255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5873 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5873  basic membrane lipoprotein  100 
 
 		 364 aa  746    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1902  basic membrane lipoprotein  46.08 
 
 		 359 aa  318  7e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2993  basic membrane lipoprotein  43.81 
 
 		 361 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0878793 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0663  basic membrane lipoprotein  42.99 
 
 		 364 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.888677  normal  0.450253 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0759  bmp family protein  42.99 
 
 		 364 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2594  basic membrane lipoprotein  42.68 
 
 		 362 aa  301  9e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.266805  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0673  basic membrane lipoprotein  42.06 
 
 		 357 aa  300  3e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2057  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  43.24 
 
 		 359 aa  297  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297273  normal  0.489337 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01800  hypothetical protein  42.2 
 
 		 365 aa  292  8e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0347768  normal  0.597763 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3721  basic membrane lipoprotein  42.47 
 
 		 367 aa  291  8e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.339406 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0567  bmp family protein  43.07 
 
 		 355 aa  291  1e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0224  hypothetical protein  41.82 
 
 		 365 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1923  basic membrane lipoprotein  39.94 
 
 		 355 aa  290  3e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0526758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1118  basic membrane lipoprotein  42.33 
 
 		 359 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0536373  normal  0.804172 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3629  basic membrane lipoprotein  41.83 
 
 		 355 aa  286  4e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.178645  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5058  basic membrane lipoprotein  41.08 
 
 		 365 aa  286  5e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0869  basic membrane lipoprotein  40.63 
 
 		 356 aa  280  2e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2148  basic membrane lipoprotein  44.05 
 
 		 360 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.863295  normal  0.752026 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1979  basic membrane lipoprotein  41.62 
 
 		 385 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.919981  normal  0.873808 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2379  basic membrane lipoprotein  41.32 
 
 		 385 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.185576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3243  basic membrane lipoprotein  39.44 
 
 		 364 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2501  basic membrane lipoprotein  38.62 
 
 		 381 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403436  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3237  basic membrane lipoprotein  39.04 
 
 		 352 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1415  basic membrane lipoprotein  40.57 
 
 		 356 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.218463  normal  0.0969049 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3560  ABC transporter periplasmic-binding protein  39.17 
 
 		 364 aa  273  3e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2169  lipoprotein  39.39 
 
 		 357 aa  273  3e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0737964  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3942  hypothetical protein  39.44 
 
 		 364 aa  272  8.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.116941  normal  0.561112 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2177  lipoprotein  40.24 
 
 		 380 aa  270  4e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1106  basic membrane lipoprotein  42.77 
 
 		 357 aa  270  4e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.383245 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1490  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  40.18 
 
 		 376 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0307169  normal  0.741431 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1719  basic membrane lipoprotein  40.88 
 
 		 358 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00548824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1927  basic membrane lipoprotein  38.37 
 
 		 382 aa  267  2e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.940408  normal  0.0318829 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1903  basic membrane lipoprotein  41.18 
 
 		 358 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.94528  normal  0.373123 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1288  basic membrane lipoprotein  38.74 
 
 		 364 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0794  basic membrane lipoprotein  38.55 
 
 		 380 aa  266  4e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0638378  normal  0.164056 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0216  basic membrane lipoprotein  39.17 
 
 		 354 aa  266  4e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.518023  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3882  basic membrane lipoprotein  37.86 
 
 		 366 aa  265  7e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2636  basic membrane lipoprotein  39.58 
 
 		 376 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.894025 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1015  basic membrane lipoprotein  41.52 
 
 		 362 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2318  basic membrane lipoprotein  39.07 
 
 		 368 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375115  normal  0.178466 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1044  basic membrane lipoprotein  40.36 
 
 		 361 aa  262  6e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.361221  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3296  basic membrane lipoprotein  38.39 
 
 		 363 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1914  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4187  basic membrane lipoprotein  39.27 
 
 		 373 aa  261  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.083899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2146  basic membrane lipoprotein  38.29 
 
 		 368 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1941  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  39.22 
 
 		 364 aa  261  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00208553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2142  basic membrane lipoprotein  35.87 
 
 		 385 aa  258  8e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1708  basic membrane lipoprotein  41.57 
 
 		 426 aa  258  1e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.918914 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2027  basic membrane lipoprotein  41.57 
 
 		 426 aa  257  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.073285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0493  basic membrane lipoprotein  37.84 
 
 		 358 aa  257  3e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00240976  normal  0.0511349 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3026  basic membrane lipoprotein  37.31 
 
