More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1045 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_4178  general secretion pathway protein F  92.25 
 
 		 400 aa  707    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.363514  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1048  general secretion pathway protein F  94.25 
 
 		 400 aa  679    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1045  general secretion pathway protein F  100 
 
 		 400 aa  780    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1089  general secretion pathway protein F  94.5 
 
 		 400 aa  681    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.419193  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1301  general secretion pathway protein F  44.06 
 
 		 408 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0005  general secretion pathway protein F  43 
 
 		 407 aa  301  1e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.138499 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4732  general secretion pathway protein F  41.94 
 
 		 407 aa  300  4e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0181431  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2858  general secretion pathway protein F  43.24 
 
 		 408 aa  294  2e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0146  general secretion pathway protein F  41.09 
 
 		 407 aa  292  7e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4356  general secretion pathway protein F  41.69 
 
 		 407 aa  291  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1472  general secretion pathway protein F  43.56 
 
 		 408 aa  287  2e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.655662  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1414  general secretion pathway protein F  43.14 
 
 		 408 aa  287  2e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0107  general secretion pathway protein F  40.89 
 
 		 410 aa  287  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3565  general secretion pathway protein F  39.36 
 
 		 407 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0123  general secretion pathway protein F  40.94 
 
 		 407 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3617  general secretion pathway protein F  40.3 
 
 		 406 aa  285  8e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0155  general secretion pathway protein F  39.45 
 
 		 407 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0151  general secretion pathway protein F  39.45 
 
 		 407 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4204  general secretion pathway protein F  39.45 
 
 		 407 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0099  general secretion pathway protein F  40.86 
 
 		 396 aa  284  2.0000000000000002e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0155  general secretion pathway protein F  39.45 
 
 		 407 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0573694 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2922  general secretion pathway protein F  38.56 
 
 		 405 aa  283  3.0000000000000004e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0227  general secretion pathway protein F  42.08 
 
 		 404 aa  283  5.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0233  general secretion pathway protein F  37.44 
 
 		 406 aa  280  3e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03178  general secretory pathway component, cryptic  40.61 
 
 		 398 aa  276  6e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0386  general secretion pathway protein F  40.61 
 
 		 398 aa  276  6e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3521  general secretion pathway protein F  40.61 
 
 		 398 aa  276  6e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.373913  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0386  general secretion pathway protein F  40.61 
 
 		 398 aa  276  6e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03129  hypothetical protein  40.61 
 
 		 398 aa  276  6e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2031  general secretion pathway protein F  43.45 
 
 		 405 aa  275  7e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4589  general secretion pathway protein F  38.48 
 
 		 413 aa  275  1.0000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24010  general secretion pathway protein F  42.72 
 
 		 405 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1350  general secretion pathway protein F  40.84 
 
 		 403 aa  272  7e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2304  general secretion pathway protein F  38.21 
 
 		 406 aa  272  8.000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0158  general secretion pathway protein F  39.7 
 
 		 407 aa  272  8.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0153  general secretion pathway protein F  39.7 
 
 		 407 aa  272  8.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0153  general secretion pathway protein F  39.45 
 
 		 407 aa  270  4e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1314  type II secretory pathway protein LspF  38.4 
 
 		 399 aa  269  5e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1317  type II secretory pathway protein LspF  38.4 
 
 		 399 aa  268  1e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0171  general secretion pathway protein F  39.21 
 
 		 407 aa  268  1e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03958  general secretion pathway protein F  39.11 
 
 		 408 aa  267  2.9999999999999995e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00603  general secretion pathway protein F  36.05 
 
 		 406 aa  265  7e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0168  general secretion pathway protein F  39.85 
 
 		 407 aa  264  2e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0143  general secretion pathway protein F  40.49 
 
 		 407 aa  263  6e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4249  general secretion pathway protein F  39 
 
 		 403 aa  262  8.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0204352 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3938  general secretion pathway protein F  39.46 
 
 		 405 aa  261  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2209  general secretion pathway protein F  41.9 
 
 		 399 aa  260  3e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.616736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3136  general secretion pathway protein F  41.44 
 
 		 407 aa  260  4e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3410  general secretion pathway protein GspF  41.19 
 
 		 407 aa  259  6e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4499  putative general secretory pathway protein F  38.48 
 
 		 405 aa  257  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3245  general secretion pathway protein GspF  41.69 
 
 		 407 aa  256  3e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.750263 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3425  general secretion pathway protein F  40.94 
 
