260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5338 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5338  basic membrane lipoprotein  100 
 
 		 327 aa  654    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5270  hypothetical protein  85.06 
 
 		 328 aa  572  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.401628  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6360  basic membrane lipoprotein  85.67 
 
 		 328 aa  547  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.521403  normal  0.125495 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6181  basic membrane lipoprotein  85.06 
 
 		 328 aa  533  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.848344  normal  0.349116 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3310  basic membrane lipoprotein  71.52 
 
 		 332 aa  473  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1305  basic membrane lipoprotein  62.15 
 
 		 327 aa  409  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1948  putative basic membrane protein  48.93 
 
 		 339 aa  300  2e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00107991  hitchhiker  0.0000839366 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3989  twin-arginine translocation pathway signal  49 
 
 		 335 aa  295  5e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.885893  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0345  ABC transporter periplasmic-binding protein  48.01 
 
 		 334 aa  292  6e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.658765  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1989  basic membrane lipoprotein  47.71 
 
 		 334 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.567154 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0951  basic membrane lipoprotein  49 
 
 		 334 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.263861  normal  0.260715 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2784  basic membrane lipoprotein  47.37 
 
 		 329 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.19875  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3575  basic membrane lipoprotein  47.69 
 
 		 335 aa  282  5.000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.53224 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2660  basic membrane lipoprotein  46.5 
 
 		 334 aa  279  4e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00857799  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4425  basic membrane lipoprotein  45.31 
 
 		 362 aa  272  6e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.292066  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3191  basic membrane lipoprotein  45.03 
 
 		 335 aa  264  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0191984 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2932  basic membrane lipoprotein  42.47 
 
 		 327 aa  258  9e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4148  basic membrane lipoprotein  42.47 
 
 		 357 aa  219  7e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3237  basic membrane lipoprotein  34.35 
 
 		 352 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3453  basic membrane lipoprotein  34.77 
 
 		 383 aa  143  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.032757 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2443  basic membrane lipoprotein  31.86 
 
 		 384 aa  143  5e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2177  basic membrane lipoprotein  32.88 
 
 		 368 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1507  Bmp family membrane protein  33.68 
 
 		 382 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.119894  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1927  basic membrane lipoprotein  33.67 
 
 		 382 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.940408  normal  0.0318829 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2142  basic membrane lipoprotein  33.2 
 
 		 385 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3163  basic membrane lipoprotein  32.56 
 
 		 387 aa  136  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1135  basic membrane lipoprotein  30.61 
 
 		 388 aa  136  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293026 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1953  basic membrane lipoprotein  34.25 
 
 		 373 aa  135  8e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0267127 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3026  basic membrane lipoprotein  31.62 
 
 		 380 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2594  basic membrane lipoprotein  31.76 
 
 		 362 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.266805  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2299  basic membrane lipoprotein  32.99 
 
 		 384 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1002  basic membrane lipoprotein  32.31 
 
 		 377 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3900  basic membrane lipoprotein  33.59 
 
 		 390 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381277  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2769  basic membrane lipoprotein  29.7 
 
 		 342 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1063  basic membrane lipoprotein  32.65 
 
 		 377 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1979  basic membrane lipoprotein  31.16 
 
 		 385 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.919981  normal  0.873808 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1039  basic membrane lipoprotein  29.83 
 
 		 383 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2379  basic membrane lipoprotein  30.82 
 
 		 385 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.185576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1060  basic membrane lipoprotein  32.31 
 
 		 377 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5006  basic membrane lipoprotein  30.33 
 
 		 382 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2138  basic membrane lipoprotein  30.61 
 
 		 390 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.370861 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2177  lipoprotein  31.74 
 
 		 380 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4847  basic membrane lipoprotein  34.31 
 
 		 371 aa  126  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2501  basic membrane lipoprotein  30.67 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403436  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3882  basic membrane lipoprotein  31.74 
 
 		 366 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0806  putative lipoprotein  30.56 
 
 		 385 aa  124  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1486  basic membrane lipoprotein  30.07 
 
 		 386 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.524236 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2444  basic membrane lipoprotein  29.93 
 
 		 382 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3721  basic membrane lipoprotein  32.2 
 
 		 367 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.339406 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4236  basic membrane lipoprotein  30.31 
 
 		 360 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3176  basic membrane lipoprotein  31.06 
 
