215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5659 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011368  Rleg2_4474  basic membrane lipoprotein  84.22 
 
 		 375 aa  644    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.766807 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5659  lipoprotein  100 
 
 		 422 aa  877    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373529  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6457  basic membrane lipoprotein  85.29 
 
 		 375 aa  643    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.153955 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2020  basic membrane lipoprotein  70.16 
 
 		 368 aa  522  1e-147  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.137237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1701  basic membrane lipoprotein  69.31 
 
 		 379 aa  523  1e-147  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.126126 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1117  basic membrane lipoprotein  68.78 
 
 		 384 aa  509  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.246215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0769  bmp family protein  65.03 
 
 		 374 aa  475  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.109974  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0270  basic membrane lipoprotein  63.66 
 
 		 372 aa  471  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4620  ABC transporter substrate-binding protein  61.2 
 
 		 369 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0689181 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0836  basic membrane lipoprotein  59.67 
 
 		 367 aa  449  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3026  basic membrane lipoprotein  63.79 
 
 		 381 aa  445  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1169  twin-arginine translocation pathway signal  60.55 
 
 		 369 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1360  bmp family protein  60.27 
 
 		 369 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5243  basic membrane lipoprotein  60.76 
 
 		 365 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1368  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  60.22 
 
 		 365 aa  434  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0529921  normal  0.073818 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0853  basic membrane lipoprotein  53.97 
 
 		 372 aa  422  1e-117  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.674254  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0216  basic membrane lipoprotein  36.64 
 
 		 354 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.518023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2177  basic membrane lipoprotein  38.87 
 
 		 368 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3237  basic membrane lipoprotein  38.94 
 
 		 352 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3026  basic membrane lipoprotein  37.5 
 
 		 380 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1927  basic membrane lipoprotein  36.99 
 
 		 382 aa  230  4e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.940408  normal  0.0318829 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2299  basic membrane lipoprotein  37.98 
 
 		 384 aa  223  4.9999999999999996e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1507  Bmp family membrane protein  37.61 
 
 		 382 aa  218  1e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.119894  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0663  basic membrane lipoprotein  37.7 
 
 		 364 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.888677  normal  0.450253 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1923  basic membrane lipoprotein  33.52 
 
 		 355 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0526758  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0759  bmp family protein  36.34 
 
 		 364 aa  207  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1953  basic membrane lipoprotein  36.95 
 
 		 373 aa  204  2e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0267127 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0673  basic membrane lipoprotein  37.25 
 
 		 357 aa  202  9e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0567  bmp family protein  36.62 
 
 		 355 aa  200  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1406  basic membrane lipoprotein  36.81 
 
 		 386 aa  200  3.9999999999999996e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000211605  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1288  basic membrane lipoprotein  34.15 
 
 		 364 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0869  basic membrane lipoprotein  35.92 
 
 		 356 aa  200  5e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3629  basic membrane lipoprotein  36.44 
 
 		 355 aa  199  6e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.178645  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2993  basic membrane lipoprotein  36.98 
 
 		 361 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0878793 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2594  basic membrane lipoprotein  35.54 
 
 		 362 aa  194  4e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.266805  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2138  basic membrane lipoprotein  36.39 
 
 		 390 aa  192  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.370861 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2444  basic membrane lipoprotein  36.69 
 
 		 382 aa  190  5e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1902  basic membrane lipoprotein  35.42 
 
 		 359 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2501  basic membrane lipoprotein  34.69 
 
 		 381 aa  189  7e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403436  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3882  basic membrane lipoprotein  34.8 
 
 		 366 aa  188  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1044  basic membrane lipoprotein  34.17 
 
 		 361 aa  188  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.361221  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2318  basic membrane lipoprotein  33.69 
 
 		 368 aa  188  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375115  normal  0.178466 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1941  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  34.42 
 
 		 364 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00208553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2146  basic membrane lipoprotein  33.53 
 
 		 368 aa  188  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2379  basic membrane lipoprotein  34.81 
 
 		 385 aa  187  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.185576  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1979  basic membrane lipoprotein  34.81 
 
 		 385 aa  187  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.919981  normal  0.873808 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3296  basic membrane lipoprotein  34.71 
 
 		 363 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1914  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2177  lipoprotein  34.81 
 
 		 380 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1142  basic membrane lipoprotein  34.73 
 
 		 366 aa  183  6e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.111164  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2057  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  36.18 
 
 		 359 aa  182  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297273  normal  0.489337 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0224  hypothetical protein  35.1 
 
