More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4040 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4040  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
240 aa  475  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0692  amino acid ABC transporter permease  74.78 
 
 
230 aa  345  3e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.666294  normal  0.678846 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2464  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  73.25 
 
 
230 aa  338  5e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2071  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  73.25 
 
 
230 aa  338  5e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2259  amino acid ABC transporter transmembrane protein  73.68 
 
 
230 aa  296  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6370  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.79 
 
 
252 aa  280  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.357805  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05400  amino acid ABC transporter transmembrane protein  52.72 
 
 
248 aa  255  4e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.669152 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2586  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.44 
 
 
256 aa  252  4.0000000000000004e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2914  glutamine ABC transporter, permease protein  55.98 
 
 
246 aa  249  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.277717  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6372  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.04 
 
 
252 aa  249  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.198232  normal  0.40329 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7664  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  50.62 
 
 
250 aa  249  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.48726  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4547  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.63 
 
 
251 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.139101 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0893  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
236 aa  229  3e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.879249  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9239  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  46.67 
 
 
235 aa  226  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.355245  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4527  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.69 
 
 
232 aa  218  7e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2155  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.75 
 
 
234 aa  216  4e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.164337 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0919  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.2 
 
 
230 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.737973 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3154  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.75 
 
 
229 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0975784 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1431  amino acid ABC transporter permease  47.09 
 
 
230 aa  187  9e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.39353  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2765  amino acid ABC transporter permease  42.11 
 
 
596 aa  185  5e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3479  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
249 aa  180  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.476107 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2219  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.41 
 
 
596 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.118848  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2786  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.7 
 
 
596 aa  178  8e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4239  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.85 
 
 
251 aa  174  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4189  polar amino acid ABC transporter permease  42.15 
 
 
251 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.532965  normal  0.0122809 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4163  polar amino acid ABC transporter permease  40.85 
 
 
251 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.28 
 
 
598 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0310843  hitchhiker  0.00101821 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4006  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.34 
 
 
244 aa  171  7.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4215  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.01 
 
 
252 aa  168  9e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3088  putative amino acid permease  48.65 
 
 
225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0149312  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4273  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.89 
 
 
242 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0019  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.37 
 
 
246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.973133  normal  0.345394 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4593  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.44 
 
 
242 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.733202  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
231 aa  162  6e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0684  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.25 
 
 
221 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0799785  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1546  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  41.75 
 
 
247 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221434  normal  0.939137 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36230  amino acid ABC transporter permease  49.3 
 
 
225 aa  158  7e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0633953  hitchhiker  0.00119532 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02363  hypothetical protein  42.65 
 
 
365 aa  158  7e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1517  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.44 
 
 
241 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.1 
 
 
492 aa  157  1e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2448  amino acid ABC transporter, permease protein  41.94 
 
 
247 aa  156  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.324141  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003415  amino acid ABC transporter permease protein  42.16 
 
 
365 aa  155  6e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000100001  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1540  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.87 
 
 
241 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.389226  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
493 aa  154  1e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1619  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.85 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0612945  normal  0.182538 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0973  amino acid ABC transporter, permease protein  41.67 
 
 
365 aa  152  4e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000454558  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1366  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.25 
 
 
223 aa  152  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0129  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  42.42 
 
 
231 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2055  general L-amino acid ABC transporter permease protein  40.69 
 
 
365 aa  152  5.9999999999999996e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.169768  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.79 
 
 
216 aa  151  7e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0611  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.17 
 
 
223 aa  151  8e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0590  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.17 
 
 
223 aa  151  8e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0531  ABC-type amino acid transport system, permease component  44.78 
 
 
216 aa  151  8e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0001634 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.29 
 
 
216 aa  150  1e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1002  amino acid ABC transporter permease  42.65 
 
 
365 aa  149  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2326  amino acid ABC transporter permease  38.57 
 
 
367 aa  149  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1115  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.74 
 
 
498 aa  149  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.505968  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1074  amino acid ABC transporter permease  40.72 
 
 
365 aa  148  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0912852  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1139  amino acid ABC transporter permease  43.26 
 
 
241 aa  148  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1619  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.26 
 
 
241 aa  148  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1257  amino acid ABC transporter, permease protein  40.72 
 
 
365 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154586  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0975  amino acid ABC transporter permease  42.16 
 
 
365 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3558  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.86 
 
 
365 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.650064 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7229  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.61 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  40.58 
 
 
727 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0744  amino acid ABC transporter, permease protein  42.72 
 
 
385 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1595  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.33 
 
 
241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.873901  normal  0.301936 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1222  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.33 
 
 
290 aa  146  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.312704  normal  0.133993 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1819  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.29 
 
 
334 aa  146  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2824  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  36.74 
 
 
359 aa  146  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.19415  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0738  amino acid ABC transporter, permease protein  42.72 
 
 
385 aa  145  4.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2820  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  36.74 
 
 
359 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.7628  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0906  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.35 
 
 
365 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0795  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.19 
 
 
484 aa  145  6e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.217011  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1299  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  39.35 
 
 
365 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.504897  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4426  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.35 
 
 
365 aa  144  9e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4550  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.89 
 
 
365 aa  144  9e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5872  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.91 
 
 
385 aa  144  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.273046  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1899  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  41.71 
 
 
247 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0533973  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2555  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.25 
 
 
385 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.406061  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2138  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.61 
 
 
366 aa  144  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117321 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3618  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.13 
 
 
401 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1886  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  41.71 
 
 
247 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.115438  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2054  putative amino acid transport system, membrane protein  41.71 
 
 
247 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.215673  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1631  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
227 aa  144  1e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1561  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.83 
 
 
384 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.670709 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1758  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.35 
 
 
384 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.115192  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1106  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
384 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.820565 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4037  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.59 
 
 
257 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.743915  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6439  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
384 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.809326 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3923  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.59 
 
 
257 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.839108 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0322  glutamine ABC transporter  41.71 
 
 
247 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.249831  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0839  amino acid ABC transporter, permease protein  41.71 
 
 
247 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.470741  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3695  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.46 
 
 
315 aa  142  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538203  normal  0.259206 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2986  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.34 
 
 
369 aa  142  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.794421  normal  0.698429 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2496  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.65 
 
 
401 aa  142  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0938494  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0552  glutamine ABC transporter permease  38.83 
 
 
218 aa  142  5e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0641  amino acid ABC transporter permease  38.83 
 
 
218 aa  142  5e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00751047  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1666  ABC transporter, permease protein  41.71 
 
 
247 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.21705  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0698  amino acid ABC transporter, permease protein  39.22 
 
 
218 aa  142  5e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>