264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3296 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3296  basic membrane lipoprotein  100 
 
 		 363 aa  746    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1914  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3882  basic membrane lipoprotein  77.93 
 
 		 366 aa  588  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1044  basic membrane lipoprotein  75.97 
 
 		 361 aa  571  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.361221  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1142  basic membrane lipoprotein  76.99 
 
 		 366 aa  535  1e-151  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.111164  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2146  basic membrane lipoprotein  67.57 
 
 		 368 aa  496  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3721  basic membrane lipoprotein  54.2 
 
 		 367 aa  395  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.339406 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2594  basic membrane lipoprotein  53.78 
 
 		 362 aa  374  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.266805  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1902  basic membrane lipoprotein  50 
 
 		 359 aa  362  6e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0567  bmp family protein  50 
 
 		 355 aa  356  3.9999999999999996e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3629  basic membrane lipoprotein  48.21 
 
 		 355 aa  354  1e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.178645  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1923  basic membrane lipoprotein  47.02 
 
 		 355 aa  341  1e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0526758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0869  basic membrane lipoprotein  45.81 
 
 		 356 aa  339  4e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0224  hypothetical protein  48.65 
 
 		 365 aa  333  3e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0759  bmp family protein  45.71 
 
 		 364 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2501  basic membrane lipoprotein  49.85 
 
 		 381 aa  331  9e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403436  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2057  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  47.77 
 
 		 359 aa  330  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297273  normal  0.489337 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1507  Bmp family membrane protein  49.54 
 
 		 382 aa  330  3e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.119894  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01800  hypothetical protein  48.35 
 
 		 365 aa  330  3e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0347768  normal  0.597763 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1927  basic membrane lipoprotein  47.35 
 
 		 382 aa  330  3e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.940408  normal  0.0318829 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2148  basic membrane lipoprotein  48.97 
 
 		 360 aa  328  7e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.863295  normal  0.752026 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0663  basic membrane lipoprotein  45.15 
 
 		 364 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.888677  normal  0.450253 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1415  basic membrane lipoprotein  45.15 
 
 		 356 aa  326  3e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.218463  normal  0.0969049 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2177  basic membrane lipoprotein  44.78 
 
 		 368 aa  325  7e-88  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0673  basic membrane lipoprotein  46.29 
 
 		 357 aa  324  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0794  basic membrane lipoprotein  48.95 
 
 		 380 aa  324  1e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0638378  normal  0.164056 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3237  basic membrane lipoprotein  47.15 
 
 		 352 aa  323  2e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5058  basic membrane lipoprotein  44.81 
 
 		 365 aa  324  2e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3026  basic membrane lipoprotein  46.5 
 
 		 380 aa  322  8e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2177  lipoprotein  48.5 
 
 		 380 aa  322  9.000000000000001e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0806  putative lipoprotein  48.78 
 
 		 385 aa  319  5e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1979  basic membrane lipoprotein  47.92 
 
 		 385 aa  318  1e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.919981  normal  0.873808 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1903  basic membrane lipoprotein  45.24 
 
 		 358 aa  317  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.94528  normal  0.373123 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2379  basic membrane lipoprotein  47.76 
 
 		 385 aa  316  4e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.185576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1118  basic membrane lipoprotein  42.78 
 
 		 359 aa  316  5e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0536373  normal  0.804172 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2169  lipoprotein  44.01 
 
 		 357 aa  315  9e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0737964  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1719  basic membrane lipoprotein  44.64 
 
 		 358 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00548824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2142  basic membrane lipoprotein  46.08 
 
 		 385 aa  313  3.9999999999999997e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3453  basic membrane lipoprotein  45.7 
 
 		 383 aa  312  6.999999999999999e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.032757 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1766  basic membrane lipoprotein  46.69 
 
 		 358 aa  311  1e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0493  basic membrane lipoprotein  44.94 
 
 		 358 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00240976  normal  0.0511349 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1490  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  44.48 
 
 		 376 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0307169  normal  0.741431 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1690  basic membrane lipoprotein  47.02 
 
 		 355 aa  309  5.9999999999999995e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00161056  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1106  basic membrane lipoprotein  46.55 
 
 		 357 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.383245 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1941  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  42.54 
 
 		 364 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00208553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2636  basic membrane lipoprotein  44.48 
 
 		 376 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.894025 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3176  basic membrane lipoprotein  46.39 
 
 		 376 aa  305  8.000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3900  basic membrane lipoprotein  45.18 
 
 		 390 aa  305  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381277  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2443  basic membrane lipoprotein  44.44 
 
 		 384 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2027  basic membrane lipoprotein  46.22 
 
