More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1006 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0955  general secretion pathway protein F  98.5 
 
 		 400 aa  787    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.110988  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1006  type II secretion system protein  100 
 
 		 400 aa  795    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3267  general secretion pathway protein F  99.25 
 
 		 400 aa  791    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000471586  hitchhiker  0.0000000000000079941 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1301  general secretion pathway protein F  42.79 
 
 		 408 aa  335  1e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2858  general secretion pathway protein F  42.12 
 
 		 408 aa  323  2e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1472  general secretion pathway protein F  41.87 
 
 		 408 aa  322  5e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.655662  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1414  general secretion pathway protein F  43.14 
 
 		 408 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0005  general secretion pathway protein F  40.1 
 
 		 407 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.138499 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03178  general secretory pathway component, cryptic  38.52 
 
 		 398 aa  292  7e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0386  general secretion pathway protein F  38.52 
 
 		 398 aa  292  7e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3521  general secretion pathway protein F  38.52 
 
 		 398 aa  292  7e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.373913  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0386  general secretion pathway protein F  38.52 
 
 		 398 aa  292  7e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03129  hypothetical protein  38.52 
 
 		 398 aa  292  7e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3425  general secretion pathway protein F  37.78 
 
 		 407 aa  292  8e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0233  general secretion pathway protein F  37.62 
 
 		 406 aa  289  7e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3136  general secretion pathway protein F  37.53 
 
 		 407 aa  289  8e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3245  general secretion pathway protein GspF  38.27 
 
 		 407 aa  289  8e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.750263 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3617  general secretion pathway protein F  36.63 
 
 		 406 aa  288  1e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4732  general secretion pathway protein F  36.79 
 
 		 407 aa  288  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0181431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4249  general secretion pathway protein F  37.97 
 
 		 403 aa  288  2e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0204352 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4589  general secretion pathway protein F  36.5 
 
 		 413 aa  286  2.9999999999999996e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3410  general secretion pathway protein GspF  37.28 
 
 		 407 aa  286  4e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02836  hypothetical type II secretion protein GspF  37.78 
 
 		 407 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000156909  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3565  general secretion pathway protein F  37.5 
 
 		 407 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02786  hypothetical protein  37.78 
 
 		 407 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000209561  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0146  general secretion pathway protein F  36.86 
 
 		 407 aa  285  7e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4356  general secretion pathway protein F  36.3 
 
 		 407 aa  285  7e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0123  general secretion pathway protein F  37.16 
 
 		 407 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4204  general secretion pathway protein F  37.1 
 
 		 407 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0155  general secretion pathway protein F  37.1 
 
 		 407 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0151  general secretion pathway protein F  37.1 
 
 		 407 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0155  general secretion pathway protein F  37.1 
 
 		 407 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0573694 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0107  general secretion pathway protein F  36.27 
 
 		 410 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24010  general secretion pathway protein F  37.93 
 
 		 405 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0171  general secretion pathway protein F  37.1 
 
 		 407 aa  279  5e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2031  general secretion pathway protein F  37.68 
 
 		 405 aa  279  8e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0099  general secretion pathway protein F  38.46 
 
 		 396 aa  278  9e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0153  general secretion pathway protein F  37.25 
 
 		 407 aa  277  3e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0158  general secretion pathway protein F  36.76 
 
 		 407 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0153  general secretion pathway protein F  36.76 
 
 		 407 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2304  general secretion pathway protein F  37.04 
 
 		 406 aa  271  1e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03958  general secretion pathway protein F  36.27 
 
 		 408 aa  270  4e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0227  general secretion pathway protein F  35.73 
 
 		 404 aa  269  5.9999999999999995e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00603  general secretion pathway protein F  35.89 
 
 		 406 aa  268  1e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1350  general secretion pathway protein F  35.57 
 
 		 403 aa  267  2e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0168  general secretion pathway protein F  35.87 
 
 		 407 aa  264  2e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1414  general secretion pathway protein F  35.89 
 
 		 405 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0648646  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001890  general secretion pathway protein F  35.48 
 
 		 405 aa  254  3e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2922  general secretion pathway protein F  35.31 
 
 		 405 aa  253  4.0000000000000004e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2924  general secretion pathway protein F  36.14 
 
 		 405 aa  249  4e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.646431  normal  0.200315 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4499  putative general secretory pathway protein F  33.58 
 