 		 376 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2636  basic membrane lipoprotein  31.87 
 
 		 376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.894025 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1490  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  31.2 
 
 		 376 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0307169  normal  0.741431 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1288  basic membrane lipoprotein  30.7 
 
 		 364 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0673  basic membrane lipoprotein  30.99 
 
 		 357 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1941  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  32.66 
 
 		 364 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00208553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0794  basic membrane lipoprotein  30.58 
 
 		 380 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0638378  normal  0.164056 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0216  basic membrane lipoprotein  29.56 
 
 		 354 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.518023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1923  basic membrane lipoprotein  29.1 
 
 		 355 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0526758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2318  basic membrane lipoprotein  32.26 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375115  normal  0.178466 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4187  basic membrane lipoprotein  32.53 
 
 		 373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.083899  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0759  bmp family protein  29.75 
 
 		 364 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1001  basic membrane lipoprotein  28.57 
 
 		 363 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0663  basic membrane lipoprotein  28.44 
 
 		 364 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.888677  normal  0.450253 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0869  basic membrane lipoprotein  28.06 
 
 		 356 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2993  basic membrane lipoprotein  28.71 
 
 		 361 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0878793 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1415  basic membrane lipoprotein  29.85 
 
 		 356 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.218463  normal  0.0969049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2146  basic membrane lipoprotein  27.66 
 
 		 368 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2964  putative basic membrane protein  27.39 
 
 		 387 aa  105  9e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.698329 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1516  Bmp family lipoprotein  32.35 
 
 		 356 aa  104  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.46456  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0224  hypothetical protein  29.36 
 
 		 365 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1159  bmp family protein  28.42 
 
 		 363 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01800  hypothetical protein  29.25 
 
 		 365 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0347768  normal  0.597763 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2169  lipoprotein  31.2 
 
 		 357 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0737964  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1306  membrane lipoprotein tmpC precursor  32.6 
 
 		 356 aa  103  4e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.116551  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3674  basic membrane lipoprotein  25.89 
 
 		 355 aa  103  6e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.537913  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0567  bmp family protein  31.01 
 
 		 355 aa  102  7e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1902  basic membrane lipoprotein  30.27 
 
 		 359 aa  102  7e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3094  basic membrane lipoprotein  29.05 
 
 		 331 aa  102  8e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1142  basic membrane lipoprotein  32.21 
 
 		 366 aa  102  8e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.111164  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00670  basic membrane lipoprotein  27.05 
 
 		 335 aa  102  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3629  basic membrane lipoprotein  30.12 
 
 		 355 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.178645  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1044  basic membrane lipoprotein  33.49 
 
 		 361 aa  100  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.361221  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4349  basic membrane lipoprotein  30.96 
 
 		 366 aa  100  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1766  basic membrane lipoprotein  29.15 
 
 		 358 aa  100  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1775  basic membrane lipoprotein  30.56 
 
 		 342 aa  100  4e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000483055  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2148  basic membrane lipoprotein  30.59 
 
 		 360 aa  100  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.863295  normal  0.752026 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0507  basic membrane lipoprotein  29.5 
 
 		 340 aa  99.8  6e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1719  basic membrane lipoprotein  34.08 
 
 		 358 aa  99  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00548824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1903  basic membrane lipoprotein  34.52 
 
 		 358 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.94528  normal  0.373123 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1794  basic membrane lipoprotein  32.22 
 
 		 381 aa  98.6  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.150642  normal  0.801516 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3296  basic membrane lipoprotein  30.42 
 
 		 363 aa  98.2  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1914  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1708  basic membrane lipoprotein  34.41 
 
 		 426 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.918914 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2027  basic membrane lipoprotein  34.41 
 
 		 426 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.073285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3942  hypothetical protein  28.31 
 
 		 364 aa  97.4  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.116941  normal  0.561112 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3243  basic membrane lipoprotein  30.28 
 
 		 364 aa  97.1  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0401  basic membrane lipoprotein  27.09 
 
 		 351 aa  95.9  9e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1106  basic membrane lipoprotein  33.87 
 
 		 357 aa  95.9  9e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.383245 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3560  ABC transporter periplasmic-binding protein  29.88 
 
 		 364 aa  95.5  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2057  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  30.36 
 
 		 359 aa  95.1  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297273  normal  0.489337 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>