 		 380 aa  256  6e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1690  basic membrane lipoprotein  39.29 
 
 		 355 aa  255  7e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00161056  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1135  basic membrane lipoprotein  37.08 
 
 		 388 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293026 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5006  basic membrane lipoprotein  36.86 
 
 		 382 aa  252  6e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3453  basic membrane lipoprotein  36.12 
 
 		 383 aa  252  9.000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.032757 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1142  basic membrane lipoprotein  38.15 
 
 		 366 aa  250  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.111164  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0806  putative lipoprotein  38.58 
 
 		 385 aa  250  3e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1766  basic membrane lipoprotein  36.11 
 
 		 358 aa  249  5e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2177  basic membrane lipoprotein  35.91 
 
 		 368 aa  249  7e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6465  basic membrane lipoprotein  36.67 
 
 		 365 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0866986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1507  Bmp family membrane protein  35.47 
 
 		 382 aa  243  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.119894  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3900  basic membrane lipoprotein  35.26 
 
 		 390 aa  243  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381277  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2299  basic membrane lipoprotein  37.76 
 
 		 384 aa  243  3.9999999999999997e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4465  basic membrane lipoprotein  37.22 
 
 		 365 aa  243  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.117985 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3163  basic membrane lipoprotein  35.45 
 
 		 387 aa  241  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2444  basic membrane lipoprotein  36.25 
 
 		 382 aa  241  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1063  basic membrane lipoprotein  38.37 
 
 		 377 aa  240  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1060  basic membrane lipoprotein  38.07 
 
 		 377 aa  239  8e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2964  putative basic membrane protein  35.39 
 
 		 387 aa  238  1e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.698329 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1039  basic membrane lipoprotein  35.76 
 
 		 383 aa  238  1e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1002  basic membrane lipoprotein  37.27 
 
 		 377 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1953  basic membrane lipoprotein  36.49 
 
 		 373 aa  236  3e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0267127 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2138  basic membrane lipoprotein  35.95 
 
 		 390 aa  236  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.370861 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0928  basic membrane lipoprotein  34.57 
 
 		 360 aa  236  6e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1486  basic membrane lipoprotein  35.35 
 
 		 386 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.524236 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3176  basic membrane lipoprotein  35.56 
 
 		 376 aa  232  7.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2443  basic membrane lipoprotein  33.03 
 
 		 384 aa  229  8e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5420  lipoprotein  32.79 
 
 		 370 aa  216  5.9999999999999996e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0141  Bmp family membrane protein  32.94 
 
 		 364 aa  202  7e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000041374  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3152  basic membrane lipoprotein  32.4 
 
 		 380 aa  196  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.445916 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0532  bmp family protein  41.22 
 
 		 400 aa  190  4e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1406  basic membrane lipoprotein  30.86 
 
 		 386 aa  189  5e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000211605  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0270  basic membrane lipoprotein  33.87 
 
 		 372 aa  188  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2076  basic membrane lipoprotein  32.94 
 
 		 371 aa  186  6e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0315473 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1243  basic membrane lipoprotein  32.45 
 
 		 379 aa  182  6e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.202679 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5659  lipoprotein  32.62 
 
 		 422 aa  179  4.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373529  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0450  basic membrane lipoprotein  29.25 
 
 		 625 aa  179  7e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0853  basic membrane lipoprotein  31.08 
 
 		 372 aa  178  1e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.674254  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4236  basic membrane lipoprotein  33.64 
 
 		 360 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4847  basic membrane lipoprotein  32.93 
 
 		 371 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1169  twin-arginine translocation pathway signal  32.71 
 
 		 369 aa  177  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0769  bmp family protein  31.81 
 
 		 374 aa  177  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.109974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5243  basic membrane lipoprotein  31.25 
 
 		 365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4474  basic membrane lipoprotein  30.73 
 
 		 375 aa  172  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.766807 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1368  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  30.71 
 
 		 365 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0529921  normal  0.073818 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3026  basic membrane lipoprotein  34.59 
 
 		 381 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0975  basic membrane lipoprotein  28.17 
 
 		 432 aa  171  1e-41  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.494831 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0836  basic membrane lipoprotein  31.44 
 
 		 367 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1360  bmp family protein  31.9 
 
 		 369 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6457  basic membrane lipoprotein  31.54 
 
 		 375 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.153955 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1460  basic membrane lipoprotein  28.76 
 
 		 382 aa  168  1e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.892929 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>