257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3882 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3882  basic membrane lipoprotein  100 
 
 		 366 aa  749    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3296  basic membrane lipoprotein  77.93 
 
 		 363 aa  588  1e-167  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1914  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1044  basic membrane lipoprotein  76.37 
 
 		 361 aa  559  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.361221  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1142  basic membrane lipoprotein  77.3 
 
 		 366 aa  529  1e-149  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.111164  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2146  basic membrane lipoprotein  68.68 
 
 		 368 aa  501  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3721  basic membrane lipoprotein  52.99 
 
 		 367 aa  384  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.339406 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2594  basic membrane lipoprotein  53.78 
 
 		 362 aa  369  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.266805  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3629  basic membrane lipoprotein  50.6 
 
 		 355 aa  353  2e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.178645  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1902  basic membrane lipoprotein  50.3 
 
 		 359 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0567  bmp family protein  50 
 
 		 355 aa  350  2e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0869  basic membrane lipoprotein  46.24 
 
 		 356 aa  338  5.9999999999999996e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1923  basic membrane lipoprotein  47.92 
 
 		 355 aa  338  9.999999999999999e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0526758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1507  Bmp family membrane protein  50.3 
 
 		 382 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.119894  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1927  basic membrane lipoprotein  48.48 
 
 		 382 aa  333  3e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.940408  normal  0.0318829 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2501  basic membrane lipoprotein  50.75 
 
 		 381 aa  328  7e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403436  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0759  bmp family protein  48.08 
 
 		 364 aa  328  9e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5058  basic membrane lipoprotein  46.85 
 
 		 365 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2148  basic membrane lipoprotein  50.44 
 
 		 360 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.863295  normal  0.752026 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2057  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  47.76 
 
 		 359 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297273  normal  0.489337 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2177  lipoprotein  50 
 
 		 380 aa  324  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3026  basic membrane lipoprotein  46.97 
 
 		 380 aa  323  2e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3237  basic membrane lipoprotein  47.31 
 
 		 352 aa  323  3e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2027  basic membrane lipoprotein  50.3 
 
 		 426 aa  323  3e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.073285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1106  basic membrane lipoprotein  49.7 
 
 		 357 aa  323  3e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.383245 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1415  basic membrane lipoprotein  46.88 
 
 		 356 aa  323  4e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.218463  normal  0.0969049 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5006  basic membrane lipoprotein  48.8 
 
 		 382 aa  323  4e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0806  putative lipoprotein  49.85 
 
 		 385 aa  323  4e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0663  basic membrane lipoprotein  45.79 
 
 		 364 aa  322  5e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.888677  normal  0.450253 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1118  basic membrane lipoprotein  45.1 
 
 		 359 aa  322  9.000000000000001e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0536373  normal  0.804172 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1708  basic membrane lipoprotein  50 
 
 		 426 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.918914 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2169  lipoprotein  44.66 
 
 		 357 aa  320  1.9999999999999998e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0737964  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0673  basic membrane lipoprotein  46.22 
 
 		 357 aa  320  3e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3453  basic membrane lipoprotein  48.36 
 
 		 383 aa  319  3.9999999999999996e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.032757 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2177  basic membrane lipoprotein  42.86 
 
 		 368 aa  318  1e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0794  basic membrane lipoprotein  49.25 
 
 		 380 aa  315  6e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0638378  normal  0.164056 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1979  basic membrane lipoprotein  48.66 
 
 		 385 aa  315  7e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.919981  normal  0.873808 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2379  basic membrane lipoprotein  48.66 
 
 		 385 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.185576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1135  basic membrane lipoprotein  48.19 
 
 		 388 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293026 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1063  basic membrane lipoprotein  48.95 
 
 		 377 aa  313  2.9999999999999996e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1002  basic membrane lipoprotein  48.95 
 
 		 377 aa  313  2.9999999999999996e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1060  basic membrane lipoprotein  49.25 
 
 		 377 aa  313  3.9999999999999997e-84  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3176  basic membrane lipoprotein  48.8 
 
 		 376 aa  312  4.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3900  basic membrane lipoprotein  47.59 
 
 		 390 aa  312  5.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381277  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2142  basic membrane lipoprotein  46.99 
 
 		 385 aa  311  7.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3163  basic membrane lipoprotein  47.75 
 
 		 387 aa  312  7.999999999999999e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0224  hypothetical protein  46.97 
 
 		 365 aa  311  9e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2636  basic membrane lipoprotein  45.67 
 
 		 376 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.894025 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1766  basic membrane lipoprotein  46.91 
 
 		 358 aa  310  4e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1490  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  45.37 
 