 		 426 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.073285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2993  basic membrane lipoprotein  44.23 
 
 		 361 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0878793 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1708  basic membrane lipoprotein  46.22 
 
 		 426 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.918914 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1288  basic membrane lipoprotein  43.7 
 
 		 364 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2318  basic membrane lipoprotein  42.08 
 
 		 368 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375115  normal  0.178466 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1063  basic membrane lipoprotein  46.25 
 
 		 377 aa  302  5.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1060  basic membrane lipoprotein  46.25 
 
 		 377 aa  302  6.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1002  basic membrane lipoprotein  45.65 
 
 		 377 aa  301  1e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3163  basic membrane lipoprotein  45.05 
 
 		 387 aa  301  1e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5006  basic membrane lipoprotein  44.31 
 
 		 382 aa  301  1e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4187  basic membrane lipoprotein  42.69 
 
 		 373 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.083899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1135  basic membrane lipoprotein  44.58 
 
 		 388 aa  299  4e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293026 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2138  basic membrane lipoprotein  44.61 
 
 		 390 aa  297  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.370861 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1953  basic membrane lipoprotein  45.07 
 
 		 373 aa  296  3e-79  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0267127 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0216  basic membrane lipoprotein  41.19 
 
 		 354 aa  295  1e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.518023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2444  basic membrane lipoprotein  45.67 
 
 		 382 aa  295  1e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3243  basic membrane lipoprotein  43.49 
 
 		 364 aa  293  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3560  ABC transporter periplasmic-binding protein  43.2 
 
 		 364 aa  292  8e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3942  hypothetical protein  42.15 
 
 		 364 aa  291  1e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.116941  normal  0.561112 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2964  putative basic membrane protein  42.15 
 
 		 387 aa  288  1e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.698329 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1015  basic membrane lipoprotein  42.64 
 
 		 362 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2299  basic membrane lipoprotein  41.87 
 
 		 384 aa  286  2.9999999999999996e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0928  basic membrane lipoprotein  42.15 
 
 		 360 aa  286  2.9999999999999996e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1039  basic membrane lipoprotein  42.94 
 
 		 383 aa  286  2.9999999999999996e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1486  basic membrane lipoprotein  43.11 
 
 		 386 aa  285  5.999999999999999e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.524236 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1406  basic membrane lipoprotein  41.14 
 
 		 386 aa  263  4e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000211605  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5873  basic membrane lipoprotein  38.39 
 
 		 364 aa  262  6e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6465  basic membrane lipoprotein  37.46 
 
 		 365 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0866986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4465  basic membrane lipoprotein  35.99 
 
 		 365 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.117985 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0450  basic membrane lipoprotein  34.2 
 
 		 625 aa  236  4e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0141  Bmp family membrane protein  37.07 
 
 		 364 aa  225  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000041374  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1460  basic membrane lipoprotein  34.34 
 
 		 382 aa  199  6e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.892929 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0532  bmp family protein  43.12 
 
 		 400 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1794  basic membrane lipoprotein  32.51 
 
 		 381 aa  196  7e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.150642  normal  0.801516 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4847  basic membrane lipoprotein  33.63 
 
 		 371 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1314  basic membrane lipoprotein  33.85 
 
 		 431 aa  189  5e-47  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.348799  normal  0.383779 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1044  basic membrane lipoprotein  33.76 
 
 		 428 aa  187  2e-46  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00211594 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1001  basic membrane lipoprotein  32.42 
 
 		 363 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5659  lipoprotein  34.71 
 
 		 422 aa  185  9e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373529  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6457  basic membrane lipoprotein  34.01 
 
 		 375 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.153955 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0975  basic membrane lipoprotein  32.98 
 
 		 432 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.494831 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1159  bmp family protein  32.42 
 
 		 363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0764  basic membrane lipoprotein  33.16 
 
 		 390 aa  181  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000134233  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4236  basic membrane lipoprotein  32.15 
 
 		 360 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4474  basic membrane lipoprotein  32.7 
 
 		 375 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.766807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2076  basic membrane lipoprotein  30.35 
 
 		 371 aa  179  4e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0315473 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0769  bmp family protein  33.24 
 
 		 374 aa  179  7e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.109974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1243  basic membrane lipoprotein  30.35 
 
 		 379 aa  176  5e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.202679 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4349  basic membrane lipoprotein  32.35 
 
 		 366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494999  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0270  basic membrane lipoprotein  32.56 
 
 		 372 aa  174  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3026  basic membrane lipoprotein  32.46 
 
 		 381 aa  172  6.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0836  basic membrane lipoprotein  32.27 
 
 		 367 aa  172  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>