More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6439 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1106  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  99.74 
 
 
384 aa  751    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.820565 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6439  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
384 aa  753    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.809326 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1561  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  75.26 
 
 
384 aa  580  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.670709 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1758  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  75 
 
 
384 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.115192  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0744  amino acid ABC transporter, permease protein  72.4 
 
 
385 aa  564  1.0000000000000001e-159  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0738  amino acid ABC transporter, permease protein  71.88 
 
 
385 aa  559  1e-158  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2555  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  71.35 
 
 
385 aa  558  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.406061  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2553  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  70.05 
 
 
395 aa  516  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186607  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2986  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.26 
 
 
369 aa  395  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.794421  normal  0.698429 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3558  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.86 
 
 
365 aa  392  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.650064 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0906  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.59 
 
 
365 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1299  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  55.86 
 
 
365 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.504897  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4395  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.13 
 
 
366 aa  387  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1074  amino acid ABC transporter permease  54.22 
 
 
365 aa  388  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0912852  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0975  amino acid ABC transporter permease  54.5 
 
 
365 aa  385  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4426  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.86 
 
 
365 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0122  amino acid ABC transporter permease  53.83 
 
 
369 aa  386  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4550  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.13 
 
 
365 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1257  amino acid ABC transporter, permease protein  53.68 
 
 
365 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154586  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003415  amino acid ABC transporter permease protein  52.32 
 
 
365 aa  368  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000100001  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0973  amino acid ABC transporter, permease protein  53.37 
 
 
365 aa  368  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000454558  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02363  hypothetical protein  53.41 
 
 
365 aa  371  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2055  general L-amino acid ABC transporter permease protein  52.32 
 
 
365 aa  365  1e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.169768  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2820  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  51.92 
 
 
359 aa  364  1e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.7628  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1002  amino acid ABC transporter permease  53.37 
 
 
365 aa  364  2e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2824  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  51.92 
 
 
359 aa  363  3e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.19415  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3756  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  49.32 
 
 
367 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0586805  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3859  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.53 
 
 
364 aa  352  8e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.136306  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3654  amino acid ABC transporter, permease protein, His/Glu/Gln/Arg/opine family  49.04 
 
 
367 aa  350  2e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0436  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.31 
 
 
367 aa  350  3e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03128  predicted amino-acid transporter subunit  49.31 
 
 
367 aa  349  4e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0436  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.31 
 
 
367 aa  349  4e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.497316 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03079  hypothetical protein  49.31 
 
 
367 aa  349  4e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0231  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.78 
 
 
364 aa  347  3e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4589  general L-amino acid transport system permease protein AapM  50.14 
 
 
362 aa  346  4e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0227  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.53 
 
 
362 aa  344  2e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3709  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.4 
 
 
367 aa  343  2.9999999999999997e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.218272 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.27 
 
 
362 aa  337  2.9999999999999997e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.277682  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3565  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  49.59 
 
 
367 aa  336  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.931761  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5872  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.06 
 
 
385 aa  328  8e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.273046  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.59 
 
 
384 aa  318  1e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.242144 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1115  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  66.39 
 
 
498 aa  318  1e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.505968  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1600  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.48 
 
 
385 aa  309  5e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2326  amino acid ABC transporter permease  46.13 
 
 
367 aa  306  3e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7858  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.77 
 
 
394 aa  300  4e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4548  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  67.42 
 
 
473 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.570276  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1749  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, inner membrane subunit BztC  40.5 
 
 
442 aa  279  6e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0320  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transport system permease  40.87 
 
 
432 aa  278  8e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0728036  normal  0.872345 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0395  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.5 
 
 
442 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3925  putative amino acid ABC transport, permease protein  61.09 
 
 
506 aa  276  4e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.552151 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0629  amino acid ABC transporter permease  38.29 
 
 
445 aa  272  6e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2069  amino acid ABC transporter permease  60.09 
 
 
506 aa  271  2e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.76581  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2551  amino acid ABC transporter permease  60.18 
 
 
499 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0220695  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2834  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  59.73 
 
 
501 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1527  amino acid ABC transporter, inner membrane component  59.73 
 
 
506 aa  264  2e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.229866  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2138  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.91 
 
 
366 aa  264  2e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117321 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2560  amino acid ABC transporter permease  61.09 
 
 
502 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.465302  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2910  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  60.63 
 
 
501 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0054  inner membrane amino-acid ABC transporter permease protein  41.6 
 
 
360 aa  261  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0296  amino acid ABC transporter permease  56.56 
 
 
442 aa  248  9e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2414  amino acid ABC transporter permease  41.93 
 
 
730 aa  246  4.9999999999999997e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4181  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.11 
 
 
369 aa  242  7e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2501  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.4 
 
 
392 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104626  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4428  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
362 aa  241  1e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0906508  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3990  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.67 
 
 
369 aa  236  4e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4092  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.77 
 
 
372 aa  235  8e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.176471 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0795  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.75 
 
 
484 aa  234  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.217011  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2901  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.92 
 
 
362 aa  229  9e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2623  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.23 
 
 
362 aa  226  6e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724706  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3585  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.55 
 
 
370 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124678  normal  0.0322156 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2000  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.1 
 
 
403 aa  222  9.999999999999999e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.824433  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2944  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.82 
 
 
352 aa  219  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3604  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.77 
 
 
360 aa  216  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.436003  normal  0.0209416 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3618  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.36 
 
 
401 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0781  amino acid ABC transporter permease  42.63 
 
 
367 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0738  amino acid ABC transporter permease  39.69 
 
 
381 aa  212  9e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2496  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.13 
 
 
401 aa  211  1e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0938494  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0151  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.98 
 
 
452 aa  210  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0196891  hitchhiker  0.00000113138 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0336  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.85 
 
 
410 aa  207  3e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.49159  normal  0.0450329 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4003  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.24 
 
 
403 aa  202  7e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431376  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1456  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.17 
 
 
403 aa  200  3e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.242829  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2524  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  37.06 
 
 
340 aa  199  5e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12301  ABC transporter for amino acids, membrane component  40.62 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.523561  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1166  amino acid ABC transporter permease  39.66 
 
 
343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4662  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42 
 
 
341 aa  196  7e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.118372  normal  0.13107 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0612  amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM region, His/Glu/Gln/Arg/opine  38.64 
 
 
344 aa  192  7e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.592334  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0720  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.78 
 
 
402 aa  192  9e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.617792 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14251  amino acid ABC transporter permease  38.44 
 
 
344 aa  192  1e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.6292  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0248  amino acid ABC transporter permease  46.23 
 
 
396 aa  186  6e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4949  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.11 
 
 
325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.569471  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12111  ABC transporter for amino acids, membrane component  36.29 
 
 
342 aa  179  7e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0849  amino acid ABC transporter permease  43 
 
 
324 aa  177  4e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14771  ABC-type amino acid transport system, permease component  34.38 
 
 
339 aa  175  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0586993 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1807  amino acid ABC transporter permease  39.48 
 
 
324 aa  160  4e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3399  hypothetical protein  52.12 
 
 
363 aa  158  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.379477  normal  0.118803 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2765  amino acid ABC transporter permease  40.58 
 
 
596 aa  145  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.03 
 
 
598 aa  142  9e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0310843  hitchhiker  0.00101821 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2219  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.65 
 
 
596 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.118848  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2786  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.65 
 
 
596 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4040  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.29 
 
 
240 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>