253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4847 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4847  basic membrane lipoprotein  100 
 
 		 371 aa  758    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4236  basic membrane lipoprotein  74.56 
 
 		 360 aa  550  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1001  basic membrane lipoprotein  69.55 
 
 		 363 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1159  bmp family protein  72.27 
 
 		 363 aa  518  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4349  basic membrane lipoprotein  69.17 
 
 		 366 aa  510  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1927  basic membrane lipoprotein  43.98 
 
 		 382 aa  277  2e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.940408  normal  0.0318829 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2177  basic membrane lipoprotein  42.12 
 
 		 368 aa  275  6e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1507  Bmp family membrane protein  43.25 
 
 		 382 aa  273  3e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.119894  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3026  basic membrane lipoprotein  42.64 
 
 		 380 aa  269  5e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3237  basic membrane lipoprotein  40.18 
 
 		 352 aa  256  6e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1953  basic membrane lipoprotein  42.31 
 
 		 373 aa  249  5e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0267127 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2594  basic membrane lipoprotein  39.76 
 
 		 362 aa  241  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.266805  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0216  basic membrane lipoprotein  36.68 
 
 		 354 aa  239  4e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.518023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2299  basic membrane lipoprotein  39.39 
 
 		 384 aa  232  9e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0794  basic membrane lipoprotein  37.92 
 
 		 380 aa  226  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0638378  normal  0.164056 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1902  basic membrane lipoprotein  37.31 
 
 		 359 aa  220  3e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1979  basic membrane lipoprotein  36.7 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.919981  normal  0.873808 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2379  basic membrane lipoprotein  36.39 
 
 		 385 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.185576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2501  basic membrane lipoprotein  36.7 
 
 		 381 aa  216  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403436  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0869  basic membrane lipoprotein  35.03 
 
 		 356 aa  213  3.9999999999999995e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2443  basic membrane lipoprotein  36.67 
 
 		 384 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2177  lipoprotein  35.17 
 
 		 380 aa  211  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1941  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  36.12 
 
 		 364 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00208553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4187  basic membrane lipoprotein  36.17 
 
 		 373 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.083899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3721  basic membrane lipoprotein  36.77 
 
 		 367 aa  208  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.339406 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2993  basic membrane lipoprotein  36.34 
 
 		 361 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0878793 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1288  basic membrane lipoprotein  33.78 
 
 		 364 aa  206  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1135  basic membrane lipoprotein  36.09 
 
 		 388 aa  206  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293026 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0663  basic membrane lipoprotein  34.51 
 
 		 364 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.888677  normal  0.450253 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1415  basic membrane lipoprotein  35.85 
 
 		 356 aa  206  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.218463  normal  0.0969049 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2318  basic membrane lipoprotein  35.52 
 
 		 368 aa  206  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375115  normal  0.178466 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0759  bmp family protein  33.7 
 
 		 364 aa  205  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3900  basic membrane lipoprotein  37.73 
 
 		 390 aa  205  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381277  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1690  basic membrane lipoprotein  35.95 
 
 		 355 aa  205  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00161056  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2636  basic membrane lipoprotein  35.87 
 
 		 376 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.894025 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1406  basic membrane lipoprotein  36.17 
 
 		 386 aa  204  2e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000211605  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1490  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  34.95 
 
 		 376 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0307169  normal  0.741431 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2142  basic membrane lipoprotein  35.78 
 
 		 385 aa  203  4e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3163  basic membrane lipoprotein  37 
 
 		 387 aa  202  8e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3882  basic membrane lipoprotein  34.75 
 
 		 366 aa  202  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1923  basic membrane lipoprotein  33.14 
 
 		 355 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0526758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1719  basic membrane lipoprotein  35.05 
 
 		 358 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00548824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1903  basic membrane lipoprotein  35.05 
 
 		 358 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.94528  normal  0.373123 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2057  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  37.31 
 
 		 359 aa  199  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297273  normal  0.489337 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0806  putative lipoprotein  35.91 
 
 		 385 aa  199  9e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0673  basic membrane lipoprotein  34.94 
 
 		 357 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5006  basic membrane lipoprotein  35.78 
 
 		 382 aa  198  1.0000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1142  basic membrane lipoprotein  33.64 
 
 		 366 aa  197  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.111164  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2169  lipoprotein  33.43 
 
 		 357 aa  196  4.0000000000000005e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0737964  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3453  basic membrane lipoprotein  35.47 
 
