278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2660 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2660  basic membrane lipoprotein  100 
 
 		 334 aa  677    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00857799  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3575  basic membrane lipoprotein  86.17 
 
 		 335 aa  558  1e-158  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.53224 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4425  basic membrane lipoprotein  78.83 
 
 		 362 aa  534  1e-150  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.292066  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3989  twin-arginine translocation pathway signal  74.92 
 
 		 335 aa  478  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.885893  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2784  basic membrane lipoprotein  71.52 
 
 		 329 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.19875  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0345  ABC transporter periplasmic-binding protein  64.67 
 
 		 334 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.658765  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1989  basic membrane lipoprotein  64.37 
 
 		 334 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.567154 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0951  basic membrane lipoprotein  67.97 
 
 		 334 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.263861  normal  0.260715 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1948  putative basic membrane protein  62.88 
 
 		 339 aa  409  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00107991  hitchhiker  0.0000839366 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3191  basic membrane lipoprotein  63.73 
 
 		 335 aa  395  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0191984 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2932  basic membrane lipoprotein  57.42 
 
 		 327 aa  362  5.0000000000000005e-99  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3310  basic membrane lipoprotein  49.09 
 
 		 332 aa  302  6.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1305  basic membrane lipoprotein  45.9 
 
 		 327 aa  292  4e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5338  basic membrane lipoprotein  46.5 
 
 		 327 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5270  hypothetical protein  46.67 
 
 		 328 aa  284  1.0000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.401628  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6360  basic membrane lipoprotein  48.79 
 
 		 328 aa  278  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.521403  normal  0.125495 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6181  basic membrane lipoprotein  47.4 
 
 		 328 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.848344  normal  0.349116 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4148  basic membrane lipoprotein  43.94 
 
 		 357 aa  247  2e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3453  basic membrane lipoprotein  40.88 
 
 		 383 aa  179  4.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.032757 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1927  basic membrane lipoprotein  36.27 
 
 		 382 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.940408  normal  0.0318829 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2594  basic membrane lipoprotein  36.81 
 
 		 362 aa  162  8.000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.266805  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1135  basic membrane lipoprotein  39.44 
 
 		 388 aa  161  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293026 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1507  Bmp family membrane protein  34.35 
 
 		 382 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.119894  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2443  basic membrane lipoprotein  36.49 
 
 		 384 aa  159  6e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1953  basic membrane lipoprotein  38.18 
 
 		 373 aa  159  6e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0267127 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3026  basic membrane lipoprotein  35.05 
 
 		 380 aa  159  9e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1941  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  37.41 
 
 		 364 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00208553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2142  basic membrane lipoprotein  40.89 
 
 		 385 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1288  basic membrane lipoprotein  36.14 
 
 		 364 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3882  basic membrane lipoprotein  34.91 
 
 		 366 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2318  basic membrane lipoprotein  36.48 
 
 		 368 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375115  normal  0.178466 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3237  basic membrane lipoprotein  34.35 
 
 		 352 aa  155  9e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2769  basic membrane lipoprotein  33.92 
 
 		 342 aa  153  5e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3163  basic membrane lipoprotein  36.82 
 
 		 387 aa  151  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2177  basic membrane lipoprotein  35 
 
 		 368 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5006  basic membrane lipoprotein  37.05 
 
 		 382 aa  149  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2299  basic membrane lipoprotein  34.46 
 
 		 384 aa  147  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1490  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  35.69 
 
 		 376 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0307169  normal  0.741431 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1923  basic membrane lipoprotein  33.85 
 
 		 355 aa  145  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0526758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2444  basic membrane lipoprotein  37.25 
 
 		 382 aa  145  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4187  basic membrane lipoprotein  33.54 
 
 		 373 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.083899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3721  basic membrane lipoprotein  33.67 
 
 		 367 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.339406 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2636  basic membrane lipoprotein  35.34 
 
 		 376 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.894025 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0759  bmp family protein  36.02 
 
 		 364 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1486  basic membrane lipoprotein  38.21 
 
 		 386 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.524236 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3176  basic membrane lipoprotein  41.09 
 
 		 376 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1002  basic membrane lipoprotein  40.1 
 
 		 377 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5873  basic membrane lipoprotein  33.02 
 
 		 364 aa  143  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2138  basic membrane lipoprotein  35.05 
 
