302  9e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  37.95 
 
 		 498 aa  298  2e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  37.59 
 
 		 481 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  35.59 
 
 		 534 aa  281  3e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  36.53 
 
 		 509 aa  278  1e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  35.6 
 
 		 534 aa  278  3e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  36.55 
 
 		 446 aa  262  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  34.7 
 
 		 522 aa  257  5e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  35.63 
 
 		 480 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  37.1 
 
 		 481 aa  252  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  35.55 
 
 		 490 aa  243  7e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  35.55 
 
 		 490 aa  242  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  32.63 
 
 		 449 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  32.6 
 
 		 444 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  32.03 
 
 		 473 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  29.4 
 
 		 480 aa  140  7.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  28.11 
 
 		 422 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  27.85 
 
 		 422 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  27.86 
 
 		 422 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  27.9 
 
 		 396 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  26.77 
 
 		 417 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  26.64 
 
 		 453 aa  110  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  26.57 
 
 		 510 aa  110  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  26.12 
 
 		 448 aa  106  9e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  26.28 
 
 		 454 aa  105  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  26.28 
 
 		 455 aa  105  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  26.28 
 
 		 455 aa  105  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  26.92 
 
 		 482 aa  102  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  25.46 
 
 		 448 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  24.71 
 
 		 447 aa  99  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  26.02 
 
 		 444 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  24.88 
 
 		 447 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  24.88 
 
 		 447 aa  97.8  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  25.53 
 
 		 444 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  24.88 
 
 		 447 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  25.53 
 
 		 444 aa  94.4  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  23.45 
 
 		 453 aa  94.4  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  23.67 
 
 		 453 aa  92  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  25.37 
 
 		 501 aa  90.1  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  24.24 
 
 		 452 aa  89  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  24.24 
 
 		 454 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  24.24 
 
 		 454 aa  87  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  24.24 
 
 		 452 aa  87  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  24.55 
 
 		 456 aa  81.6  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  27.65 
 
 		 464 aa  80.5  0.00000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  23.27 
 
 		 456 aa  77.8  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  23.27 
 
 		 456 aa  77.8  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  24.47 
 
 		 486 aa  77.4  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2522  carbohydrate-selective porin, OprB family  24.69 
 
 		 418 aa  76.3  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0118751  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2150  Carbohydrate-selective porin OprB  24.69 
 
 		 418 aa  76.3  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000322479  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  24.63 
 
 		 462 aa  75.1  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  24.94 
 
 		 446 aa  71.2  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  24.02 
 
 		 440 aa  70.9  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  24.88 
 
 		 396 aa  66.6  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4102  Carbohydrate-selective porin OprB  25.06 
 
 		 522 aa  63.9  0.000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.792226  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  23.8 
 
 		 486 aa  60.1  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  23.8 
 
 		 492 aa  60.1  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1771  Carbohydrate-selective porin OprB  25.96 
 
 		 395 aa  58.2  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.799068  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  22.48 
 
 		 476 aa  57.8  0.0000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  23.23 
 
 		 481 aa  57.4  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  23.23 
 
 		 494 aa  57  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0154  Carbohydrate-selective porin OprB  37.61 
 
 		 395 aa  57.4  0.0000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.858222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  23.23 
 
 		 486 aa  57  0.0000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  23.01 
 
 		 486 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  24.78 
 
 		 490 aa  55.1  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  26.5 
 
 		 391 aa  53.9  0.000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  22.2 
 
 		 512 aa  52.4  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2127  Carbohydrate-selective porin OprB  31.36 
 
 		 494 aa  51.6  0.00003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.96067  normal  0.997375 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  22.97 
 
 		 485 aa  50.1  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  22.17 
 
 		 493 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  22.76 
 
 		 484 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  22.57 
 
 		 484 aa  47.4  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0251  Carbohydrate-selective porin OprB  23.58 
 
 		 385 aa  47  0.0008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0812  carbohydrate-selective porin OprB  27.87 
 
 		 268 aa  46.2  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  22.74 
 
 		 434 aa  46.2  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  23.04 
 
 		 417 aa  43.9  0.007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>