More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6195 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6195  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 138 aa  274  4e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393332  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3094  Endoribonuclease L-PSP  59.23 
 
 		 134 aa  160  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.152732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0900  hypothetical protein  61.21 
 
 		 134 aa  159  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0972  endoribonuclease L-PSP  66.42 
 
 		 131 aa  157  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5909  Endoribonuclease L-PSP  58.26 
 
 		 134 aa  144  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04792  hypothetical protein  54.33 
 
 		 130 aa  143  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.598375  normal  0.0238785 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4001  Endoribonuclease L-PSP  52.34 
 
 		 129 aa  141  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4114  Endoribonuclease L-PSP  52.34 
 
 		 129 aa  141  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4370  hypothetical protein  50 
 
 		 140 aa  130  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5483  endoribonuclease L-PSP  49.17 
 
 		 125 aa  124  6e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.387695 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3641  endoribonuclease L-PSP family protein  49.21 
 
 		 130 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3399  endoribonuclease L-PSP  47.06 
 
 		 132 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000947362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4818  endoribonuclease L-PSP  48.65 
 
 		 125 aa  103  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3697  endoribonuclease L-PSP  42.73 
 
 		 130 aa  97.8  4e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.447447  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0835  endoribonuclease L-PSP  45.87 
 
 		 125 aa  97.1  6e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3922  endoribonuclease L-PSP  42.2 
 
 		 126 aa  94.4  5e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4365  endoribonuclease L-PSP  40.16 
 
 		 141 aa  94  6e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  44.55 
 
 		 125 aa  90.9  6e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1777  endoribonuclease L-PSP  44.04 
 
 		 125 aa  90.1  9e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4748  endoribonuclease L-PSP  40.91 
 
 		 126 aa  88.6  3e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0742897  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1452  L-PSP family endoribonuclease  36.84 
 
 		 127 aa  86.3  1e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0104737  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0521  putative endoribonuclease L-PSP  40.37 
 
 		 123 aa  85.5  2e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.170713  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1473  endoribonuclease L-PSP  39.45 
 
 		 126 aa  85.1  3e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  39.09 
 
 		 123 aa  84.7  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 126 aa  84.3  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 125 aa  84  7e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  38.53 
 
 		 140 aa  82.8  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0419  endoribonuclease L-PSP  40.94 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.707513  normal  0.116947 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 128 aa  82.8  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3032  endoribonuclease L-PSP  40.37 
 
 		 126 aa  82.4  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0268  cell division protein FtsY  38.94 
 
 		 132 aa  82.4  0.000000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.279233  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0463  endoribonuclease L-PSP  40.91 
 
 		 129 aa  82  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.97811  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2433  Endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 125 aa  82  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000552241  hitchhiker  0.00635887 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 124 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5110  endoribonuclease L-PSP  42.45 
 
 		 131 aa  79  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.123544  normal  0.570586 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2538  endoribonuclease L-PSP, putative  33.64 
 
 		 126 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0266359  normal  0.960709 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4146  endoribonuclease L-PSP  36.7 
 
 		 125 aa  77.8  0.00000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.126381  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002892  endoribonuclease L-PSP  33.94 
 
 		 126 aa  77.4  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 129 aa  77.4  0.00000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1404  endoribonuclease L-PSP, putative  33.94 
 
 		 128 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  36.7 
 
 		 128 aa  77.4  0.00000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2792  putative endoribonuclease L-PSP  33.94 
 
 		 127 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3069  putative endoribonuclease L-PSP  34.86 
 
 		 127 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.431949  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1297  endoribonuclease L-PSP  34.86 
 
 		 127 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0602283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3079  putative endoribonuclease L-PSP  34.86 
 
 		 127 aa  77  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2875  putative endoribonuclease L-PSP  33.94 
 
 		 127 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.732397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1134  endoribonuclease L-PSP  35.78 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0610  putative endoribonuclease L-PSP  33.04 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00344225  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03082  hypothetical protein  32.11 
 
 		 148 aa  75.1  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2971  putative endoribonuclease L-PSP  33.03 
 
 		 127 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  34.26 
 
 		 126 aa  74.7  0.0000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3222  putative endoribonuclease L-PSP  33.94 
 
 		 127 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02784  hypothetical protein  35.45 
 
 		 127 aa  74.3  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1192  endoribonuclease L-PSP  35.48 
 
 		 387 aa  74.3  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0496  endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 123 aa  73.6  0.0000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0676524  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  34.26 
 
 		 129 aa  73.6  0.0000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09080  L-PSP endoribonuclease family protein (Hmf1), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G02340)  31.5 
 
 		 161 aa  73.6  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  36.7 
 
 		 124 aa  73.2  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  35.78 
 
 		 124 aa  72.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  30.28 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  30.28 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  33.94 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  33.03 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1403  endoribonuclease L-PSP  30.36 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000591811 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  31.48 
 
 		 127 aa  72  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0603  endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.35425  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1054  putative endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0726433  normal  0.0135345 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0664  endoribonuclease L-PSP  30.65 
 
 		 129 aa  72  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0174  endoribonuclease L-PSP  29.09 
 
 		 125 aa  71.6  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.282996 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  35.78 
 
 		 135 aa  71.6  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1176  putative endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2235  endoribonuclease L-PSP, putative  34.55 
 
 		 126 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00087243  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  30.91 
 
 		 127 aa  71.2  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1390  endoribonuclease L-PSP, putative  35.78 
 
 		 120 aa  71.2  0.000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000483032  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0264  putative endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 122 aa  71.2  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0709  putative endoribonuclease L-PSP  30.91 
 
 		 128 aa  70.9  0.000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0939  endoribonuclease L-PSP  31.19 
 
 		 125 aa  70.9  0.000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.445862  normal  0.428403 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05500  conserved hypothetical protein  28.89 
 
 		 156 aa  70.9  0.000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000381478  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4710  endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 125 aa  70.9  0.000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0704377  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0493  endoribonuclease L-PSP  36.52 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0508  endoribonuclease L-PSP  36.52 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000880426 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3374  endoribonuclease L-PSP  27.68 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.066634 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0542  putative endoribonuclease L-PSP  33.64 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0733  endoribonuclease L-PSP  30.91 
 
 		 128 aa  70.5  0.000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0262  putative endoribonuclease L-PSP  34.86 
 
 		 120 aa  70.1  0.000000000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3444  putative endoribonuclease L-PSP  30.63 
 
 		 129 aa  70.1  0.000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00474727  decreased coverage  0.0000224932 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0603  putative endoribonuclease L-PSP  36.11 
 
 		 129 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2069  endoribonuclease L-PSP, putative  36.04 
 
 		 125 aa  69.7  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0171544  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0106  endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 127 aa  69.3  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  30.19 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  30.19 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  33.64 
 
 		 124 aa  70.1  0.00000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2962  endoribonuclease L-PSP  36.7 
 
 		 122 aa  69.7  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  30.91 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1493  endoribonuclease L-PSP  31.82 
 
 		 124 aa  69.3  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  35.78 
 
 		 144 aa  68.9  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 126 aa  68.2  0.00000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>