 		 383 aa  196  5.000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.032757 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1039  basic membrane lipoprotein  36.25 
 
 		 383 aa  194  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1118  basic membrane lipoprotein  35.21 
 
 		 359 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0536373  normal  0.804172 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1766  basic membrane lipoprotein  34.36 
 
 		 358 aa  193  3e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1044  basic membrane lipoprotein  35.01 
 
 		 361 aa  194  3e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.361221  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3296  basic membrane lipoprotein  32.69 
 
 		 363 aa  193  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1914  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5058  basic membrane lipoprotein  35.54 
 
 		 365 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2146  basic membrane lipoprotein  33.83 
 
 		 368 aa  192  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0853  basic membrane lipoprotein  35.18 
 
 		 372 aa  192  8e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.674254  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4474  basic membrane lipoprotein  36.29 
 
 		 375 aa  192  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.766807 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3942  hypothetical protein  33.51 
 
 		 364 aa  192  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.116941  normal  0.561112 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1486  basic membrane lipoprotein  35.05 
 
 		 386 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.524236 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01800  hypothetical protein  34.45 
 
 		 365 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0347768  normal  0.597763 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0567  bmp family protein  34.64 
 
 		 355 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2138  basic membrane lipoprotein  34.24 
 
 		 390 aa  190  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.370861 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6457  basic membrane lipoprotein  35.71 
 
 		 375 aa  190  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.153955 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3629  basic membrane lipoprotein  34.94 
 
 		 355 aa  190  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.178645  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3176  basic membrane lipoprotein  36.12 
 
 		 376 aa  189  5e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0224  hypothetical protein  34.15 
 
 		 365 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2027  basic membrane lipoprotein  35.76 
 
 		 426 aa  189  8e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.073285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1708  basic membrane lipoprotein  35.76 
 
 		 426 aa  189  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.918914 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2148  basic membrane lipoprotein  35.15 
 
 		 360 aa  187  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.863295  normal  0.752026 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1106  basic membrane lipoprotein  35.15 
 
 		 357 aa  187  3e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.383245 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2076  basic membrane lipoprotein  36 
 
 		 371 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0315473 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1243  basic membrane lipoprotein  36 
 
 		 379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.202679 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3243  basic membrane lipoprotein  32.49 
 
 		 364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3560  ABC transporter periplasmic-binding protein  32.49 
 
 		 364 aa  184  3e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2444  basic membrane lipoprotein  33.64 
 
 		 382 aa  184  3e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0769  bmp family protein  37.06 
 
 		 374 aa  182  6e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.109974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4620  ABC transporter substrate-binding protein  36.12 
 
 		 369 aa  182  8.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0689181 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1060  basic membrane lipoprotein  35.54 
 
 		 377 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1063  basic membrane lipoprotein  35.54 
 
 		 377 aa  180  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5659  lipoprotein  35.41 
 
 		 422 aa  180  4.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373529  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5243  basic membrane lipoprotein  35.91 
 
 		 365 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1002  basic membrane lipoprotein  35.54 
 
 		 377 aa  179  7e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3152  basic membrane lipoprotein  33.64 
 
 		 380 aa  179  8e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.445916 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3026  basic membrane lipoprotein  36.42 
 
 		 381 aa  178  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0928  basic membrane lipoprotein  33.06 
 
 		 360 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5873  basic membrane lipoprotein  32.93 
 
 		 364 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0836  basic membrane lipoprotein  33.52 
 
 		 367 aa  176  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0493  basic membrane lipoprotein  33.63 
 
 		 358 aa  176  7e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00240976  normal  0.0511349 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0764  basic membrane lipoprotein  34.51 
 
 		 390 aa  176  7e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000134233  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1368  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  35.31 
 
 		 365 aa  176  8e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0529921  normal  0.073818 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1169  twin-arginine translocation pathway signal  36.36 
 
 		 369 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0450  basic membrane lipoprotein  31.02 
 
 		 625 aa  171  1e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1360  bmp family protein  36.07 
 
 		 369 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1460  basic membrane lipoprotein  32.13 
 
 		 382 aa  170  3e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.892929 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1015  basic membrane lipoprotein  34.51 
 
 		 362 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1794  basic membrane lipoprotein  31.46 
 
 		 381 aa  170  4e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.150642  normal  0.801516 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2964  putative basic membrane protein  31.56 
 
 		 387 aa  169  9e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.698329 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5420  lipoprotein  32.4 
 
 		 370 aa  167  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>