More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4550 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0906  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  97.53 
 
 
365 aa  719    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1299  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  98.9 
 
 
365 aa  726    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.504897  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3558  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  83.84 
 
 
365 aa  642    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.650064 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1257  amino acid ABC transporter, permease protein  85.21 
 
 
365 aa  648    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154586  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1074  amino acid ABC transporter permease  85.75 
 
 
365 aa  654    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0912852  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0975  amino acid ABC transporter permease  87.12 
 
 
365 aa  659    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4550  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
365 aa  731    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4426  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  98.9 
 
 
365 aa  725    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3756  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  64.99 
 
 
367 aa  498  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0586805  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03128  predicted amino-acid transporter subunit  65.27 
 
 
367 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0436  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  64.99 
 
 
367 aa  495  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0436  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  65.27 
 
 
367 aa  497  1e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.497316 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03079  hypothetical protein  65.27 
 
 
367 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3654  amino acid ABC transporter, permease protein, His/Glu/Gln/Arg/opine family  64.99 
 
 
367 aa  497  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3709  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  66.95 
 
 
367 aa  487  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.218272 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4589  general L-amino acid transport system permease protein AapM  65.8 
 
 
362 aa  483  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3859  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  64.56 
 
 
364 aa  478  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.136306  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0231  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  65.37 
 
 
364 aa  478  1e-134  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3565  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  65.55 
 
 
367 aa  476  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.931761  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0227  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  67.54 
 
 
362 aa  474  1e-132  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4395  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  61.64 
 
 
366 aa  461  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02363  hypothetical protein  59.45 
 
 
365 aa  451  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003415  amino acid ABC transporter permease protein  58.9 
 
 
365 aa  448  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000100001  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0973  amino acid ABC transporter, permease protein  59.73 
 
 
365 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000454558  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  66.1 
 
 
362 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.277682  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1002  amino acid ABC transporter permease  60.88 
 
 
365 aa  442  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2055  general L-amino acid ABC transporter permease protein  59.45 
 
 
365 aa  438  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.169768  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0122  amino acid ABC transporter permease  59.5 
 
 
369 aa  429  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2986  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  59.22 
 
 
369 aa  415  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.794421  normal  0.698429 
 
 
-
 
NC_004310  BR0744  amino acid ABC transporter, permease protein  56.68 
 
 
385 aa  411  1e-114  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0738  amino acid ABC transporter, permease protein  56.13 
 
 
385 aa  407  1.0000000000000001e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2820  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  53.72 
 
 
359 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.7628  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2824  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  53.72 
 
 
359 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.19415  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2555  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.04 
 
 
385 aa  398  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.406061  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1561  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.62 
 
 
384 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.670709 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1758  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.62 
 
 
384 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.115192  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6439  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.13 
 
 
384 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.809326 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1106  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.13 
 
 
384 aa  376  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.820565 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5872  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.7 
 
 
385 aa  373  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.273046  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2553  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  53.12 
 
 
395 aa  350  2e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186607  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.56 
 
 
384 aa  343  2e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.242144 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1600  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.43 
 
 
385 aa  330  3e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1115  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  70.27 
 
 
498 aa  321  9.999999999999999e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.505968  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2326  amino acid ABC transporter permease  44.2 
 
 
367 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7858  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.85 
 
 
394 aa  293  3e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0296  amino acid ABC transporter permease  43.55 
 
 
442 aa  289  6e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0629  amino acid ABC transporter permease  39.2 
 
 
445 aa  283  4.0000000000000003e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0054  inner membrane amino-acid ABC transporter permease protein  45.85 
 
 
360 aa  280  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4548  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  62.33 
 
 
473 aa  271  9e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.570276  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2560  amino acid ABC transporter permease  59.91 
 
 
502 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.465302  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2138  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.38 
 
 
366 aa  266  5e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117321 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4092  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.35 
 
 
372 aa  265  8.999999999999999e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.176471 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2551  amino acid ABC transporter permease  59.01 
 
 
499 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0220695  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2834  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  58.11 
 
 
501 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2069  amino acid ABC transporter permease  55.79 
 
 
506 aa  264  2e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.76581  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2501  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.36 
 
 
392 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104626  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4181  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.97 
 
 
369 aa  263  3e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2910  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.08 
 
 
501 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3925  putative amino acid ABC transport, permease protein  57.66 
 
 
506 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.552151 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2414  amino acid ABC transporter permease  41.97 
 
 
730 aa  260  2e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3990  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.41 
 
 
369 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0320  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transport system permease  38.57 
 
 
432 aa  259  7e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0728036  normal  0.872345 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4003  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.42 
 
 
403 aa  255  9e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431376  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1527  amino acid ABC transporter, inner membrane component  55.41 
 
 
506 aa  253  5.000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.229866  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1456  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.11 
 
 
403 aa  252  7e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.242829  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2901  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.94 
 
 
362 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4428  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.25 
 
 
362 aa  251  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0906508  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2623  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.38 
 
 
362 aa  250  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724706  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3585  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.76 
 
 
370 aa  246  4e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124678  normal  0.0322156 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0151  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.81 
 
 
452 aa  244  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0196891  hitchhiker  0.00000113138 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0781  amino acid ABC transporter permease  46.24 
 
 
367 aa  244  3e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2000  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.35 
 
 
403 aa  243  3.9999999999999997e-63  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.824433  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0795  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.75 
 
 
484 aa  241  1e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.217011  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0395  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.66 
 
 
442 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1749  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, inner membrane subunit BztC  55.66 
 
 
442 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3618  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.25 
 
 
401 aa  232  7.000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2496  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.01 
 
 
401 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0938494  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2944  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.3 
 
 
352 aa  229  4e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4662  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.85 
 
 
341 aa  223  3e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.118372  normal  0.13107 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2524  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  39.83 
 
 
340 aa  220  3e-56  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3604  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.95 
 
 
360 aa  217  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.436003  normal  0.0209416 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0336  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.94 
 
 
410 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.49159  normal  0.0450329 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0720  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.34 
 
 
402 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.617792 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0738  amino acid ABC transporter permease  46.78 
 
 
381 aa  204  2e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0248  amino acid ABC transporter permease  48.34 
 
 
396 aa  202  5e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1166  amino acid ABC transporter permease  38.31 
 
 
343 aa  197  3e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12301  ABC transporter for amino acids, membrane component  38.1 
 
 
339 aa  194  2e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.523561  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0612  amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM region, His/Glu/Gln/Arg/opine  36.15 
 
 
344 aa  191  1e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.592334  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14251  amino acid ABC transporter permease  35.81 
 
 
344 aa  191  2e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.6292  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4949  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.78 
 
 
325 aa  189  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.569471  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14771  ABC-type amino acid transport system, permease component  33.71 
 
 
339 aa  184  3e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0586993 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0849  amino acid ABC transporter permease  38.74 
 
 
324 aa  181  2e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12111  ABC transporter for amino acids, membrane component  40.73 
 
 
342 aa  180  4e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1807  amino acid ABC transporter permease  40.52 
 
 
324 aa  177  2e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
598 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0310843  hitchhiker  0.00101821 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2100  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.49 
 
 
376 aa  142  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.197652 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2765  amino acid ABC transporter permease  40 
 
 
596 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2155  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.61 
 
 
234 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.164337 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0692  amino acid ABC transporter permease  36.99 
 
 
230 aa  135  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.666294  normal  0.678846 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2071  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.16 
 
 
230 aa  133  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  0.438523 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>