253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3900 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3900  basic membrane lipoprotein  100 
 
 		 390 aa  783    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381277  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1135  basic membrane lipoprotein  82.05 
 
 		 388 aa  626  1e-178  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293026 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5006  basic membrane lipoprotein  79.95 
 
 		 382 aa  614  1e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3163  basic membrane lipoprotein  81.91 
 
 		 387 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1486  basic membrane lipoprotein  79.64 
 
 		 386 aa  600  1.0000000000000001e-171  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.524236 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2142  basic membrane lipoprotein  78.72 
 
 		 385 aa  594  1e-169  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2443  basic membrane lipoprotein  77.95 
 
 		 384 aa  590  1e-167  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1039  basic membrane lipoprotein  80.1 
 
 		 383 aa  572  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3453  basic membrane lipoprotein  75.52 
 
 		 383 aa  568  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.032757 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2444  basic membrane lipoprotein  65.38 
 
 		 382 aa  505  9.999999999999999e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2138  basic membrane lipoprotein  66.4 
 
 		 390 aa  506  9.999999999999999e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.370861 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2501  basic membrane lipoprotein  65.01 
 
 		 381 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403436  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0806  putative lipoprotein  66.87 
 
 		 385 aa  461  1e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2177  lipoprotein  63.81 
 
 		 380 aa  455  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0794  basic membrane lipoprotein  63.64 
 
 		 380 aa  454  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0638378  normal  0.164056 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2379  basic membrane lipoprotein  66.07 
 
 		 385 aa  448  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.185576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3176  basic membrane lipoprotein  63.25 
 
 		 376 aa  446  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1979  basic membrane lipoprotein  66.07 
 
 		 385 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.919981  normal  0.873808 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1002  basic membrane lipoprotein  62.28 
 
 		 377 aa  442  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1060  basic membrane lipoprotein  61.98 
 
 		 377 aa  439  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1063  basic membrane lipoprotein  62.28 
 
 		 377 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0869  basic membrane lipoprotein  55.12 
 
 		 356 aa  392  1e-108  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1288  basic membrane lipoprotein  50 
 
 		 364 aa  364  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2636  basic membrane lipoprotein  52.85 
 
 		 376 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.894025 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1490  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  51.95 
 
 		 376 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0307169  normal  0.741431 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1941  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  52.51 
 
 		 364 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00208553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2318  basic membrane lipoprotein  51.87 
 
 		 368 aa  355  1e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375115  normal  0.178466 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2993  basic membrane lipoprotein  51.66 
 
 		 361 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0878793 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1923  basic membrane lipoprotein  49.55 
 
 		 355 aa  348  1e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0526758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2057  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  50.3 
 
 		 359 aa  348  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297273  normal  0.489337 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3629  basic membrane lipoprotein  50.91 
 
 		 355 aa  346  4e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.178645  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0663  basic membrane lipoprotein  46.84 
 
 		 364 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.888677  normal  0.450253 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4187  basic membrane lipoprotein  50.75 
 
 		 373 aa  343  4e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.083899  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0567  bmp family protein  50 
 
 		 355 aa  342  7e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0759  bmp family protein  46.32 
 
 		 364 aa  342  8e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1902  basic membrane lipoprotein  51.51 
 
 		 359 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2594  basic membrane lipoprotein  48.48 
 
 		 362 aa  335  1e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.266805  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1927  basic membrane lipoprotein  43.6 
 
 		 382 aa  330  2e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.940408  normal  0.0318829 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0673  basic membrane lipoprotein  48.05 
 
 		 357 aa  330  4e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5058  basic membrane lipoprotein  46.99 
 
 		 365 aa  327  3e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1766  basic membrane lipoprotein  49.7 
 
 		 358 aa  325  7e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1118  basic membrane lipoprotein  46.74 
 
 		 359 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0536373  normal  0.804172 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0493  basic membrane lipoprotein  49.24 
 
 		 358 aa  323  2e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00240976  normal  0.0511349 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2148  basic membrane lipoprotein  50.74 
 
 		 360 aa  322  5e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.863295  normal  0.752026 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2177  basic membrane lipoprotein  43.19 
 
 		 368 aa  322  7e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1415  basic membrane lipoprotein  47.66 
 
 		 356 aa  322  9.000000000000001e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.218463  normal  0.0969049 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0224  hypothetical protein  45.92 
 
 		 365 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2169  lipoprotein  46.78 
 
 		 357 aa  319  5e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0737964  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01800  hypothetical protein  45.92 
 
 		 365 aa  319  6e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0347768  normal  0.597763 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3237  basic membrane lipoprotein  45.18 
 
