273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1948 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1948  putative basic membrane protein  100 
 
 		 339 aa  682    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00107991  hitchhiker  0.0000839366 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0345  ABC transporter periplasmic-binding protein  77.2 
 
 		 334 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.658765  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1989  basic membrane lipoprotein  76.9 
 
 		 334 aa  503  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.567154 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0951  basic membrane lipoprotein  79.35 
 
 		 334 aa  497  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.263861  normal  0.260715 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2784  basic membrane lipoprotein  66.23 
 
 		 329 aa  428  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.19875  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3575  basic membrane lipoprotein  65.26 
 
 		 335 aa  422  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.53224 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2660  basic membrane lipoprotein  64.61 
 
 		 334 aa  412  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00857799  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3989  twin-arginine translocation pathway signal  63.31 
 
 		 335 aa  404  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.885893  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4425  basic membrane lipoprotein  61.77 
 
 		 362 aa  394  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.292066  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3191  basic membrane lipoprotein  63.64 
 
 		 335 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0191984 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2932  basic membrane lipoprotein  53.73 
 
 		 327 aa  356  2.9999999999999997e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1305  basic membrane lipoprotein  51.23 
 
 		 327 aa  313  2.9999999999999996e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5338  basic membrane lipoprotein  48.93 
 
 		 327 aa  307  2.0000000000000002e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3310  basic membrane lipoprotein  48.32 
 
 		 332 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6360  basic membrane lipoprotein  50.91 
 
 		 328 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.521403  normal  0.125495 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5270  hypothetical protein  48.48 
 
 		 328 aa  296  3e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.401628  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6181  basic membrane lipoprotein  51.39 
 
 		 328 aa  288  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.848344  normal  0.349116 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4148  basic membrane lipoprotein  41.16 
 
 		 357 aa  225  1e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3453  basic membrane lipoprotein  34.21 
 
 		 383 aa  153  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.032757 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2769  basic membrane lipoprotein  30 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2594  basic membrane lipoprotein  32.54 
 
 		 362 aa  147  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.266805  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3026  basic membrane lipoprotein  31.42 
 
 		 380 aa  146  6e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1927  basic membrane lipoprotein  31.33 
 
 		 382 aa  146  6e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.940408  normal  0.0318829 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3237  basic membrane lipoprotein  31.1 
 
 		 352 aa  145  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3882  basic membrane lipoprotein  31.79 
 
 		 366 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1044  basic membrane lipoprotein  33.55 
 
 		 361 aa  139  8.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.361221  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1135  basic membrane lipoprotein  31.33 
 
 		 388 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293026 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2177  lipoprotein  31.31 
 
 		 380 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2142  basic membrane lipoprotein  30.57 
 
 		 385 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0806  putative lipoprotein  32.54 
 
 		 385 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2501  basic membrane lipoprotein  31.1 
 
 		 381 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403436  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2443  basic membrane lipoprotein  31.1 
 
 		 384 aa  133  5e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1507  Bmp family membrane protein  29.28 
 
 		 382 aa  132  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.119894  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3721  basic membrane lipoprotein  32.12 
 
 		 367 aa  132  6.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.339406 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2177  basic membrane lipoprotein  29.06 
 
 		 368 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3560  ABC transporter periplasmic-binding protein  30.09 
 
 		 364 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0794  basic membrane lipoprotein  31.42 
 
 		 380 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0638378  normal  0.164056 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4236  basic membrane lipoprotein  32.49 
 
 		 360 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3900  basic membrane lipoprotein  34.46 
 
 		 390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381277  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2379  basic membrane lipoprotein  30.54 
 
 		 385 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.185576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3243  basic membrane lipoprotein  29.79 
 
 		 364 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2444  basic membrane lipoprotein  29.33 
 
 		 382 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1979  basic membrane lipoprotein  30.54 
 
 		 385 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.919981  normal  0.873808 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1142  basic membrane lipoprotein  31.62 
 
 		 366 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.111164  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2138  basic membrane lipoprotein  28.67 
 
 		 390 aa  129  9.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.370861 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1953  basic membrane lipoprotein  31.65 
 
 		 373 aa  129  9.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0267127 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4847  basic membrane lipoprotein  31.67 
 
 		 371 aa  128  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1941  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  32.9 
 
 		 364 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00208553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2299  basic membrane lipoprotein  30.21 
 