 		 390 aa  143  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.370861 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1044  basic membrane lipoprotein  34.01 
 
 		 361 aa  142  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.361221  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3900  basic membrane lipoprotein  37.2 
 
 		 390 aa  142  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381277  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1063  basic membrane lipoprotein  43.72 
 
 		 377 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1039  basic membrane lipoprotein  38.62 
 
 		 383 aa  142  7e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1060  basic membrane lipoprotein  43.72 
 
 		 377 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1979  basic membrane lipoprotein  35.02 
 
 		 385 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.919981  normal  0.873808 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0806  putative lipoprotein  37.7 
 
 		 385 aa  142  8e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2177  lipoprotein  35.69 
 
 		 380 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1142  basic membrane lipoprotein  33.22 
 
 		 366 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.111164  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2379  basic membrane lipoprotein  34.68 
 
 		 385 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.185576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3296  basic membrane lipoprotein  33.33 
 
 		 363 aa  140  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1914  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0663  basic membrane lipoprotein  34.15 
 
 		 364 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.888677  normal  0.450253 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0794  basic membrane lipoprotein  34.34 
 
 		 380 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0638378  normal  0.164056 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3243  basic membrane lipoprotein  31.51 
 
 		 364 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3560  ABC transporter periplasmic-binding protein  31.51 
 
 		 364 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2146  basic membrane lipoprotein  32.38 
 
 		 368 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3942  hypothetical protein  31.83 
 
 		 364 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.116941  normal  0.561112 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2501  basic membrane lipoprotein  41.9 
 
 		 381 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403436  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4236  basic membrane lipoprotein  31.79 
 
 		 360 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0673  basic membrane lipoprotein  35.05 
 
 		 357 aa  136  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0216  basic membrane lipoprotein  31.68 
 
 		 354 aa  135  9e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.518023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0869  basic membrane lipoprotein  31.87 
 
 		 356 aa  132  6.999999999999999e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2993  basic membrane lipoprotein  34.51 
 
 		 361 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0878793 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1902  basic membrane lipoprotein  36.51 
 
 		 359 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2964  putative basic membrane protein  33.33 
 
 		 387 aa  129  7.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.698329 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2057  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  31.79 
 
 		 359 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297273  normal  0.489337 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0567  bmp family protein  33.22 
 
 		 355 aa  126  5e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0224  hypothetical protein  33.07 
 
 		 365 aa  126  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1152  basic membrane lipoprotein  35.58 
 
 		 337 aa  125  8.000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01800  hypothetical protein  35.07 
 
 		 365 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0347768  normal  0.597763 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2027  basic membrane lipoprotein  32.31 
 
 		 426 aa  123  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.073285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1708  basic membrane lipoprotein  32.31 
 
 		 426 aa  123  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.918914 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1001  basic membrane lipoprotein  30.28 
 
 		 363 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5058  basic membrane lipoprotein  30.63 
 
 		 365 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1106  basic membrane lipoprotein  31.97 
 
 		 357 aa  122  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.383245 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2148  basic membrane lipoprotein  33.1 
 
 		 360 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.863295  normal  0.752026 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3629  basic membrane lipoprotein  32.25 
 
 		 355 aa  122  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.178645  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1406  basic membrane lipoprotein  31.71 
 
 		 386 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000211605  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1794  basic membrane lipoprotein  34.39 
 
 		 381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.150642  normal  0.801516 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1118  basic membrane lipoprotein  31.27 
 
 		 359 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0536373  normal  0.804172 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3674  basic membrane lipoprotein  31.9 
 
 		 355 aa  119  7e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.537913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1766  basic membrane lipoprotein  32.3 
 
 		 358 aa  119  7e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0928  basic membrane lipoprotein  30.99 
 
 		 360 aa  119  7.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4847  basic membrane lipoprotein  31.2 
 
 		 371 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0560  basic membrane lipoprotein  31.01 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2169  lipoprotein  31.44 
 
 		 357 aa  116  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0737964  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1159  bmp family protein  31.82 
 
 		 363 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0493  basic membrane lipoprotein  33 
 
 		 358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00240976  normal  0.0511349 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1719  basic membrane lipoprotein  29.67 
 
 		 358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00548824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6465  basic membrane lipoprotein  29.92 
 
 		 365 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0866986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4465  basic membrane lipoprotein  29.55 
 
 		 365 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.117985 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>