277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0345 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0345  ABC transporter periplasmic-binding protein  100 
 
 		 334 aa  673    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.658765  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1989  basic membrane lipoprotein  99.1 
 
 		 334 aa  667    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.567154 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0951  basic membrane lipoprotein  89.52 
 
 		 334 aa  570  1e-161  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.263861  normal  0.260715 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1948  putative basic membrane protein  77.2 
 
 		 339 aa  504  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00107991  hitchhiker  0.0000839366 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2784  basic membrane lipoprotein  67.73 
 
 		 329 aa  434  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.19875  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3575  basic membrane lipoprotein  67.97 
 
 		 335 aa  427  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.53224 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2660  basic membrane lipoprotein  67.65 
 
 		 334 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00857799  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3989  twin-arginine translocation pathway signal  67.75 
 
 		 335 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.885893  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3191  basic membrane lipoprotein  66.12 
 
 		 335 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0191984 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4425  basic membrane lipoprotein  61.42 
 
 		 362 aa  392  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.292066  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2932  basic membrane lipoprotein  54.21 
 
 		 327 aa  350  2e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1305  basic membrane lipoprotein  51.52 
 
 		 327 aa  313  2.9999999999999996e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5270  hypothetical protein  49.09 
 
 		 328 aa  301  1e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.401628  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5338  basic membrane lipoprotein  48.01 
 
 		 327 aa  298  7e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3310  basic membrane lipoprotein  48.01 
 
 		 332 aa  296  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6360  basic membrane lipoprotein  48.32 
 
 		 328 aa  291  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.521403  normal  0.125495 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6181  basic membrane lipoprotein  47.75 
 
 		 328 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.848344  normal  0.349116 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4148  basic membrane lipoprotein  41.37 
 
 		 357 aa  227  3e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3453  basic membrane lipoprotein  38 
 
 		 383 aa  165  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.032757 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1927  basic membrane lipoprotein  35.14 
 
 		 382 aa  157  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.940408  normal  0.0318829 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2594  basic membrane lipoprotein  33.95 
 
 		 362 aa  156  4e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.266805  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1135  basic membrane lipoprotein  36.33 
 
 		 388 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293026 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3882  basic membrane lipoprotein  32.54 
 
 		 366 aa  152  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2443  basic membrane lipoprotein  35.12 
 
 		 384 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3237  basic membrane lipoprotein  34.56 
 
 		 352 aa  150  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1953  basic membrane lipoprotein  35.86 
 
 		 373 aa  148  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0267127 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1044  basic membrane lipoprotein  35.14 
 
 		 361 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.361221  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2177  basic membrane lipoprotein  34.11 
 
 		 368 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2142  basic membrane lipoprotein  32.89 
 
 		 385 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1039  basic membrane lipoprotein  35.22 
 
 		 383 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2501  basic membrane lipoprotein  35.23 
 
 		 381 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403436  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2379  basic membrane lipoprotein  34.9 
 
 		 385 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.185576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2769  basic membrane lipoprotein  30.23 
 
 		 342 aa  144  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1979  basic membrane lipoprotein  34.78 
 
 		 385 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.919981  normal  0.873808 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2444  basic membrane lipoprotein  33.44 
 
 		 382 aa  145  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2177  lipoprotein  35.02 
 
 		 380 aa  143  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3026  basic membrane lipoprotein  32.77 
 
 		 380 aa  143  4e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1507  Bmp family membrane protein  32.66 
 
 		 382 aa  142  7e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.119894  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0806  putative lipoprotein  35.59 
 
 		 385 aa  142  8e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3296  basic membrane lipoprotein  32.06 
 
 		 363 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1914  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2138  basic membrane lipoprotein  32.8 
 
 		 390 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.370861 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0794  basic membrane lipoprotein  35.14 
 
 		 380 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0638378  normal  0.164056 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3900  basic membrane lipoprotein  35.09 
 
 		 390 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381277  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0869  basic membrane lipoprotein  33.23 
 
 		 356 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3721  basic membrane lipoprotein  32.11 
 
 		 367 aa  135  8e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.339406 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0759  bmp family protein  32.24 
 
 		 364 aa  135  9e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1486  basic membrane lipoprotein  32.55 
 
 		 386 aa  135  9e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.524236 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5006  basic membrane lipoprotein  33.33 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167093  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0567  bmp family protein  32.12 
 