 		 365 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0794  basic membrane lipoprotein  33.92 
 
 		 380 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0638378  normal  0.164056 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01800  hypothetical protein  34.81 
 
 		 365 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0347768  normal  0.597763 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2443  basic membrane lipoprotein  34.02 
 
 		 384 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1135  basic membrane lipoprotein  32.54 
 
 		 388 aa  180  4e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293026 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0806  putative lipoprotein  35.03 
 
 		 385 aa  180  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1039  basic membrane lipoprotein  34.81 
 
 		 383 aa  180  4.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3900  basic membrane lipoprotein  33.14 
 
 		 390 aa  179  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381277  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5873  basic membrane lipoprotein  32.62 
 
 		 364 aa  179  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1415  basic membrane lipoprotein  34.65 
 
 		 356 aa  179  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.218463  normal  0.0969049 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1903  basic membrane lipoprotein  36.81 
 
 		 358 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.94528  normal  0.373123 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2169  lipoprotein  35.52 
 
 		 357 aa  178  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0737964  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3453  basic membrane lipoprotein  33.72 
 
 		 383 aa  178  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.032757 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3163  basic membrane lipoprotein  32.74 
 
 		 387 aa  178  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1690  basic membrane lipoprotein  36.36 
 
 		 355 aa  178  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00161056  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3176  basic membrane lipoprotein  33.43 
 
 		 376 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1719  basic membrane lipoprotein  36.81 
 
 		 358 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00548824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1486  basic membrane lipoprotein  33.24 
 
 		 386 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.524236 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3243  basic membrane lipoprotein  32.61 
 
 		 364 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25432  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1159  bmp family protein  35.22 
 
 		 363 aa  176  7e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3942  hypothetical protein  33.7 
 
 		 364 aa  176  8e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.116941  normal  0.561112 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3560  ABC transporter periplasmic-binding protein  32.34 
 
 		 364 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4847  basic membrane lipoprotein  35.5 
 
 		 371 aa  176  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5006  basic membrane lipoprotein  32.25 
 
 		 382 aa  174  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2142  basic membrane lipoprotein  32.84 
 
 		 385 aa  173  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1002  basic membrane lipoprotein  32.74 
 
 		 377 aa  173  5e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1063  basic membrane lipoprotein  33.04 
 
 		 377 aa  173  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4187  basic membrane lipoprotein  31.56 
 
 		 373 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.083899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1060  basic membrane lipoprotein  32.74 
 
 		 377 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1001  basic membrane lipoprotein  33.33 
 
 		 363 aa  171  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1118  basic membrane lipoprotein  33.24 
 
 		 359 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0536373  normal  0.804172 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3721  basic membrane lipoprotein  33.43 
 
 		 367 aa  170  4e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.339406 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2636  basic membrane lipoprotein  32.05 
 
 		 376 aa  170  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.894025 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1490  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  32.05 
 
 		 376 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0307169  normal  0.741431 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2148  basic membrane lipoprotein  36.18 
 
 		 360 aa  168  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.863295  normal  0.752026 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5058  basic membrane lipoprotein  32.88 
 
 		 365 aa  167  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0928  basic membrane lipoprotein  31.78 
 
 		 360 aa  163  6e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2964  putative basic membrane protein  31.12 
 
 		 387 aa  162  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.698329 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1766  basic membrane lipoprotein  33.51 
 
 		 358 aa  160  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4236  basic membrane lipoprotein  30.39 
 
 		 360 aa  159  9e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1106  basic membrane lipoprotein  35.33 
 
 		 357 aa  158  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.383245 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2027  basic membrane lipoprotein  35.33 
 
 		 426 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.073285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1708  basic membrane lipoprotein  35.33 
 
 		 426 aa  157  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.918914 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0450  basic membrane lipoprotein  29.71 
 
 		 625 aa  156  8e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1460  basic membrane lipoprotein  33.33 
 
 		 382 aa  155  1e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.892929 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0493  basic membrane lipoprotein  30.65 
 
 		 358 aa  155  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00240976  normal  0.0511349 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0764  basic membrane lipoprotein  34.5 
 
 		 390 aa  154  2.9999999999999998e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000134233  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0975  basic membrane lipoprotein  30.81 
 
 		 432 aa  152  1e-35  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.494831 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1794  basic membrane lipoprotein  30.89 
 
 		 381 aa  152  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.150642  normal  0.801516 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1314  basic membrane lipoprotein  31.99 
 
 		 431 aa  150  6e-35  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.348799  normal  0.383779 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>