More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4241 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4241  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 		 245 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000218359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3767  regulatory protein GntR, HTH  99.18 
 
 		 261 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000910713  normal  0.101212 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1662  GntR family transcriptional regulator  92.65 
 
 		 245 aa  457  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00118308  normal  0.121792 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5996  regulatory protein GntR HTH  93.06 
 
 		 245 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.802632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4009  regulatory protein GntR, HTH  92.24 
 
 		 245 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4358  regulatory protein GntR, HTH  92.24 
 
 		 245 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4262  regulatory protein GntR HTH  91.39 
 
 		 244 aa  447  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  31.49 
 
 		 230 aa  105  6e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  33.33 
 
 		 239 aa  98.6  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 243 aa  94.4  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 231 aa  92  7e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  29.96 
 
 		 245 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  31.17 
 
 		 239 aa  90.5  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 269 aa  90.5  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4102  GntR domain protein  30.91 
 
 		 243 aa  89.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  28.07 
 
 		 244 aa  90.1  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5153  GntR domain-containing protein  32.47 
 
 		 239 aa  89.7  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.25689  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  29.29 
 
 		 247 aa  89.4  5e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  29.29 
 
 		 247 aa  89.4  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  29.29 
 
 		 247 aa  89.4  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5356  transcriptional regulator GntR family  29.41 
 
 		 238 aa  87.4  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.780742  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 251 aa  87.4  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 243 aa  87.4  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  30.09 
 
 		 235 aa  85.9  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2629  GntR domain protein  36 
 
 		 240 aa  85.9  5e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 249 aa  85.5  6e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.57 
 
 		 258 aa  85.5  7e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.469986 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 		 247 aa  85.5  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  26.43 
 
 		 258 aa  85.5  7e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  29.91 
 
 		 259 aa  85.5  8e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  31.84 
 
 		 255 aa  85.1  9e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  29.15 
 
 		 258 aa  84.3  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4817  GntR domain protein  35.71 
 
 		 252 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.454673  normal  0.999229 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  29.75 
 
 		 240 aa  84  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.32 
 
 		 258 aa  84.3  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0750  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.33475  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1232  GntR-like  28.38 
 
 		 252 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  28.51 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6600  GntR domain-containing protein  28.38 
 
 		 252 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  normal  0.274665 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  29.82 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  28.17 
 
 		 249 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172597 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  28.17 
 
 		 249 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0365  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  28.17 
 
 		 249 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 256 aa  83.2  0.000000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  28.17 
 
 		 249 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  27.88 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  33.63 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  29.24 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3280  GntR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 257 aa  82.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  28.63 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 255 aa  82  0.000000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4920  GntR domain protein  29.58 
 
 		 231 aa  81.3  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.774759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  27.95 
 
 		 244 aa  81.6  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  30.68 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0787  GntR domain protein  31.37 
 
 		 237 aa  81.6  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  30.68 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5224  GntR domain protein  32.05 
 
 		 244 aa  81.6  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  30.68 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3548  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.7 
 
 		 258 aa  80.9  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.701913 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5994  GntR-like protein  27.35 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4767  GntR domain protein  34.03 
 
 		 252 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.821835  normal  0.117848 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2805  GntR domain protein  30.47 
 
 		 226 aa  80.5  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232435 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0743  GntR domain-containing protein  43.1 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  31.82 
 
 		 275 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  29.96 
 
 		 255 aa  80.1  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2896  GntR domain protein  30.8 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0843059  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  30.47 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  29.61 
 
 		 237 aa  79.7  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 252 aa  79.7  0.00000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  27.48 
 
 		 258 aa  79.3  0.00000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  27.92 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  28.02 
 
 		 268 aa  79  0.00000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.52 
 
 		 257 aa  78.6  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.52 
 
 		 257 aa  78.6  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.52 
 
 		 257 aa  78.6  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2418  GntR domain protein  31.2 
 
 		 251 aa  78.6  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172286  decreased coverage  0.00114845 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.29 
 
 		 257 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  31.38 
 
 		 252 aa  78.6  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0527  GntR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 252 aa  78.6  0.00000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000211713  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3267  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  27.03 
 
 		 258 aa  78.6  0.00000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.52 
 
 		 257 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02963  DNA-binding transcriptional repressor  28.25 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  30.3 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0607  regulatory protein GntR HTH  27.03 
 
 		 258 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  30.3 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  30.68 
 
 		 253 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4409  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  27.03 
 
 		 258 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.652539 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  29.57 
 
 		 253 aa  78.2  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  27.92 
 
 		 254 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  30.3 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3281  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  27.03 
 
 		 258 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.368173  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  32.47 
 
 		 231 aa  78.2  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.3 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02914  hypothetical protein  28.25 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3566  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  27.03 
 
 		 258 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0602  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.25 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  29.8 
 
 		 252 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1711  GntR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 236 aa  77  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00570567  normal  0.4929 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>