 		 352 aa  318  1e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2299  basic membrane lipoprotein  43.58 
 
 		 384 aa  317  2e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1507  Bmp family membrane protein  43.41 
 
 		 382 aa  317  2e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.119894  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3882  basic membrane lipoprotein  47.09 
 
 		 366 aa  316  4e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0928  basic membrane lipoprotein  45.88 
 
 		 360 aa  315  6e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3942  hypothetical protein  47.59 
 
 		 364 aa  315  8e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.116941  normal  0.561112 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3243  basic membrane lipoprotein  47.29 
 
 		 364 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3560  ABC transporter periplasmic-binding protein  47.29 
 
 		 364 aa  312  6.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3296  basic membrane lipoprotein  44.38 
 
 		 363 aa  312  6.999999999999999e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1914  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3026  basic membrane lipoprotein  41.87 
 
 		 380 aa  308  1.0000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1690  basic membrane lipoprotein  48.32 
 
 		 355 aa  305  6e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00161056  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1903  basic membrane lipoprotein  45.29 
 
 		 358 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.94528  normal  0.373123 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1044  basic membrane lipoprotein  46.39 
 
 		 361 aa  302  6.000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.361221  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2146  basic membrane lipoprotein  43.31 
 
 		 368 aa  302  9e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1106  basic membrane lipoprotein  48.33 
 
 		 357 aa  302  9e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.383245 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2964  putative basic membrane protein  45.66 
 
 		 387 aa  300  2e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.698329 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2027  basic membrane lipoprotein  48.33 
 
 		 426 aa  300  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.073285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1708  basic membrane lipoprotein  48.33 
 
 		 426 aa  300  3e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.918914 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1142  basic membrane lipoprotein  44.48 
 
 		 366 aa  300  4e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.111164  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1953  basic membrane lipoprotein  43.21 
 
 		 373 aa  299  5e-80  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0267127 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1719  basic membrane lipoprotein  44.84 
 
 		 358 aa  299  6e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00548824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3721  basic membrane lipoprotein  42.3 
 
 		 367 aa  296  3e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.339406 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1015  basic membrane lipoprotein  44.01 
 
 		 362 aa  295  7e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0216  basic membrane lipoprotein  42.04 
 
 		 354 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.518023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1406  basic membrane lipoprotein  40.21 
 
 		 386 aa  258  9e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000211605  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6465  basic membrane lipoprotein  39.04 
 
 		 365 aa  252  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0866986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4465  basic membrane lipoprotein  38.44 
 
 		 365 aa  249  7e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.117985 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5873  basic membrane lipoprotein  35.21 
 
 		 364 aa  246  6e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0141  Bmp family membrane protein  38.35 
 
 		 364 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000041374  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1314  basic membrane lipoprotein  35.45 
 
 		 431 aa  219  7e-56  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.348799  normal  0.383779 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3152  basic membrane lipoprotein  34.77 
 
 		 380 aa  208  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.445916 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1044  basic membrane lipoprotein  32.26 
 
 		 428 aa  205  9e-52  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00211594 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4847  basic membrane lipoprotein  37.73 
 
 		 371 aa  205  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0450  basic membrane lipoprotein  32.86 
 
 		 625 aa  205  1e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1176  basic membrane lipoprotein  32.86 
 
 		 430 aa  205  1e-51  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0623927 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0975  basic membrane lipoprotein  32.5 
 
 		 432 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.494831 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0532  bmp family protein  44.91 
 
 		 400 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2076  basic membrane lipoprotein  35.4 
 
 		 371 aa  199  6e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0315473 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1794  basic membrane lipoprotein  39.47 
 
 		 381 aa  199  7.999999999999999e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.150642  normal  0.801516 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1159  bmp family protein  35.95 
 
 		 363 aa  199  9e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1243  basic membrane lipoprotein  35.06 
 
 		 379 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.202679 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1001  basic membrane lipoprotein  35.98 
 
 		 363 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4474  basic membrane lipoprotein  33.8 
 
 		 375 aa  192  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.766807 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1368  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  36.07 
 
 		 365 aa  192  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0529921  normal  0.073818 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5243  basic membrane lipoprotein  35.78 
 
 		 365 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1360  bmp family protein  34.26 
 
 		 369 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0853  basic membrane lipoprotein  34.12 
 
 		 372 aa  190  5e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.674254  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6457  basic membrane lipoprotein  33.81 
 
 		 375 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.153955 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1169  twin-arginine translocation pathway signal  33.76 
 
 		 369 aa  189  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1460  basic membrane lipoprotein  37.22 
 
 		 382 aa  188  2e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.892929 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0270  basic membrane lipoprotein  36.6 
 
 		 372 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>