More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3417 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0932  DNA topoisomerase I  62.24 
 
 		 914 aa  1085    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231933  normal  0.891499 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  63.36 
 
 		 894 aa  1096    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3535  DNA topoisomerase I  67.54 
 
 		 911 aa  1139    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  57.43 
 
 		 884 aa  936    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3309  DNA topoisomerase I  71.23 
 
 		 888 aa  1222    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3826  DNA topoisomerase I  56.06 
 
 		 852 aa  885    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.801079  normal  0.0383535 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  48.9 
 
 		 768 aa  640    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1133  DNA topoisomerase I  47.08 
 
 		 816 aa  786    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  49.42 
 
 		 851 aa  644    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0604  DNA topoisomerase I  63.88 
 
 		 877 aa  1093    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1005  DNA topoisomerase I  70.35 
 
 		 894 aa  1202    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.387965  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  49.42 
 
 		 851 aa  644    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04049  DNA topoisomerase I  46.77 
 
 		 830 aa  637    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0323  DNA topoisomerase I  47.03 
 
 		 820 aa  786    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0218677  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  48.82 
 
 		 857 aa  745    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1712  DNA topoisomerase I  66.16 
 
 		 911 aa  1135    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583112  normal  0.397735 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3417  DNA topoisomerase I  100 
 
 		 961 aa  1943    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0414891  normal  0.668216 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2178  DNA topoisomerase I  57.55 
 
 		 884 aa  938    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3914  DNA topoisomerase I  69.04 
 
 		 901 aa  1172    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  50.15 
 
 		 758 aa  639    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3308  DNA topoisomerase I  70.49 
 
 		 910 aa  1225    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.603325 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4350  DNA topoisomerase I  71.4 
 
 		 913 aa  1243    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.350571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1295  DNA topoisomerase I  61.76 
 
 		 884 aa  1081    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722616  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3202  DNA topoisomerase I  58.47 
 
 		 915 aa  1000    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3847  DNA topoisomerase I  80.13 
 
 		 977 aa  1473    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0674028 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2419  DNA topoisomerase I  67.18 
 
 		 911 aa  1132    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0527527  normal  0.116125 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1803  DNA topoisomerase I  55.32 
 
 		 859 aa  871    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.120095  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0750  DNA topoisomerase I  47.8 
 
 		 820 aa  801    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3160  DNA topoisomerase I  53.39 
 
 		 907 aa  898    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.973259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2239  DNA topoisomerase I  66.11 
 
 		 922 aa  1100    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0515029  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  49.88 
 
 		 845 aa  762    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2277  DNA topoisomerase I  44.69 
 
 		 854 aa  700    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0137658 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3033  DNA topoisomerase I  67.18 
 
 		 914 aa  1132    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298843  normal  0.412116 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0843  DNA topoisomerase I  59.38 
 
 		 869 aa  1055    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.077347  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2437  DNA topoisomerase I  65.57 
 
 		 936 aa  1130    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0547767  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3508  DNA topoisomerase I  70.02 
 
 		 909 aa  1225    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.989959 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2339  DNA topoisomerase I  53.65 
 
 		 893 aa  894    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.786994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1211  DNA topoisomerase I  57.93 
 
 		 849 aa  942    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1645  DNA topoisomerase I  55.86 
 
 		 924 aa  921    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.247282 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1354  DNA topoisomerase I  62.71 
 
 		 849 aa  1092    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.75959  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1137  DNA topoisomerase I  54.16 
 
 		 900 aa  910    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1387  DNA topoisomerase I  62 
 
 		 884 aa  1083    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903307  normal  0.17492 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  50.07 
 
 		 756 aa  644    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0729  DNA topoisomerase I  58.44 
 
 		 891 aa  973    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.074453  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  57.62 
 
 		 880 aa  947    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_41359  predicted protein  47.55 
 
 		 840 aa  651    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0907147 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1282  DNA topoisomerase I  62.3 
 
 		 867 aa  1030    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.390974  normal  0.233625 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0191  DNA topoisomerase I  44.98 
 
 		 823 aa  636    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1756  DNA topoisomerase I  62.9 
 
 		 904 aa  1103    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3671  DNA topoisomerase I  63.31 
 
 		 885 aa  1084    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  50.43 
 
 		 783 aa  662    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1505  DNA topoisomerase I  62.22 
 