 		 384 aa  126  4.0000000000000003e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7133  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0759  bmp family protein  28.96 
 
 		 364 aa  126  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3296  basic membrane lipoprotein  29.94 
 
 		 363 aa  125  7e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1914  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2148  basic membrane lipoprotein  30.59 
 
 		 360 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.863295  normal  0.752026 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1039  basic membrane lipoprotein  29.53 
 
 		 383 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3942  hypothetical protein  29.31 
 
 		 364 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.116941  normal  0.561112 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0216  basic membrane lipoprotein  28.53 
 
 		 354 aa  124  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.518023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0663  basic membrane lipoprotein  29.17 
 
 		 364 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.888677  normal  0.450253 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2318  basic membrane lipoprotein  31.96 
 
 		 368 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375115  normal  0.178466 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2146  basic membrane lipoprotein  31.02 
 
 		 368 aa  123  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1486  basic membrane lipoprotein  29.53 
 
 		 386 aa  123  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.524236 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1288  basic membrane lipoprotein  31.75 
 
 		 364 aa  122  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5873  basic membrane lipoprotein  28.12 
 
 		 364 aa  122  9e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2636  basic membrane lipoprotein  31.1 
 
 		 376 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.894025 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5006  basic membrane lipoprotein  30.54 
 
 		 382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1063  basic membrane lipoprotein  30.36 
 
 		 377 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1060  basic membrane lipoprotein  30.03 
 
 		 377 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0673  basic membrane lipoprotein  29 
 
 		 357 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1490  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  30.68 
 
 		 376 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0307169  normal  0.741431 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3176  basic membrane lipoprotein  30.33 
 
 		 376 aa  119  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3163  basic membrane lipoprotein  30.19 
 
 		 387 aa  119  9e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4187  basic membrane lipoprotein  30.89 
 
 		 373 aa  119  9e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.083899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1002  basic membrane lipoprotein  30.03 
 
 		 377 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1923  basic membrane lipoprotein  27.86 
 
 		 355 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0526758  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0567  bmp family protein  28.57 
 
 		 355 aa  117  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2993  basic membrane lipoprotein  28.13 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0878793 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1708  basic membrane lipoprotein  29.15 
 
 		 426 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.918914 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0869  basic membrane lipoprotein  27.71 
 
 		 356 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2057  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  29.28 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297273  normal  0.489337 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5058  basic membrane lipoprotein  26.97 
 
 		 365 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1001  basic membrane lipoprotein  32.37 
 
 		 363 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2027  basic membrane lipoprotein  28.81 
 
 		 426 aa  113  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.073285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3629  basic membrane lipoprotein  27.48 
 
 		 355 aa  112  7.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.178645  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1794  basic membrane lipoprotein  29.37 
 
 		 381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.150642  normal  0.801516 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6465  basic membrane lipoprotein  30.93 
 
 		 365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0866986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1118  basic membrane lipoprotein  26.13 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0536373  normal  0.804172 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4349  basic membrane lipoprotein  30.13 
 
 		 366 aa  109  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1106  basic membrane lipoprotein  28.47 
 
 		 357 aa  109  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.383245 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1415  basic membrane lipoprotein  27.52 
 
 		 356 aa  109  8.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.218463  normal  0.0969049 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1159  bmp family protein  28.57 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4465  basic membrane lipoprotein  29.67 
 
 		 365 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.117985 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0928  basic membrane lipoprotein  26.25 
 
 		 360 aa  107  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2964  putative basic membrane protein  27.86 
 
 		 387 aa  107  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.698329 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2169  lipoprotein  26.27 
 
 		 357 aa  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0737964  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1719  basic membrane lipoprotein  26.98 
 
 		 358 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00548824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0224  hypothetical protein  26.44 
 
 		 365 aa  105  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1903  basic membrane lipoprotein  26.67 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.94528  normal  0.373123 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0975  basic membrane lipoprotein  27.65 
 
 		 432 aa  105  1e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.494831 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1690  basic membrane lipoprotein  27.3 
 
 		 355 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00161056  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01800  hypothetical protein  26.27 
 
 		 365 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0347768  normal  0.597763 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00670  basic membrane lipoprotein  28.46 
 
 		 335 aa  104  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1766  basic membrane lipoprotein  28.7 
 
 		 358 aa  104  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>