More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2944 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2944  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
352 aa  669    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2326  amino acid ABC transporter permease  54.18 
 
 
367 aa  381  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2138  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.88 
 
 
366 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117321 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7858  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.88 
 
 
394 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3990  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.82 
 
 
369 aa  293  4e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4181  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.09 
 
 
369 aa  288  1e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3585  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.24 
 
 
370 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124678  normal  0.0322156 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1758  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.65 
 
 
384 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.115192  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003415  amino acid ABC transporter permease protein  41.53 
 
 
365 aa  281  2e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000100001  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1561  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.94 
 
 
384 aa  278  9e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.670709 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02363  hypothetical protein  41.36 
 
 
365 aa  276  3e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0054  inner membrane amino-acid ABC transporter permease protein  48.95 
 
 
360 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2055  general L-amino acid ABC transporter permease protein  41.76 
 
 
365 aa  273  3e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.169768  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3604  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.76 
 
 
360 aa  271  9e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.436003  normal  0.0209416 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1074  amino acid ABC transporter permease  43.71 
 
 
365 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0912852  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1002  amino acid ABC transporter permease  46.07 
 
 
365 aa  270  2e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0973  amino acid ABC transporter, permease protein  41.31 
 
 
365 aa  268  8.999999999999999e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000454558  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4428  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.81 
 
 
362 aa  268  8.999999999999999e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0906508  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1257  amino acid ABC transporter, permease protein  43.3 
 
 
365 aa  268  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154586  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4395  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.83 
 
 
366 aa  263  3e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2414  amino acid ABC transporter permease  44.38 
 
 
730 aa  258  8e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0122  amino acid ABC transporter permease  43.31 
 
 
369 aa  258  9e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0906  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.3 
 
 
365 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1299  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  44.62 
 
 
365 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.504897  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2623  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.67 
 
 
362 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724706  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3558  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.67 
 
 
365 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.650064 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4550  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.43 
 
 
365 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4426  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
365 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0975  amino acid ABC transporter permease  42.29 
 
 
365 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0744  amino acid ABC transporter, permease protein  41.71 
 
 
385 aa  251  1e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2555  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.42 
 
 
385 aa  251  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.406061  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2986  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.63 
 
 
369 aa  251  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.794421  normal  0.698429 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0738  amino acid ABC transporter, permease protein  41.44 
 
 
385 aa  249  5e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0231  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.69 
 
 
364 aa  248  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1106  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.1 
 
 
384 aa  246  4e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.820565 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2553  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  44.21 
 
 
395 aa  246  4.9999999999999997e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186607  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0227  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.37 
 
 
362 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3756  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  43.22 
 
 
367 aa  246  6e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0586805  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2820  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  39.13 
 
 
359 aa  246  6e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.7628  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2824  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  39.13 
 
 
359 aa  245  6.999999999999999e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.19415  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6439  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.82 
 
 
384 aa  245  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.809326 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3654  amino acid ABC transporter, permease protein, His/Glu/Gln/Arg/opine family  43.22 
 
 
367 aa  244  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3565  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  44.09 
 
 
367 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.931761  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0436  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.13 
 
 
367 aa  243  5e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.37 
 
 
362 aa  242  6e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.277682  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03128  predicted amino-acid transporter subunit  44.13 
 
 
367 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0436  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.13 
 
 
367 aa  241  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.497316 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03079  hypothetical protein  44.13 
 
 
367 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2901  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.78 
 
 
362 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3709  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.38 
 
 
367 aa  240  2.9999999999999997e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.218272 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3859  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.55 
 
 
364 aa  236  4e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.136306  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.32 
 
 
384 aa  236  4e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.242144 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5872  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.87 
 
 
385 aa  236  6e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.273046  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1600  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.51 
 
 
385 aa  233  3e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4589  general L-amino acid transport system permease protein AapM  42.53 
 
 
362 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0781  amino acid ABC transporter permease  49.12 
 
 
367 aa  224  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1115  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.45 
 
 
498 aa  216  4e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.505968  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2551  amino acid ABC transporter permease  48.97 
 
 
499 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0220695  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0795  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.95 
 
 
484 aa  213  4.9999999999999996e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.217011  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3925  putative amino acid ABC transport, permease protein  45.66 
 
 
506 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.552151 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0612  amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM region, His/Glu/Gln/Arg/opine  39.58 
 
 
344 aa  210  3e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.592334  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14251  amino acid ABC transporter permease  38.62 
 
 
344 aa  208  1e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.6292  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2834  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.91 
 
 
501 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2501  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.06 
 
 
392 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104626  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2069  amino acid ABC transporter permease  47.04 
 
 
506 aa  206  5e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.76581  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12301  ABC transporter for amino acids, membrane component  38.89 
 
 
339 aa  206  6e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.523561  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1166  amino acid ABC transporter permease  35.2 
 
 
343 aa  205  8e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2000  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.64 
 
 
403 aa  203  3e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.824433  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0738  amino acid ABC transporter permease  37.5 
 
 
381 aa  201  9.999999999999999e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4548  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.5 
 
 
473 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.570276  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2560  amino acid ABC transporter permease  48.15 
 
 
502 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.465302  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2910  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.1 
 
 
501 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0720  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.7 
 
 
402 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.617792 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3618  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.8 
 
 
401 aa  199  6e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0629  amino acid ABC transporter permease  32.71 
 
 
445 aa  198  1.0000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2496  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.38 
 
 
401 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0938494  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4092  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.78 
 
 
372 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.176471 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0296  amino acid ABC transporter permease  43.15 
 
 
442 aa  196  5.000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1527  amino acid ABC transporter, inner membrane component  49.1 
 
 
506 aa  196  6e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.229866  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1749  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, inner membrane subunit BztC  44.44 
 
 
442 aa  195  9e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0395  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.44 
 
 
442 aa  195  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0151  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.58 
 
 
452 aa  192  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0196891  hitchhiker  0.00000113138 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0336  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.59 
 
 
410 aa  189  5e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.49159  normal  0.0450329 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4662  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.22 
 
 
341 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.118372  normal  0.13107 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4003  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.56 
 
 
403 aa  187  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431376  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2524  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  39.33 
 
 
340 aa  185  9e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1456  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.95 
 
 
403 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.242829  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0320  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transport system permease  32.43 
 
 
432 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0728036  normal  0.872345 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0248  amino acid ABC transporter permease  45.28 
 
 
396 aa  179  8e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14771  ABC-type amino acid transport system, permease component  37.11 
 
 
339 aa  171  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0586993 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1807  amino acid ABC transporter permease  41.59 
 
 
324 aa  170  4e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0849  amino acid ABC transporter permease  42.41 
 
 
324 aa  169  9e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4949  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.8 
 
 
325 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.569471  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3399  hypothetical protein  47.98 
 
 
363 aa  163  4.0000000000000004e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.379477  normal  0.118803 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12111  ABC transporter for amino acids, membrane component  40 
 
 
342 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4040  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.93 
 
 
240 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.02 
 
 
598 aa  139  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0310843  hitchhiker  0.00101821 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2765  amino acid ABC transporter permease  38.83 
 
 
596 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2219  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.35 
 
 
596 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.118848  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6370  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.79 
 
 
252 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.357805  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>