 		 896 aa  1025    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.143439 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  49.43 
 
 		 776 aa  641    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000697651  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0659  DNA topoisomerase I  57.09 
 
 		 851 aa  934    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  51.24 
 
 		 758 aa  648    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0569  DNA topoisomerase I  63.41 
 
 		 877 aa  1086    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3631  DNA topoisomerase I  70.49 
 
 		 910 aa  1223    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.391987 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4733  DNA topoisomerase I  66.51 
 
 		 916 aa  1101    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.767724  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  50.74 
 
 		 757 aa  633  1e-180  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3591  DNA topoisomerase I  46.73 
 
 		 824 aa  635  1e-180  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.405231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1869  DNA topoisomerase I  46.3 
 
 		 815 aa  632  1e-180  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  50.29 
 
 		 759 aa  629  1e-179  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  50.44 
 
 		 759 aa  630  1e-179  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0594  DNA topoisomerase I  39.84 
 
 		 827 aa  631  1e-179  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1934  DNA topoisomerase I  46.05 
 
 		 815 aa  627  1e-178  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2632  DNA topoisomerase I  44.54 
 
 		 797 aa  618  1e-175  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.080388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  47.37 
 
 		 765 aa  617  1e-175  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3010  DNA topoisomerase I  45.15 
 
 		 783 aa  613  9.999999999999999e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.846821  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2326  DNA topoisomerase I  45.09 
 
 		 799 aa  614  9.999999999999999e-175  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.240337  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2090  DNA topoisomerase I  44.83 
 
 		 834 aa  613  9.999999999999999e-175  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475207  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  47.08 
 
 		 765 aa  612  9.999999999999999e-175  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000043689  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  47.81 
 
 		 779 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  47.65 
 
 		 841 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  47.53 
 
 		 779 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  47.76 
 
 		 789 aa  588  1e-166  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  49 
 
 		 836 aa  579  1e-164  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0027  DNA topoisomerase I  40.69 
 
 		 874 aa  563  1.0000000000000001e-159  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3437  DNA topoisomerase I  39.75 
 
 		 872 aa  560  1e-158  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.500167 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  44.07 
 
 		 793 aa  556  1e-157  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0846  DNA topoisomerase I  40.95 
 
 		 877 aa  554  1e-156  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0873  DNA topoisomerase I  40.95 
 
 		 877 aa  554  1e-156  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.143011 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  45.86 
 
 		 780 aa  553  1e-156  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000873362  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2200  DNA topoisomerase I  39.64 
 
 		 895 aa  550  1e-155  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.170187  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2197  DNA topoisomerase I  40.5 
 
 		 923 aa  547  1e-154  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.777958  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00715  DNA topoisomerase I  38.71 
 
 		 841 aa  543  1e-153  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.446013  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  46.85 
 
 		 711 aa  545  1e-153  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1704  DNA topoisomerase I  40.53 
 
 		 858 aa  544  1e-153  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.11411  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3274  DNA topoisomerase I  40 
 
 		 910 aa  545  1e-153  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.384669 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2030  DNA topoisomerase I  37.4 
 
 		 894 aa  540  9.999999999999999e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0825092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1851  DNA topoisomerase I  40.25 
 
 		 839 aa  540  9.999999999999999e-153  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1416  DNA topoisomerase I  41.07 
 
 		 883 aa  542  9.999999999999999e-153  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4545  DNA topoisomerase I  41.58 
 
 		 926 aa  541  9.999999999999999e-153  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1026  DNA topoisomerase I  46.08 
 
 		 697 aa  536  1e-151  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00786254  unclonable  0.0000000108626 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_624  topoisomerase IA  45.34 
 
 		 703 aa  535  1e-150  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26120  DNA topoisomerase I  40.11 
 
 		 904 aa  533  1e-150  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650116  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3149  DNA topoisomerase I  38.86 
 
 		 912 aa  535  1e-150  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2343  DNA topoisomerase I  39.38 
 
 		 841 aa  533  1e-150  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.767533 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0571  DNA topoisomerase I  40.87 
 
 		 907 aa  533  1e-150  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.600151  hitchhiker  0.00349746 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0030  DNA topoisomerase I  39.46 
 
 		 881 aa  532  1e-149  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4027  DNA topoisomerase I  40.33 
 
 		 943 aa  530  1e-149  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.563129 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>