 		 355 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1142  basic membrane lipoprotein  32.3 
 
 		 366 aa  132  6e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.111164  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0663  basic membrane lipoprotein  31.94 
 
 		 364 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.888677  normal  0.450253 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3163  basic membrane lipoprotein  32.36 
 
 		 387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2299  basic membrane lipoprotein  34.01 
 
 		 384 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1941  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  33.82 
 
 		 364 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00208553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4236  basic membrane lipoprotein  34.02 
 
 		 360 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2993  basic membrane lipoprotein  32.21 
 
 		 361 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0878793 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2148  basic membrane lipoprotein  33.33 
 
 		 360 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.863295  normal  0.752026 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2636  basic membrane lipoprotein  31.44 
 
 		 376 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.894025 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0216  basic membrane lipoprotein  30.74 
 
 		 354 aa  127  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.518023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1288  basic membrane lipoprotein  31.29 
 
 		 364 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2146  basic membrane lipoprotein  32.66 
 
 		 368 aa  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1923  basic membrane lipoprotein  31.21 
 
 		 355 aa  126  5e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0526758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3629  basic membrane lipoprotein  31.13 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.178645  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4847  basic membrane lipoprotein  32.64 
 
 		 371 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4187  basic membrane lipoprotein  31.21 
 
 		 373 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.083899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3176  basic membrane lipoprotein  34.22 
 
 		 376 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1063  basic membrane lipoprotein  36.48 
 
 		 377 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1490  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  30.77 
 
 		 376 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0307169  normal  0.741431 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2318  basic membrane lipoprotein  32.73 
 
 		 368 aa  123  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375115  normal  0.178466 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1060  basic membrane lipoprotein  36.07 
 
 		 377 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3942  hypothetical protein  30.98 
 
 		 364 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.116941  normal  0.561112 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0224  hypothetical protein  31.69 
 
 		 365 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5058  basic membrane lipoprotein  30.23 
 
 		 365 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0673  basic membrane lipoprotein  31 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3560  ABC transporter periplasmic-binding protein  30.98 
 
 		 364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1002  basic membrane lipoprotein  36.07 
 
 		 377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3243  basic membrane lipoprotein  30.98 
 
 		 364 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1415  basic membrane lipoprotein  29.28 
 
 		 356 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.218463  normal  0.0969049 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01800  hypothetical protein  30.77 
 
 		 365 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0347768  normal  0.597763 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1903  basic membrane lipoprotein  31.18 
 
 		 358 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.94528  normal  0.373123 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1159  bmp family protein  31.23 
 
 		 363 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1794  basic membrane lipoprotein  31.6 
 
 		 381 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.150642  normal  0.801516 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1001  basic membrane lipoprotein  32.06 
 
 		 363 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5873  basic membrane lipoprotein  34.38 
 
 		 364 aa  116  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1719  basic membrane lipoprotein  30.65 
 
 		 358 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00548824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6465  basic membrane lipoprotein  31.21 
 
 		 365 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0866986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2169  lipoprotein  30.04 
 
 		 357 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0737964  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1118  basic membrane lipoprotein  28.88 
 
 		 359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0536373  normal  0.804172 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2027  basic membrane lipoprotein  30.85 
 
 		 426 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.073285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2057  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  29.7 
 
 		 359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297273  normal  0.489337 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1708  basic membrane lipoprotein  30.85 
 
 		 426 aa  114  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.918914 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1902  basic membrane lipoprotein  30.87 
 
 		 359 aa  114  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1106  basic membrane lipoprotein  30.64 
 
 		 357 aa  113  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.383245 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1690  basic membrane lipoprotein  29.18 
 
 		 355 aa  112  9e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00161056  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1460  basic membrane lipoprotein  29.84 
 
 		 382 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.892929 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4465  basic membrane lipoprotein  30.49 
 
 		 365 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.117985 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1766  basic membrane lipoprotein  32.99 
 
 		 358 aa  110  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1314  basic membrane lipoprotein  40.88 
 
 		 431 aa  109  8.000000000000001e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.348799  normal  0.383779 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2020  basic membrane lipoprotein  30.93 
 
 		 368 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.137237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2964  putative basic membrane protein  30.03 
 
 		 387 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.698329 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>