 		 376 aa  308  8e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0307169  normal  0.741431 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2443  basic membrane lipoprotein  46.25 
 
 		 384 aa  308  8e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01800  hypothetical protein  46.67 
 
 		 365 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0347768  normal  0.597763 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0493  basic membrane lipoprotein  46.13 
 
 		 358 aa  306  3e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00240976  normal  0.0511349 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1903  basic membrane lipoprotein  45.02 
 
 		 358 aa  305  7e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.94528  normal  0.373123 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1719  basic membrane lipoprotein  45.02 
 
 		 358 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00548824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4187  basic membrane lipoprotein  44.78 
 
 		 373 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.083899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2993  basic membrane lipoprotein  44.97 
 
 		 361 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0878793 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2138  basic membrane lipoprotein  47.46 
 
 		 390 aa  304  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.370861 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0216  basic membrane lipoprotein  43.55 
 
 		 354 aa  301  1e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.518023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1941  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  44.71 
 
 		 364 aa  300  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00208553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1039  basic membrane lipoprotein  46.55 
 
 		 383 aa  299  4e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1015  basic membrane lipoprotein  45.43 
 
 		 362 aa  299  5e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1288  basic membrane lipoprotein  43.18 
 
 		 364 aa  298  7e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1486  basic membrane lipoprotein  47.46 
 
 		 386 aa  297  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.524236 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2444  basic membrane lipoprotein  46.41 
 
 		 382 aa  296  3e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1953  basic membrane lipoprotein  45.86 
 
 		 373 aa  296  4e-79  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0267127 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3560  ABC transporter periplasmic-binding protein  44.67 
 
 		 364 aa  296  5e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1690  basic membrane lipoprotein  46.13 
 
 		 355 aa  296  5e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00161056  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2318  basic membrane lipoprotein  42.41 
 
 		 368 aa  295  7e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375115  normal  0.178466 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3243  basic membrane lipoprotein  44.67 
 
 		 364 aa  295  8e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3942  hypothetical protein  43.37 
 
 		 364 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.116941  normal  0.561112 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2299  basic membrane lipoprotein  42.59 
 
 		 384 aa  286  2.9999999999999996e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2964  putative basic membrane protein  43.73 
 
 		 387 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.698329 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0928  basic membrane lipoprotein  42.48 
 
 		 360 aa  281  1e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1406  basic membrane lipoprotein  42.82 
 
 		 386 aa  273  2.0000000000000002e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000211605  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5873  basic membrane lipoprotein  37.86 
 
 		 364 aa  265  7e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0450  basic membrane lipoprotein  34.84 
 
 		 625 aa  240  2e-62  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6465  basic membrane lipoprotein  36.72 
 
 		 365 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0866986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4465  basic membrane lipoprotein  35.82 
 
 		 365 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.117985 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0141  Bmp family membrane protein  36.21 
 
 		 364 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000041374  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1794  basic membrane lipoprotein  32.87 
 
 		 381 aa  200  3e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.150642  normal  0.801516 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1460  basic membrane lipoprotein  34.44 
 
 		 382 aa  199  5e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.892929 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4847  basic membrane lipoprotein  35.03 
 
 		 371 aa  199  5e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1314  basic membrane lipoprotein  36.02 
 
 		 431 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.348799  normal  0.383779 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0532  bmp family protein  44.04 
 
 		 400 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3152  basic membrane lipoprotein  35.38 
 
 		 380 aa  195  9e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.445916 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4236  basic membrane lipoprotein  34.36 
 
 		 360 aa  195  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1001  basic membrane lipoprotein  34.14 
 
 		 363 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1044  basic membrane lipoprotein  34.31 
 
 		 428 aa  193  3e-48  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00211594 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2076  basic membrane lipoprotein  34.29 
 
 		 371 aa  192  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0315473 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5659  lipoprotein  34.8 
 
 		 422 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373529  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1243  basic membrane lipoprotein  34.29 
 
 		 379 aa  188  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.202679 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0975  basic membrane lipoprotein  33.6 
 
 		 432 aa  185  8e-46  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.494831 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6457  basic membrane lipoprotein  33.72 
 
 		 375 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.153955 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1159  bmp family protein  33.06 
 
 		 363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1176  basic membrane lipoprotein  33.96 
 
 		 430 aa  182  6e-45  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0623927 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4474  basic membrane lipoprotein  33.82 
 
 		 375 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.766807 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0270  basic membrane lipoprotein  33.92 
 
 		 372 aa  179  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1360  bmp family protein  32.8 
 
 		 369 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0764  basic membrane lipoprotein  33.53 
 
 		 390 aa  177  3e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000134233  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0769  bmp family protein  33.72 
 
 		 374 aa  176  5e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.109974  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>