 		 407 aa  255  8e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02836  hypothetical type II secretion protein GspF  41.44 
 
 		 407 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000156909  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0061  general secretion pathway protein F  37.47 
 
 		 405 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02786  hypothetical protein  41.44 
 
 		 407 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000209561  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2392  general secretion pathway protein F  40.29 
 
 		 404 aa  255  1.0000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000517266 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001890  general secretion pathway protein F  36.3 
 
 		 405 aa  254  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3072  general secretion pathway protein F  39.07 
 
 		 405 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000734436 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0009  general secretion pathway protein F  37.75 
 
 		 405 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2371  general secretion pathway protein F  41.5 
 
 		 410 aa  251  2e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.371859  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3173  general secretion pathway protein F  39.51 
 
 		 403 aa  250  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131882  normal  0.0228377 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0009  general secretion pathway protein F  37.01 
 
 		 405 aa  250  4e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0009  general secretion pathway protein F  36.76 
 
 		 405 aa  249  9e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2784  general secretion pathway protein F  36.76 
 
 		 405 aa  249  9e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0222  general secretion pathway protein F  36.76 
 
 		 405 aa  249  9e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2664  general secretion pathway protein F  36.76 
 
 		 405 aa  249  9e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0079  general secretion pathway protein F  36.5 
 
 		 405 aa  248  9e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0010  general secretion pathway protein F  36.5 
 
 		 405 aa  248  9e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1888  general secretion pathway protein F  36.76 
 
 		 405 aa  249  9e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266018  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3516  general secretion pathway protein F  36.76 
 
 		 405 aa  249  9e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632046  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0060  general secretion pathway protein F  36.5 
 
 		 405 aa  248  9e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.211909  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3242  general secretion pathway protein F  36.5 
 
 		 405 aa  248  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.458785 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3054  general secretion pathway protein F  40.69 
 
 		 403 aa  246  4e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3578  TonB-dependent siderophore receptor  38.88 
 
 		 411 aa  246  4e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.477901 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0050  general secretion pathway protein F  36.25 
 
 		 405 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.899692  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1904  general secretion pathway protein F  40.94 
 
 		 401 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0060  general secretion pathway protein F  36.25 
 
 		 405 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3116  general secretory pathway F transmembrane protein  40.49 
 
 		 403 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.205783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3401  general secretion pathway protein F  40.45 
 
 		 403 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1279  general secretion pathway protein F  39.4 
 
 		 403 aa  244  3e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1414  general secretion pathway protein F  39.61 
 
 		 405 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0648646  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0252  general secretion pathway protein F  34.99 
 
 		 404 aa  242  7e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2924  general secretion pathway protein F  41.77 
 
 		 405 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.646431  normal  0.200315 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05990  Tfp pilus biogenesis protein PilC  33.33 
 
 		 401 aa  238  2e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3394  general secretion pathway protein F  38.27 
 
 		 405 aa  238  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.955056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0593  general secretion pathway protein F  38.69 
 
 		 400 aa  236  4e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0681  general secretion pathway protein F  38.77 
 
 		 403 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3231  general secretion pathway protein F  38.96 
 
 		 405 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0101612  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4823  putative type II secretion system protein  40.64 
 
 		 404 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0274243  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5703  general secretion pathway protein F  37.44 
 
 		 408 aa  231  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0555477  normal  0.0587373 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1071  general secretion pathway protein F  35.47 
 
 		 405 aa  230  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0256  general secretion pathway protein F  39.11 
 
 		 400 aa  229  8e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.726784 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0728  general secretion pathway protein F  36.52 
 
 		 409 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.164597  normal  0.206561 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0607  general secretion pathway protein F  37.78 
 
 		 400 aa  228  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000348524 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1071  general secretion pathway protein F  36.52 
 
 		 411 aa  226  5.0000000000000005e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.299024  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55430  putative type II secretion system protein  40.15 
 
 		 404 aa  226  7e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000716105  normal  0.0429131 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3267  general secretion pathway protein F  32.75 
 
 		 400 aa  225  1e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000471586  hitchhiker  0.0000000000000079941 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1006  type II secretion system protein  32.49 
 
 		 400 aa  225  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2136  Type II secretion system F domain protein  32.59 
 
 		 408 aa  223  4e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.909569  normal  0.255057 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0955  general secretion pathway protein F  31.99 
 
 		 400 aa  223  4.9999999999999996e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.110988  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>