 		 405 aa  246  6e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2392  general secretion pathway protein F  32.75 
 
 		 404 aa  244  1.9999999999999999e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000517266 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3938  general secretion pathway protein F  33.09 
 
 		 405 aa  242  9e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0009  general secretion pathway protein F  32.59 
 
 		 405 aa  237  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3072  general secretion pathway protein F  33.09 
 
 		 405 aa  237  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000734436 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0061  general secretion pathway protein F  31.93 
 
 		 405 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2784  general secretion pathway protein F  32.1 
 
 		 405 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0222  general secretion pathway protein F  32.1 
 
 		 405 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1888  general secretion pathway protein F  32.1 
 
 		 405 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266018  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3516  general secretion pathway protein F  32.1 
 
 		 405 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632046  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0009  general secretion pathway protein F  32.1 
 
 		 405 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2664  general secretion pathway protein F  32.1 
 
 		 405 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0143  general secretion pathway protein F  34.89 
 
 		 407 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0009  general secretion pathway protein F  32.1 
 
 		 405 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3242  general secretion pathway protein F  32.18 
 
 		 405 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.458785 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0060  general secretion pathway protein F  31.93 
 
 		 405 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0050  general secretion pathway protein F  31.93 
 
 		 405 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.899692  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0010  general secretion pathway protein F  31.93 
 
 		 405 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0079  general secretion pathway protein F  31.93 
 
 		 405 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0060  general secretion pathway protein F  31.93 
 
 		 405 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.211909  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2371  general secretion pathway protein F  33.9 
 
 		 410 aa  232  9e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.371859  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4178  general secretion pathway protein F  33.25 
 
 		 400 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.363514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2209  general secretion pathway protein F  30.75 
 
 		 399 aa  228  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.616736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2610  general secretion pathway protein F  32.12 
 
 		 412 aa  228  2e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.555556  normal  0.906322 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1071  general secretion pathway protein F  30.94 
 
 		 405 aa  227  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1317  type II secretory pathway protein LspF  33.25 
 
 		 399 aa  226  5.0000000000000005e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0593  general secretion pathway protein F  32.08 
 
 		 400 aa  225  8e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3116  general secretory pathway F transmembrane protein  33.33 
 
 		 403 aa  225  9e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.205783  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1314  type II secretory pathway protein LspF  33 
 
 		 399 aa  225  9e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3401  general secretion pathway protein F  33.33 
 
 		 403 aa  225  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3313  type II secretion system protein  33.42 
 
 		 401 aa  225  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0728  general secretion pathway protein F  32.11 
 
 		 409 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.164597  normal  0.206561 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3054  general secretion pathway protein F  33.82 
 
 		 403 aa  224  3e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1104  Type II secretion system F domain protein  30.42 
 
 		 401 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.250932  decreased coverage  0.00579509 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3578  TonB-dependent siderophore receptor  34.39 
 
 		 411 aa  219  5e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.477901 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0607  general secretion pathway protein F  31.58 
 
 		 400 aa  219  8.999999999999998e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000348524 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05990  Tfp pilus biogenesis protein PilC  33.5 
 
 		 401 aa  218  1e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1045  general secretion pathway protein F  32.49 
 
 		 400 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3394  general secretion pathway protein F  34.23 
 
 		 405 aa  215  9e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.955056  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1048  general secretion pathway protein F  33 
 
 		 400 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3366  general secretion pathway protein F  31.34 
 
 		 403 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0261754 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55430  putative type II secretion system protein  31.44 
 
 		 404 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000716105  normal  0.0429131 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3231  general secretion pathway protein F  32.27 
 
 		 405 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0101612  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1089  general secretion pathway protein F  33.08 
 
 		 400 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.419193  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4823  putative type II secretion system protein  31.44 
 
 		 404 aa  212  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0274243  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2531  general secretion pathway protein F  32.27 
 
 		 410 aa  210  3e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.356657  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3173  general secretion pathway protein F  29.85 
 
 		 403 aa  210  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131882  normal  0.0228377 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0252  general secretion pathway protein F  32.51 
 
 		 404 aa  210  4e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0327  general secretion pathway protein F  31.09 
 
 		 403 aa  209  5e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0118  type II secretion system protein  29.1 
 
 		 405 aa  209  5e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.423729  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>