More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acel_0013 on replicon NC_008578
Organism: Acidothermus cellulolyticus 11B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  100 
 
 
287 aa  570  1e-161  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  49.65 
 
 
289 aa  274  1e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  49.3 
 
 
289 aa  273  3e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  49.3 
 
 
289 aa  273  3e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  49.11 
 
 
284 aa  262  5e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  49.31 
 
 
290 aa  249  4e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  48.68 
 
 
303 aa  249  5e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  4.50745e-06 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  47.7 
 
 
303 aa  246  2e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  52.33 
 
 
286 aa  244  1e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  51.11 
 
 
302 aa  243  3e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  46.27 
 
 
291 aa  232  5e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  47.9 
 
 
279 aa  224  1e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  47.27 
 
 
306 aa  207  2e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  42.24 
 
 
356 aa  207  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  45.85 
 
 
282 aa  200  3e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  43.7 
 
 
286 aa  198  9e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  39.86 
 
 
292 aa  197  1e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  44.71 
 
 
275 aa  196  4e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  47.06 
 
 
306 aa  192  5e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  41.6 
 
 
292 aa  191  1e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.79401e-13 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  45.74 
 
 
298 aa  189  6e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  38.59 
 
 
359 aa  188  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0295  Rhomboid family protein  44.16 
 
 
317 aa  187  2e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.691779  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  41.31 
 
 
315 aa  187  2e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  42.69 
 
 
293 aa  183  3e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  42.01 
 
 
292 aa  178  1e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  39.38 
 
 
381 aa  174  1e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  43.95 
 
 
305 aa  173  2e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  41.83 
 
 
298 aa  167  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  40.7 
 
 
336 aa  166  4e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0023  Rhomboid family protein  44.58 
 
 
278 aa  166  4e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.816086  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  38.15 
 
 
303 aa  162  6e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00150  uncharacterized membrane protein  36.68 
 
 
306 aa  161  9e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143019  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  42.41 
 
 
274 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  40.64 
 
 
238 aa  131  2e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  34.12 
 
 
313 aa  129  4e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  51.11 
 
 
201 aa  111  1e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  41.62 
 
 
327 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  34.15 
 
 
365 aa  106  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  43.45 
 
 
283 aa  100  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  34.13 
 
 
519 aa  99.4  6e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  45.89 
 
 
386 aa  98.2  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  41.75 
 
 
271 aa  94.7  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  36.3 
 
 
342 aa  94.7  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  33.16 
 
 
486 aa  94.7  2e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  35.62 
 
 
342 aa  92  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  37.87 
 
 
224 aa  92  1e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  36.96 
 
 
511 aa  90.9  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  37.41 
 
 
268 aa  90.5  3e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  35.8 
 
 
396 aa  89.7  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  33.33 
 
 
371 aa  89.7  5e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  41.22 
 
 
234 aa  89  9e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  32.87 
 
 
227 aa  88.6  1e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  33.52 
 
 
223 aa  88.6  1e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  36.98 
 
 
286 aa  88.6  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  34.88 
 
 
487 aa  87.8  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  34.88 
 
 
487 aa  87.8  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  34.72 
 
 
235 aa  87  3e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  34.72 
 
 
235 aa  87  3e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  34.32 
 
 
389 aa  86.7  5e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  29.37 
 
 
362 aa  85.1  1e-15  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  43.31 
 
 
281 aa  85.5  1e-15  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2486  Rhomboid family protein  33.53 
 
 
240 aa  84.3  2e-15  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.19288  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  36.99 
 
 
219 aa  83.2  5e-15  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  1.02271e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  33.14 
 
 
225 aa  82.8  6e-15  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  39.71 
 
 
236 aa  82.4  7e-15  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5574  Rhomboid family protein  35.5 
 
 
228 aa  82  1e-14  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  39.16 
 
 
224 aa  80.9  2e-14  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  34.22 
 
 
267 aa  80.5  3e-14  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  31 
 
 
226 aa  80.1  4e-14  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  36.84 
 
 
190 aa  79.3  6e-14  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  37.68 
 
 
190 aa  79  8e-14  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  37.68 
 
 
190 aa  79  8e-14  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  34.76 
 
 
554 aa  79  8e-14  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  34.85 
 
 
198 aa  78.2  1e-13  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  37.68 
 
 
190 aa  79  1e-13  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  35.35 
 
 
198 aa  79  1e-13  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  37.68 
 
 
190 aa  79  1e-13  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  33.69 
 
 
523 aa  77.4  2e-13  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  31.1 
 
 
360 aa  77.4  2e-13  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  31.1 
 
 
360 aa  77.4  2e-13  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  29.5 
 
 
227 aa  77  3e-13  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  34.66 
 
 
263 aa  76.3  5e-13  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  36.36 
 
 
569 aa  76.3  6e-13  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  35.29 
 
 
556 aa  76.3  6e-13  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  36.96 
 
 
190 aa  76.3  6e-13  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  36.23 
 
 
205 aa  76.3  6e-13  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  31.6 
 
 
360 aa  75.5  9e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  32.35 
 
 
231 aa  75.1  1e-12  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  39.53 
 
 
228 aa  75.1  1e-12  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  3.48789e-06  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  35.82 
 
 
541 aa  74.3  2e-12  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47107  predicted protein  30.7 
 
 
342 aa  74.3  2e-12  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0432891  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  31.36 
 
 
245 aa  73.6  4e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  30.89 
 
 
356 aa  73.2  5e-12  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10929  rhomboid family membrane protein (AFU_orthologue; AFUA_2G16490)  28.04 
 
 
503 aa  72.8  7e-12  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345748  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  34 
 
 
376 aa  72.4  9e-12  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0227  rhomboid family protein  34.59 
 
 
182 aa  71.6  1e-11  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  44.44 
 
 
209 aa  70.5  3e-11  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0283  rhomboid family protein  38.46 
 
 
190 aa  70.9  3e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  32.18 
 
 
227 aa  70.5  3e-11  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>